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卫生资源配置是指卫生资源在医疗卫生行业(或部门)内的分配和转移(流动)，医疗卫生资源的配置应根据就医的方便程度、需求层次和数量、医疗卫生机构实际服务能力所能达到服务数量、质量、服务供应范围和有效利用程度来确定。
1.资源配置不合理
在配置方法上，我国实行以供方为导向的资源配置方式，资源配置主要以床位和人力为主要依据。这种按床位、按人头补经费的办法，造成了一系列问题与矛盾。造成了资源配置不合理的恶性循环。哪里医院多、医院规模大、人员多，资金就流向哪里，刺激了卫生机构、人员、床位的扩张和膨胀，造成卫生资源过分集中在大城市、大医院和大设备上。从专项资金来看，也由于缺乏科学的标准、必要的论证和严格的监控机制，资金分配的随意性较大。有调查显示，我国卫生资源总量的80左右配置在城市，且集中在大城市的大医院中。先进的医疗仪器设备和技术，高级卫生技术人员集中在经济发达的地区，尤其是城市大医院中，部分城市某些高精尖的仪器设备配置的总体规模已经接近甚至超过一些发达国家的水平，部分地区还出现供大于求的局面。根据部分地区的研究结果提示，城市医生和床位的实际拥有量比需要量多出1/4～1/5；部分大型诊疗设备的实际拥有量比需要量多出1/3～1/4。而农村卫生资源贫乏、质量不高的现象却很普遍，医疗机构房屋破旧，设备简陋，医疗人员技术水平低下。
2.卫生资源配置头重脚轻，脱离卫生服务需求
由于缺乏科学政策的引导，长时期卫生资源数量增加和外延扩张，导致了目前结构失衡、布局不合理的卫生服务体系，卫生资源分布出现了“倒三角形”。一般而言，绝大多数的卫生服务(基本的医疗服务和预防保健服务)均应由基层医疗卫生机构提供，而高技术性的专家服务仅占少数。因此，合理的卫生资源的配置应该成“正三角”形态。然而，目前卫生资源的配置却是一种“倒三角”形态。一是大医院的卫生资源远远大于基层医疗机构的资源量，社区卫生机构配置的资源量不但数量少，且质量不高，这将直接导致医疗服务的提供和利用与居民对医疗服务的实际需求不相配。二是影响了卫生服务的提供。预防保健、农村和基层医疗机构资金相对不足，由于生存的压力，一些以社会性防治工作为主的单位，其服务方向出现了一定程度的偏离，预防保健机构出现重有偿服务，轻无偿服务的不良倾向。那些符合公众利益的预防保健，具有更大社会效益的基本医疗服务和涉及80%人口的农村卫生工作，却因筹资困难而发展缓慢，甚至难以为继。这种重城市、轻农村，重医疗、轻预防的现象，既不能适应我国疾病模式的变化，又使部分保险人群过度利用医疗卫生服务，造成有限资源的浪费，加重了国家、企业和个人的经济负担。
3.卫生资源利用效率下降
卫生事业是政府实行一定福利政策的社会公益事业，政府宏观调控的本质是对卫生资源配置的调控，这也是保证资源合理配置的有效手段。我国卫生资源的配置要以公平性原则为前提。我国每位公民都具有同等的健康权力，都有权享受国家为他们提供的应得的卫生服务，政府应在立法上给予保障。美国经济学家杰弗里·萨克斯教授在一次宏观经济与健康的研讨会上提出有3个问题对我国的卫生改革与发展非常重要：第一，政府对贫困人群的医疗覆盖的作用。政府应该保证贫困人群对基本医疗服务，尤其是公共卫生服务的可及性，所有人都应该可以同等的获得基本医疗服务。第二，政府在医疗保险中的作用，政府要考虑怎样防止人们因为一些疾病和突发事件而变得贫困。第三，明确政府在公共卫生服务中的作用。已经有研究发现，2O世纪8O年代以来一段时间，我国卫生资源利用的效率下降了，卫生投入的健康受益不如以前高。强调政府在医疗卫生中的作用，主要是针对筹资问题，由于政府卫生筹资功能的下降，导致了公共卫生服务提供不足和医疗服务可及性的下降，加大了健康的不公平。
1.加强中央和省级政府对下一级卫生资源配置的宏观调控力度
中央、省级政府应拓宽筹资渠道，多方筹集资金，会同国际资助、社会筹资渠道的资金，用于各省、各地区间卫生资源的再分配。
2.进一步明确医疗机构的属地化管理
以地级市为一个基本单位，除中央、省级卫生行政部门直属的具有指导、协调全国、全省卫生行政、业务管理工作职能的部分机构外，辖区域内的各级、各类医疗卫生机构由当地政府统一管理，统筹规划，对以医疗服务为主的部属、省属医疗卫生机构，可结合实际，下放地方管理。同时，深化卫生体制改革与创新，使公立医疗机构真正成为自主管理、自我发展、自我约束的法人实体，发挥主体作用。
3.改革地(市)级政府的卫生投入方式
地(市)级政府的卫生投入可分为两大渠道：一是基本经费类，主要用于疾病预防机构、具有卫生管理行政职能的机构、农村卫生防治机构等以公益、福利、社会性防治和管理为主要工作职责的人员经费和基本预防保健业务经费；二是卫生事业发展专项经费类，主要用于政府举办的各类卫生机构的基本建设及大型设备的购置、维修，对农村卫生、预防保健、中医药等重点领域的专项投入等。专项经费调配权由地市级政府及有关部门承担。
4.对我国城乡、地区卫生资源配置进行战略性调整
首先，要把卫生投入的重点放到农村和西部地区去，努力解决占总人口8O%的农村人口的基本卫生保健问题，各级政府要加大控制地方病、艾滋病和乙型肝炎等疾病的资金投入，让广大农民真正从中受益；其次，努力构建一个符合农村实际、形式多样的农民医疗保障制度；再次，采取多种办医形式，实行更加开放，优惠的政策和措施，吸引国内外投资者加盟西部地区和农村医疗服务业的开发投资，以解决小城乡、地区卫生资源配置结构不合理的问题，加快西部地区和农村卫生事业的发展，以提高卫生服务的可及性和公平性。
5.加大对预防的投入，实现医、防卫生资源配置结构合理化
预防工作是保障人民健康、减少卫生资源消耗、低投入高产出的卫生服务。我们必须始终坚持预防为主的方针，加强疾病预防、监督及投入妇幼保健等工作，努力实现我国医、防卫生资源配置的协调发展。
6.全国实施区域卫生规划
区域卫生规划是加强政府宏观调控力度，实现卫生事业可持续发展的重要手段，区域卫生规划的重点是卫生资源配置。今后政府主管部门应通过实施区域卫生规划，动用法律行政和经济的手段，逐步强化对卫生事业的宏观调控力度，实现政府职能由“办卫生”向“管卫生”、由部门管理向行业管理、由经验管理向法制管理的全面转变。
综上所述，针对目前的卫生管理体制和卫生资源配置等方面存在的问题和弊端，理顺各级政府对有关层次卫生资源配置和管理的关系与职责，加强上级政府对卫生资源配置的宏观调控力度，对卫生资源进行合理配置，对现有不合理的卫生资源构架进行科学的调整，构建结构合理、功能齐全的卫生服务体系，以发挥卫生资源的整体效益，实现卫生事业的可持续发展。