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保函业务审计就是对商业银行办理保函业务过程是否合法和规范、是否符合国际惯例进行审查。即指金融监管机构通过查阅金融机构有关保函的项目档案文件，确定商业银行在办理保函业务过程中，是否根据国家的法律和国际惯例，是否按客户委托和指示办理，是否按规定的权限办理，以及在保函业务的后期管理过程中，是否进行项目监督，加强财务管理和档案管理，对商业银行开办保函业务经营、管理和防范风险等进行分析、评价和处理。
1．经营合规性。检查金融机构办理担保业务是否严格执行《中华人民共和国担保法》和《境内机构对外担保管理办法》。主要审查：
(1)出具保函金融机构是否具备法定担保资格；
(2)金融机构执行担保登记制度情况；
(3)被担保人是否符合担保条件；
(4)金融机构执行保证金制度情况；
(5)保函业务有关会计核算问题；
(6)保函项下银行垫款情况；
(7)金融机构对保函业务内控管理情况；
(8)所出具的保函是否符合国际通行惯例。
(1)商业银行是否严格执行监管机构关于商业银行内部控制的有关规定，建立健全了较为科学、完善的保函业务基本管理制度和实际业务操作规程，是否符合相互制约、相互监督的原则。
(2)商业银行是否严格执行《商业银行授权、授信管理暂行办法》和《商业银行市场风险管理指引》，建立包括担保业务在内的全辖统一的审慎的授权授信管理制度。
(3)保函业务各项风险内控制度落实、执行情况。
3．经营风险性。主要检查担保项下银行垫款数额、处置情况及垫款真实风险状况。
4．检查有无其他违规担保问题。