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仓单分割是指存货人将一批仓储物交给保管人时，因为转让的需要，要求保管人签发分为几份的仓单，或者仓单持有人要求保管人将原先的一份仓单分拆成多份仓单以便向不同的人转让。
仓单分割不仅是单证的处理，还意味着保管人需要对仓储物进行分劈。而分割的条件是仓储物必须能够被分劈，并对分割后的仓单持有人有约束力。分割后的仓储物总数量必须与仓储物的总数量相同。保管人对已签发的仓单进行分割后，必须将原仓单收回。
因存货人转让的需要，要求保管人签发分为几份的仓单或将原来的一份仓单分拆成多份仓单，这便是仓单的分割业务。仓单分割的条件是仓储物必须能够被分割，且达成对残损、地脚货的分配协议并对分割后的仓单持有人有约束力，分割后仓单的仓储物总和数与仓储物总数应相同。保管人对已签发的仓单进行分割后，必须将原仓单收回。实际上，不一定是已经持有仓单的人才可以要求对仓单进行分割。存货人在交付货物的时候，就可以要求保管人分别填发、交付仓单，以利仓储物的处分(买卖、出质等)。
仓单分割有利于存货人处分保管仓储物，但是，仓单持有人请求分割一仓单为数仓单时，必须交还原仓单，以免同一物品有二重仓单，使仓管人有重复返还仓储物的危险。因分割及填发新仓单，为仓单持有人之利益，故因此项支出的费用，由存货人支付或偿还。