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信息系统成本是指计算机硬件、网络和通讯设备、计算机软件、信息资源、信息用户和规章制度组成的以处理信息流为目的的人机一体化系统所耗费物化劳动、活劳动中必要劳动的价值的货币表现。
一般来说，一个企业的信息系统成本主要由以下几个部分组成。
1、信息系统的软、硬件购置费用
一般包括
(1)硬件设备购置费，是指计算机主机、存储设备、备份设备和网络设备等的购置支付费用。
(2)第三方应用软件购买费，指可直接安装使用，无需二次开发的业务软件的购买费用。
(3)系统软件费，指操作系统、语言处理系统和数据库系统等的购置费用。这里把第三方应用软件和系统软件归入购置设备费用，是基于其与硬件一样都是在采购环节中形成的费用支出(有的分类方法将其与定制软件开发归为一类，即软件费用)。
(4)设备安装费用，一般指网络集成、设备安装费等。
2、应用软件的开发费用
应用软件的开发费用贯穿整个软件系统开发生命周期，即系统分析、系统设计、系统实施等，它不仅包括用于专门语言或软件工具编制的程序，还包括相关的系统设计方案和文档资料的编写等。
3、其他费用
其他费用包括维护费用(系统维护、耗材、人工、水电费等)和管理费用等。
通常，应用软件的开发费用不容易准确估算，它和信息系统项目的开发方式有关。如果采取自主开发的方式，必须详细估算开发该软件所需要的人工和时间；而如果采取对外承包开发的方式，也需要自行估算开发该软件项目的成本，尽量达到与软件开发商的信息对称，增强用户自身的议价能力。
另外，在估算信息系统成本时，应根据信息系统的类型来估算。
传统的项目投资决策分析方法主要是采用财务分析方法，例如使用现金流、计算投资回报率等，主要是对可度量的有形成本和有形效益进行计算。然而，在考虑对建设信息系统进行投资决策时，由于信息系统在其开发、实施和维护等方面的特殊性，以及支持企业多层次的管理，所以不能简单地使用这些传统方法对信息系统的投资进行决策，必须探求一种新的成本分析方法。
信息系统建设的成本有相当一部分是无形的成本，企业在进行项目投资的成本分析时，对于无形成本的分析应该明确地在投资决策的可行性研究时标识出来，并为它做一系列的假设及记录到文档中，以确保决策者能了解它们对决策的影响，从而指导他们的决策。
信息系统不同于一般的通用软件包，其功能和开发方式都与组织的具体需求以及特定的组织结构有关。企业在对信息系统项目进行成本测算时，不仅要用标准的成本测算模型，还要不断积累自身的成本测算数据，并在此基础上不断对应用的成本测算模型进行修证,使之符合本企业的实际情况。