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个体化医疗是指在现代医学理论和理念指导下，在循证医学临床指南指引下，临床医师应用理性思维和经验思维互补对个体患者实行最佳诊治的临床实践。
循证医学与个体化医疗的关系是宏观与微观，群体证据与个体应用的关系，两者实际上是相一致的。循证医学强调临床实践应基于科学证据，促进证据使用的全球化，促进经验实践向循证实践转化，并将有效治疗推广运用，使更多患者受益；同时也强调，医疗决策应当本土化，即应用证据时应结合患者的具体情况做出明智、合理的个体化诊疗决策。从经典的循证医学定义可见，人们在做出决策时，需要慎重、准确和明智地应用当前所能获得的最好的研究证据，同时结合临床医生个人专业技能和临床经验，考虑病人的价值和愿望，将三者完美地结合，制定出病人的治疗措施。可见，证据本身并不是决策的唯一依据，而且，在使用证据时并不是死板教条、生搬硬套，而是要谨慎、准确而明智地使用，这就充分表明需要考虑患者的特征和实际情况。
临床流行病学用于临床研究证据的产生，包括设计、测量与评价，而循证医学则是介于证据与实践之间的桥梁，力求将证据应用于临床实践，影响个体的诊疗决策和政府的医疗卫生决策。循证医学与个体化医疗理念相通，目标相同，相辅相成，互为补充。
例如，基于群体大样本证据的高血压治疗药物，在具体应用时需要进行调适以找到最佳的治疗药物和剂量，糖尿病的降糖治疗和肿瘤的化疗也一样，是基于证据基础之上的个体化治疗。缺乏证据的个体化治疗又回到了传统的经验医学模式，而只强调证据不考虑患者具体情况的医学则不是循证医学。
应当指出，循证医学的证据并不仅仅限于临床研究证据，还包括基础研究，如基因分型和SNPs分析能够发现个体对药物治疗的敏感性，进而决定药物治疗的效果和毒副反应，目前在肿瘤靶向药物治疗中已经得到初步应用。