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净额支付系统是一种各方之间的借款或贷款(例如金融机构)，或者应收账款和应付款项(例如公司)进行冲抵的机制，在这种机制下，只有未付净余额通过资金转账得到解决。采用公司间净额支付系统的行业有航空公司、石油、煤气、电信和证券公司等行业。
净额支付系统分成双边净额支付系统和多边净额支付系统。
双边净额支付系统是指由一家集团公司的任意两家公司之间签订的结算协议，通过净额进行款项的结算。但是这种协议是双边的，而不是多边的协议。
当一个集团拥有几个子公司，相互之间存在大量关联交易行为，进而形成相互结算款项的情况，而每个子公司均有各自的银行账户时，集团为方便结算，减少结算次数，降低结算成本，加强对公司间资金收付的控制力度，避免相互拖欠款项现象的发生，由集团总部财务部门牵头订立清算协议，进行多边的净额支付。这被称为多边净额支付系统。
每段时期结束时，参与净额支付系统的所有各方会决定结算所需的净流量。这些结算系统处理交易信息，允许各方彼此之间进行定期的净额支付。净额支付系统因为只要求当事人对所欠款项进行一次性净额转账，大大减少了本来是多重转账所需的数量和成本。净额支付系统具有一定强制性，既可提高结算速度，又可对集团内的现金流动进行有效控制，避免成员企业间有意拖欠的发生。
(一)结算时间的确定和清算协议的制定
首先净额支付系统的参与各方共同起草清算协议，协议中约定结算时间、对账时间和支付时间、各个分公司的应收款账期和结算货币等。协议附有各个分公司负责财务对账和支付人员名单，将责任落实到个人。应收账期一旦确定，不准更改，以防止成员企业间有意拖欠的发生。
(二)期末对账
每个月月末，由债权人向债务人发起对账。对账单包含金额、货币名称和发票清单。债务人必须在约定的时间将对账单确认签回。如果债务人对发票有疑义的，必须及时提示债权人，双方达成一致后债务人确认并签回给债权人。
(三)结算
结算当天，债权人将应收到期款项发给结算中心。结算中心将应收款的明细发放给债务人，要求核对。债务人核对无误后，在规定时间内确认签回。该金额即为债务人要向债权人支付的当月款项。
(四)支付
债务人将应付款减去应收款的净额支付给结算中心设立的账户，结算中心收到款项后，在规定时间内支付给债权人。结算中心账户只作为资金清算用途，平时没有余额。为了保证付款及时，如果债务人不及时付款，结算中心仍然会向债权人付款，由此产生的透支利息由债务人承担。
第一，净额支付的结算时间。一般说来，可以选择30天、60天或90天结算一次，但具体也应根据内部交易的情况而定，因为结算日期对于各子公司现金头寸将产生影响。如果内部交易的发生额较大，子公司的内部应收帐款或应付帐款占用资金较多，就应该尽早加以结算。
第二，外汇管制问题。在建立净额支付系统之前，必须了解有关国家对净额支付是否有所限制。例如，巴西不允许任何形式的净额支付；加拿大和美国则对跨国公司的这种作法不加任何限制；日本不允许多边净额支付；意大利则要求事先申请，经批准后才能实行多边净额支付；在挪威，无论双边或多边净额支付，都必须事先申请获准。更多的国家要求跨国公司报告净额支付的数额、币种及参与系统的成员。
第三，净额支付系统的优化设计。如果跨国公司海外子公司及分支机构的数目很大，并且它们之间的交易关系错综复杂时，有必要运用数学规划的工具对净额支付系统进行优化设计，建立若干个子系统，以实现公司整体现金资源的最佳配置。