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农业行政合同是指农业行政机关为了行使农业行政职能，实现特定的行政管理目标，与行政相对人协商一致后签订的有关确立、变更或终止双方权利义务的协议。
农业行政合同的主要内容包括以下几个方面：
(1)合同标的。即农业行政合同规定的农业行政机关及行政相对人的权利、义务指向的对象。如救灾备荒种子储备合同中的种子、畜禽品种资源保护合同中的种畜禽、行政委托合同中的委托事项等。
(2)合同标的的数量和质量。标的的数量和质量必须按照国家的法定计量标准计量。有国家标准或专业标准的，按国家或专业标准计量；无国家或专业标准的，按主管部门标准计量；以上标准都没有的，按合同双方商定的方法计量。
(3)价款和酬款。如完成一定工作或劳务的，须明确规定劳务报酬或工作经费。合同中的租金、劳务费用、借款、利息等事项也须明确规定。
(4)合同履行的期限、地点、方式。如委托合同中的委托期限。合同双方一般须按合同规定的期限履行其内容，任何一方要求提前或延期履行，应事先达成协议。合同履行的地点、方式也要在条款中明确规定。
(5)行政机关的监督、指挥权。在农业行政合同的履行过程中，农业行政机关对农业行政合同的主要内容
(6)违约责任。由于当事人的过错，造成农业行政合同不能履行或者不能完全履行，由有过错的一方承担违约责任，如属双方过错，由双方承担各自应负的责任。由于农业行政机关的过错造成不能履行或者不能完全履行，农业行政机关应承担责任，但也应先由违约方按规定向对方偿付违约金或赔偿金。当事人一方由于不可抗力的原因不能履行农业行政合同时，应及时向对方通报不能履行或者延期履行和部分履行合同的理由。对由于失职、渎职或其他违法行为造成重大事故或者严重损失的直接责任者，应追究经济的、行政的直至刑事的法律责任。
(7)当事人双方要求必须规定的条款。即双方当事人可以把一些双方认为都必须明确的情况写入条款之中，作特殊的约定。如委托合同所规定的委托权限和监督办法；又如当发生合同纠纷时，不能向国家规定的合同管理机关申请调解或仲裁，只能直接向人民法院起诉，要求法院作出判决等。
(1)公共利益原则。订立农业行政合同，必须是基于社会公共利益的需要。
(2)合法原则。行政机关须在法律规定和授权的事项以内签订农业行政合同，农业行政合同的内容不得超出法律规定的范围和幅度。农业行政合同必须合乎法律的基本精神和根本目的。而对于一些暂无法律明文规定，基于政策而订立的合同，更强调此荣。
(3)经济利益平衡原则。，农业行政机关如果单方改变或解除合同，且给对方当事人造成了损失，行政机关应给予补偿或赔偿．以恢复对方当事人的绎济剩希．行曲相对人由于农业行政机关在行政合同订立与履行过程中的优先权的运用，而增加了负担或遭受了损失，有权要求农业行政机关补偿。
(4)公开竞争原则。是指农业行政合同一般应当在公开招标、投标，公开竞争的基础上订立。这是行政公开原则在农业行政合同订立过程中的体现，也是行政相对人维护其行政法上合法权益的重要原则。
(5)实际履行原则。即由于农业行政合同签订的目的是为了公共利益，公共利益是必须实现的，故无论相对一方如何违约，只要是公共利益需要，该合同的内容就必须获得实际履行。
(6)自己履行原则。农业行政合同不仅要求实际履行，而且要求合同必须本人履行，而不得转让合同，由他人代替履行。如委托合同不得转委托。
行政当事人订立农业行政合同应当具有相应的权利能力和行为能力。农业行政机关在合同内容的协商中，不得超越其权限，并应符合法律授权的目的和其他要求。
(1)招标。它的基本程序为：由农业行政机关就某些事项，按照自己规定的条件，公开征求投标人；投标人各自提出书面承诺进行竞标；农业行政机关在比较投标人的承诺方案或条件后，选择提出最优条件者签订合同。采取招标方式时，农业行政机关所必须遵循的原则是，只能与要价最低的投标方。或出价最高的投标方，或承诺条件最优的投标方签订合同，不能在中标人以外自由选择行政相对人。当农业行政机关对中标的投标方不满意，可以不批准这次招标而举行第二次招标。第二次招标的中标人仍为上次中标人时，应与之订立合同。两者不同时，应以第二次中标人为准。
(2)邀请发价。基于政治、经济、技术等方面的原因，在招标时不一定和要价最低的相对人签订合同，而是发出要约，提出一定的条件邀请行政相对人发价，然后由农业行政机关综合各方面的因素，选择认为最恰当的个人或组织签订合同。邀请发价的特点是没有中标人，农业行政机关也不一定要和要价最低的或出价最高的行政相对人订立合同，保留较大的自由选择合同对方当事人的权利。
(3)直接协商。指农业行政机关事先有一定的意向，由行政相对人提出申请，经农业行政机关批准后签订契约的一种方式。这是农业行政机关自由选择度最大的一种方式，故法律对此也给予一些必要的限制。