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制度创新成本是指建立一项新制度并且维护其正常运行必须花费的费用。
制度创新成本即制度主体为进行制度创新所付出的现实和潜在代价的总和。它反映在收益的减少或成本的增加两方面，包括制度创新的费用支出、制度创新的变异损失、制度创新的机会成本3部分内容。
制度主体进行制度创新时，要进行R&D(研究与发展)支出，要花费人力、物力、财力，这些费用支出都属于制度创新成本的范畴。制度创新要花费人力，而且大多数是较高层次的脑力劳动者。在市场经济体制下，让这些人进行大量的思考、讨论、会议是要支付人工费的。制度创新要花费物力，包括场地、设施、办公用品等。这些是不会从天上掉下来的。是别人的要支付使用费，是自己的要折旧。制度创新要花费财力，各项补助、酬劳、用品采购等都需要资金。这些都构成了制度创新的费用支出。
制度创新不一定全按制度主体设想的方向发展，应用后也不一定带来预期的效益。因为制度创新存在变异。制度创新的不确定性、受抵制性、偶然性或机遇性均会导致制度创新的结果不符合制度主体的期望．这就是制度创新变异。这种变异导致创新后的制度的应用效果与原有制度的应用效果之间还有差距，这个差距就是制度创新的变异损失。这也是制度刨新成本的一部分。
在经济学中，经济资源的稀缺性导致了机会成本的存在。为了全面阐述制度创新成本，制度创新的机会成本也应考虑在内。因进行制度创新而放弃的现实或未来利益的最大值就是制度创新的机会成本。譬如。进行制度创新所使用的人力、财力、物力，因无法再投入其它事项而放弃的最大收益就构成了制度创新的机会成本。进行制度创新放弃了原来的制度。原来的制度所能带来的收益也是制度创新机会成本的一部分。例如，大量的政府寻租行为实质上就是国家制度的主体政府利用国家特权进行的强制性的利益分配，以一部分要素(包括：资金、人力等)无法获取其最大价值为代价使一部分行业、企事业单位依靠政府的庇护而获取高额收益。进行制度创新可以降低政府寻租行为对整个国民经济运行的过度干预，提高要素的使用效率。但也会使原来的一部分行业或企事业单位失去其高额收益。这也是制度创新的机会成本。
戴维斯和诺斯认为：制度均衡状态(即制度的变迁或制度的刨新将得不劲任何好处)在任何时候都是有可能的。制度创新就是使制度从一个均衡发展到另一个均衡的过程。在这个过程中。成本与收益的变动会使制度产生不均衡，并诱致了制度变迁。产生了制度刨新，制度创新的结果又使制度重新处于均衡状态。在这里，制度创新成本的重要作用不言而喻。
制度创新成本之所以包括3方面的内容。具有其内在的合理性：
1、制度创新的费用支出就是制度创新的会计成本，是一种显性的成本。
制度创新的这一部分成本就是一般意义上特定组织的财会部门所要核算的成本。它是制度创新成本的外延中最具体、最直观的一部分。因为很容易被理解。这里就不再赘述。
2、制度创新的变异损失就是创新后制度的收益与创新前制度收益的差额。
变异损失只有在制度创新的收益低于制度均衡状态下的收益时才存在。是制度创新的负效应，如果制度创新产生了正效应。变异损失这一部分制度创新成本就不存在。因此。制度创新的变异损失是一种或有的隐性成本。基于一般的隐性成本都由机会成本来替代。制度创新的变异损失也具有机会成本的某些特征。但是，制度创新变异损失的本质并不是来源于资源的稀缺性。而是环境变化带来的不确定性，所以。我们将这一部分成本与制度创新的机会成本分开计量。
3、机会成本是基于资源的稀缺性而产生的一种经济成本。
它不是显性成本，很难对其进行可靠而又准确的确认和计量。因而不同于会计成本。制度创新的机会成本的确认和计量虽然存在极大的不确定性．但它的产生又与不确定性无关。只要资源投入一项制度创新。将必然损失其投入其它项目可能带来的收益。机会成本不是或有的。而是肯定存在的。所以。制度创新的机会成本又不同于制度创新的变异损失。总之。制度创新的机会成本不同于以上2部分的制度创新成本，这部分制度创新成本的产生和计量均有其特殊性。