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专项审计调查报告是专项审计调查工作结束后，专项审计调查组向审计机关提出的报告。专项审计调查报告是反映问题、分析原因和提出意见建议的载体，是反映调查成果大小的关键。
专项审计报告应包括以下主要内容：
1．说明委托方名称（被审计企业名称）及委托目的（审计目的）；
1．企业基本情况，包括：公司名称、注册日期、营业执照颁发机构、注册号码、注册资本，法定代表人、公司住所，经营范围。
2．简述项目情况。
1．项目申报时间、项目名称、合同签订时间、立项代码、取得创新基金资助金额及资助方式。
2．项目投资总额。
3．创新基金用途。
4．项目合同规定的各项经济指标情况。
1．资金到位情况
2．资金支出情况
3．项目各项经济指标完成情况
1）项目实现销售收入情况（按年度分列）
2）项目成本情况
3）项目缴纳税金情况
4）项目应承担的期间费用
5）项目实现利润
1、会计政策注释。
3．主要财务指标注释。
首先要从调查实施阶段做起，对调查事项不仅要查深查透，而且要查明原因，提出改进措施。
其次是要注意搜集各方面信息资料，善于从繁杂的资料中提出有价值的东西，使调查报告能最大限度地反映专项审计调查的成果。
三是加大信息宣传力度。这就需要调查人员，对大量的审计资料进行去粗取精，提炼出高质量信息或宣传材料，及时提供给党政领导参阅，同时利用新闻媒体的社会效应扩大审计影响力。
四是在调查事项的处理上要有正义感，要秉公执法、不徇私情，对调查发现的问题要严肃处理。
（1）专项审计调查报告应当事实清楚，数据准确。审计人员在专项审计报告中一定要把事情的来龙去脉、因果关系表述清楚，所列举的事实要清楚，所使用的数据要准确、真实、可靠。
（2）专项审计调查报告应当实事求是，客观公正。在报告中要如实反映调查事项的真实情况，不偏不倚地进行评价，做出符合事实的结论。
（3）专项审计调查报告应当内容完整，重点突出。基本要素齐全，主次分明，紧紧抓住主要问题，切忌面面俱到。泛泛而论。
（4）结构紧凑，逻辑清晰。要以观点统帅数据，数字引用要服从观点的陈述，不搞数字堆积。
财务报表审计报告有固定的四种格式，专项审计没有固定格式。专项审计有各种各样的委托者和使用者，都是针对某一事项或某一目的所进行的审计。因此专项审计报告也是各式各样，无法用一种或者几种固定模式。一般的专项审计的报告分为两种，一种是简式报告，一种是详式报告。
如果审计的是完整的财务报表，并且委托单位没有特别要求，就可以套用年度财务报表审计报告格式出具简式报告。如企业改制审计，合并分离审计等。
详式报告有的是委托审计的内容决定的，如离任审计，为了评价离任人的经济责任，必须出具详式报告。有的是委托方专门要求的，在签订合同时应征求委托方的意见。
详式报告的范围段和引言段可以参考审计准则第1601号（对特殊目的审计）和审计准则第3101号（历史财务信息审计或审阅）审计报告范例。这些审计报告范例在审计报告引言段与以前的报告格式基本一致，因此，我们也可以参考以前的报告格式撰写范围段和引言段，其他内容根据委托方的需要确定。其基本格式如下：
一、标题 关于***的**报告
二、收件人 一般为委托人
三、引言段范围段
包括：审计范围、双方责任、审计依据、审计方法以及实施的审计程序等
四、基本情况
包括被审计单位及相关被审计对象
五、审计情况
包括具体审计内容、相关问题等。审计内容要展开。在表述审计内容时要合理科学的进行分类、归纳，不能“只见树木不见森林”。要跳出具体的审计内容，从整体的角度来进行分类、归纳。
六、审计结论
包括审计情况的总结及委托事项的结论。
七、说明事项
八、附件与附送情况
九、地址与签章
专项审计要注意审计结论的表述方式：
审计结论的表述方式有两种：即积极方式和消极方式。分别适用于合理保证业务和有限保证的业务。在合理保证的业务中，注册会计师应当以积极的方式作出结论，如表述为 “没有抽逃注册资本”，“没有偷逃税费”，“没有违纪违规行为”等。在有限保证的业务中，注册会计师应当以消极的方式提出结论，如表述 “没有发现某某现象”，“没有证据表明存在某某事项”等。
对委托单位要求出具详式报告的，如离任审计等，报告内容要突出重点，简明扼要，发表的观点要客观公正，应以叙述事实为主，少加评论和个人观点，切忌引伸或猜测。要注意修辞，少用形容色彩较浓的词汇，审计报告草稿在没有形成正式征求意见稿之前不要公开。
最高人民法院在《关于审理涉及会计师事务所在审计业务活动中民事侵权赔偿案件的若干规定》（法释【2007】12号）中明确指出，审计报告限定用途无效。也就是说年度财务报表审计报告不分用途，某单位一个时期的财务报表，如果本事务所已经审计或其他会计师事务所已经审计并出具报告，则不应由于用途的不同而重新出具审计报告。如果是需要不同格式的审计报告，或者因为再次审计又取得了新的审计证据，才可另行出具报告。