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协议转让是指产权交易双方在交易中心主持下通过洽谈、协商以协议成交的交易方式。
企业产权转让中，由于目前市场机制尚不完善，而产权转让又涉及到转让方案的设计、职工安置、债权、债务的处理，产权转让行为的报批、资产的评估等诸多情况，所以企业产权交易往往还是以协议转让为主。但是国务院国有资产监督管理委员会在《企业国有产权转让管理暂行办法》中明确规定了产权转让程序，也在第十八条规定“经公开征集只产生一个受让方或者按照有关规定经国有资产监督管理机构批准的，可以采用协议转让的方式。采取协议转让方式的，转让方应当与受让方进行充分协商，依法妥善处理转让中所涉及的相关事项后，草签产权转让合同，并按照本办法第十一条的规定程序进行审议。”第三十条规定“对于国民经济关键行业、领域中对受让方有特殊要求的，企业在实施资产重组中将企业国有产权转让给所属控股企业的国有产权转让，经省级以上国有资产监督管理机构批准后，可以采取协议转让方式转让国有产权。”
为了保证在产权转让过程中国有资产不流失，企业国有产权转让过程中对于采用协议转让有严格要求，通过公开征集，只产生一个受让方的，可以采取协议转让，但是仍需要做好可行性研究，按照内部决策程序进行审议，并形成书面决议。对于公开征集，必须在省级以上公开发行的经济或者金融类报刊和产权交易机构的网站上公示20个工作日。
经省级以上国有资产监督管理机构批准的也可以采取协议转让，有两种情况可以批准。第一，对于国民经济关键行业、领域中对受让方有特殊要求的，经批准可以采用协议转让，比如军工企业、烟草行业，对于国家来说不适宜公开征集受让方，事关国家经济命脉，所以经省级以上的国有资产监督管理机构批准可以采用协议转让的方式；第二种情况是企业实施资产重组中将企业国有产权转让给所属控股企业的国有产权转让，这种情况是一个企业集团内部的转让，目的是为了达到资产机构的优化配置，在产权转让中不会存在国有资产流失问题，经批准后可以采用协议转让。
不论是那种情况的协议转让，出让方都应当精心设计转让方案，就职工安置、债权债务处理、企业的发展等问题和出让方反复协商，达到双方都比较满意的结果，尤其是涉及职工利益的，一定通过职代会讨论，形成职代会决议。
企业国有产权协议转让中，经国有资产监督管理机构核准或备案的评估报告是双方协商价格的基础，成交价格低于评估结果90%的，应当报有批准权限的机构批准。
不论是哪种情况的协议转让，出让方都应当精心设计转让方案，就职工安置、债权债务处理、企业的发展等问题和受让方反复协商，达到双方都比较满意的结果，尤其是涉及职工利益的，一定要通过职代会讨论，形成职代会决议。
国有产权协议转让中，经国有资产监督管理机构核准或备案的评估报告是双方协商价格的基础，转让价格一般不低于国有资产处置批复中明确的转让价格。转让应当依据资产评估结果，同时要考虑产权交易市场的供求状况、资产质量、同类资产的市场价格等，合理确定协议转让价格，必要时可聘请相关专业咨询机构就转让价格提出咨询意见。成交价格低于评估结果90%的，应当报有批准权限的机构批准。
协议转让应在产权交易机构组织下进行，出让方应当与受让方进行充分协商，依法妥善处理产权转让中所涉及的职工劳动关系调整、债务和或有债务承继、离退休职工管理、职工安置费用的支付方式和期限以及担保措施等相关事项，达成协议后草签《产权转让合同》和相关担保合同；按照国家的有关规定，由出让方履行决策程序后，合同生效。
产权交易中心根据《产权转让合同》，完成交割付款凭证，出具《产权交易成交确认书》。交易双方凭产权交易中心出具的《产权转让合同》和《产权交易成交确认书》到相关部门办理有关变更登记手续和国有资产注销登记。