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制度性歧视是指由国家的正式规则所形成或被国家的正式规则所接受和保护的歧视。
制度性歧视是由于体制转轨、制度不衔接而引起的歧视。由于歧视具有广泛性，所以歧视表现出来的排斥性是通过正式制度的方式和非正式制度的方式来实现的。
制度性歧视常常在转轨经济中出现，它主要表现在两个方面：
1、积极的制度性歧视，指在制度安排和政策制定层面上以法律、法规、条例、政策的形式将含有歧视性的内容予以制度化。这种歧视性的制度本身带有不合理性或非正当性，但是由于带有一定的法律规范形式，歧视性的制度在实践中被赋予强制执行力，这种由于法律体系不统一造成的歧视类型又称为隐性歧视。
2、消极的制度性歧视，即制度对就业市场中的歧视性做法缺乏可靠的法律依据，市场经济中规制歧视的法规存在缺位的情况，这是由于法律制度本身的不完善所造成的。例如：
1）户籍歧视
其主要表现是歧视外地户籍人才。由于出现了人才供给过剩现象，从地方性的政府反失业政策来看，倾向于采取以消除外来人才就业竞争为目标的对策。许多地方政府把外来人才看做是城镇职工的竞争对手，从而制定了一系列排斥和歧视外来人才就业的政策。“户口”成为地方保护主义最坚硬的挡箭牌。许多企事业单位、行政机关甚至司法机关均将本地户口作为重要的录用或者优先录用的条件，一些地方就连报考公务员也设置了户口的限制。由此产生了一些不正常的现象，有的大城市利用各种名目收取巨额费用，如城市增容费或容纳费等，甚至变相或公开贩卖户籍。
2）对“病毒携带者”的歧视
目前，我国乙肝病毒和HIV病毒携带者已经发展成一个庞大的群体，这部分人求职难，已成为一个不容忽视的社会问题。许多企业、公司特别是合资企业招聘人员以及政府部门招聘公务员，都要检查乙肝两对半指标，许多才华横溢的学子和有能力为社会效力的年轻人，就因为是病毒携带者就被剥夺了正常的就业机会，社会对乙肝病毒携带者的漠视更让他们感到巨大的身心压力。对HIV病毒携带者，大多数单位更是对他们关闭了就业大门，许多人甚至“谈艾色变”。
3）身份歧视
长期以来，我国是一个城市与乡村、市场与计划等二元结构的社会。这种二元结构，在很多层面上都有明显的表现和制度性安排。面对这样的结构性和制度性因素，社会实际上存在各种形式的身份歧视，如干部与工人身份差异歧视，居民和农民城乡身份差异歧视，公务员、职员、合同工、临时工、农民工身份差异歧视等。伴随而来的是在用人用工方面的歧视，以及在薪酬、福利和社会保障方面的歧视。与身份歧视紧密相连的是城乡歧视和地域歧视，除了认识性和习惯性因素外，很重要的原因还是身份歧视带来的。