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发票保管是指对发票领、存环节中，对发票的交接、传递、保管行为进行控制，以保证发票安全完整。
1、集中保管。即在有条件的地方，对由税务机关统一印制的各类通用发票和带有企业名头的发票，都由税务机关集中保管。用票单位和个人需用时，向税务机关验旧领新。
2、自行保管。即由用票单位和个人自行保管，除用票单位和个人对领购的发票负责保管外，印制好的带有企业名头的发票也一次性交由企业保管。
1.空白发票的保管
a.税务机关要视具体条件全面实行发票集中保管制度。税务机关要设立专门的库房和橱柜，分类、分户、分柜存放企业的发票，严格控制发售数量，并设立发票管理总帐和明细分类帐，对所有集中保管的发票都要登记入帐。
b.企业领回的发票，也要设立专柜保管。对税务机关没有条件实行发票集中保管的，用票单位还应视具体情况，设立专库（柜），确保发票安全。
c.税务机关以及用票单位和个人都要指定专人保管空白发票。
d.印刷和使用发票的单位以及税务机关的专用仓库，其设计、施工和日常安全管理应参照《仓库防火安全管理规则》执行。
2、作废发票的保管
作废发票多种多样，对不同的作废发票，应当采取不同的管理方法：
(1) 开具发票过程中出现的作废发票的管理。对由于开票人员工作失误或其他原因开错的发票，应当在发票上加盖“作废”戳记，重新开具发票，不得在开错的发票上涂改。开错的“作废”发票必须全部联次妥善保管，粘贴在原发票存根上，不得私自销毁，以备查核。
(2) 政策调整或变化造成作废发票的管理。税务机关实行发票统一换版或政策变化以后，一般规定一个过渡期，在过渡期内，新旧发票可以同时使用，到期后，旧版发票应当在税务机关收缴完毕以后，指定专人集中保管，并登记清册，经办人员和负责人签字后，统一销毁。增值税专用发票的销毁须报经省国税局批准。
3、发票存根的保管
用票单位和个人已使用过的发票的存根，也应妥善保管。在保管期限内，任何单位和个人都不得私自销毁。
4、丢失发票的处理
业户发票丢失应书面报告主管税务机关，并在报刊和电视等传播媒介上公告声明作废。声明播出或刊登后，业户要将有关资料报送主管税务机关备查，税务机关应将此类声名分类登记在案，供鉴定真伪发票时参考。丢失数量较多的或可能造成后果较重的，还要抄送到有关部门备查。一般纳税人丢失增值税专用发票应按照有关规定，在案发当日向当地公安机关和主管国税机关汇报。
1、专人保管制度。就是要视具体条件，全面实行发票的集中专人保管制度。要确定专人负责发票管理、领发等日常工作。税务机关及一切用票单位和个人均应按实际需要，设置专职发票管理员。建立严格的发票领发制度，并明确其工作职责，建立和实施严格的岗位责任考核制度，并且做到定期检查、奖罚兑现，充分调动他们的工作积极性。
2、专库保管制度。就是要有专门的发票存放设施，确保发票的安全。各级税务机关要严格按照规定设立专门存储发票的仓库，并配备必要的防盗、防火、防霉烂毁损、防虫伤鼠咬、防丢失等安全措施。用票单位和个人也要配备专柜，并分门别类、按顺序号码堆放，要有利于存取和盘查。增值税专用发票的保管实行24小时双人值班制度。
3、专帐登记制度。就是要设立发票管理总帐和明细分类帐，对所有集中保管的发票登记入帐，通过帐、表反映发票印、领、用、存数量情况，并由购（领）人员签章，做到手续齐全，责任清晰，做到帐帐相符，帐表相符，帐实相符。
4、保管交接制度。发票保管人员调动工作岗位或因故离职时，均须将本人所管发票及领发登记簿，在规定的期限内与接替人员办理交接手续，由有关人员进行实地监交，交接手续不清不得离职。在发生移交时，均应填制移交清册，由接替人员逐项核对、清点验收。对库存发票应根据“发票领发登记簿”结余数进行交接。实际库存数与登记簿结余数必须一致。不一致时，移交人员应限期查清。交接完毕后，由交接双方和监交人在移交清册上签名或盖章。用票单位和个人已使用过的发票存根，在保管期限内，任何单位和个人都不得私自销毁。
5、定期盘点制度。各级税务机关及用票单位和个人，定期对库存未用的发票应进行一次清点，以检查是否帐实相符。省辖市国税局每月对增值税专用发票盘查一次，县（区）国税局每旬对增值税专用发票盘查一次，主管国税机关每天对增值税专用发票盘查一次。县（市）级税务机关至少每半年对辖区内各基层税务机关及用票单位库存发票情况要进行一次帐实稽核工作。若有不符，应查明原因，及时作出处理。