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创新过程分多个阶段，创新的各个阶段常常由不同的小组或职能部门来完成。小组或职能部门之间存在着明显的界限，因此，创新过程中的阶段整合往往成为企业创新过程管理中的关键问题。
l、串行整合
串行整合是一种传统的创新阶段整合方式。在串行整合方式下，创新构思形成、实验原型开发、工程原型开发、小批量试制、商业规模生产、市场营销和售后服务等这些阶段依次完成。上游阶段的任务完成以后，创新阶段成果被移交到下游工作部门，下游阶段的工作才能开始。
串行整合方式的优点在于，在各个创新阶段中，职能部门的内部效率较高，也易于管理。但由于部门之间缺乏信息交流，在移交创新阶段成果时缺乏负责任的态度，创新思想在传递过程中会产生失真，造成工作反复，这样一方面增加了创新成本，另一方面延长了创新周期。最后可能导致生产出来的产品市场不接受，从而给企业带来巨大损失“
2、交叉整合
如果对创新过程的各个阶段仔细剖析的话，就会发现下游阶段的工作往往可以不必等到上游阶段的工作完全结束以后再开始，上下游阶段的工作可以有一定的交叉。交叉整合方式就是基于这种认识提出的，交叉整合有两重含义：一是在上游阶段的工作还未完成时就开始下游阶段的工作；二是在每—个上游工作阶段都吸收—定的下游工作部门的人员参加，从而在不同创新职能部门的人员之间形成了一定的交叉。
在交叉整合方式下，由于有下游阶段的人员参与上游阶段的工作，在上游阶段的开发过程中就会充分考虑了下游阶段的要求，人员交叉也有助于下游阶段的创新职能部门加深对上游阶段成果的理解，这使得前一阶段成果向后一阶段传递的效率大为提高，从而减少信息失真和工作反复。节约费用和时间。交叉整合的方式非常适合于汽车工业等产品结构复杂、工序繁多的行业中的创新管理。日本的汽车生产企业采用交叉整合的创新管理方式使得日本汽车产品的创新周期比美国同行缩短40％。
为了同日本企业在产品创新周期方面竞争，美国企业在80年代推出了一种与交叉整合方式类似的创新过程管理方式，即早期生产介入方式(early man manufacturing involvement)，这种方式强调生产部门在创新各阶段的全面参与，在创新的早期阶段就要考虑产品设计的优化、产品成本的控制、生产工艺、原料供给、生产与后勤管理、产品质量保证等方面的问题。早期生产介入方式能有效地提高企业的创新效率。
交叉整合并不能解决所有的问题。创新活动面向的市场环境是不断变化的，需求的变化、竞争产品的推出、政策环境的变化、原料供应的条件的变化等都可能影响创新早期阶段工作的有效性，仅相邻的创新阶段之间的交叉仍难以完全避免因信息沟通不充分而导致的早期创新工作的失误。
3、并行整合
并行整合是一种全新的创新协调与管理方式。并行整合方式也称为同步工程或并行工程，这是一种在创新过程中支持集成化并行作业的系统方法。它要求把创新看成是多职能部门并行推进的过程，各部门一开始就一起运行。一开始就要考虑到创新过程中的全部因素，及早沟通信息，发现问题并及时消除，尽量缩短创新周期，降低创新成本。与交叉整合相比，并行整合方式的先进之处在于强调尽可能早地并始下游阶段的工作，不仅相邻的阶段之间有交叉，不相邻的阶段之间也尽可能交叉。
并行整合是一个各阶段互动的过程，提倡共同参与，强调由职能部门的协同作业，强调上下游的沟通与联系。在上游阶段要可能多地获得所有下游阶段信息以减少不确定性，在任何一个段都要考虑其他所有阶段的要求。例如，研究开发既要满足市场需求，也要适应制造要求，同时也要考虑到营销的需要。