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专利无效行政诉讼是指专利权人或宣告专利权无效的请求人对专利复审委员会作出的无效审查决定不服而提起的行政诉讼。
根据我国专利法的规定，自一项专利权授权公告后的任何时间，任何单位和个人认为该项专利权的授予不符合专利法的有关规定的，都可以向专利复审委员会提出宣告该项专利权无效的请求，复审委员会应当对请求人的请求进行审查并作出是否维持或宣告该项专利权无效或部分无效的审查决定。
请求人和专利权人对专利复审委员会作出的无效审查决定不服的，可以自收到审查决定之日起的三个月内向人民法院提起行政诉讼。
当事人对专利复审委员会作出的无效宣告请求审查决定不服提起的专利行政诉讼应该如何定性，即到底是行政案件还是民事案件，多年来在司法实践中一直存在极大争议，在现在的司法实践中，虽然此类案件还归入专利行政案件的范畴，但司法界都认可这是一类特殊的行政案件，与民事案件关系密切，主要表现在：
(1) 多数专利无效行政诉讼发生的前提是当事人之间存在专利民事争议
在专利无效行政诉讼案件中，提出宣告专利权无效请求的当事人一般是专利侵权案件中的被告，因此绝大多数的专利无效审查案件是由于专利侵权人在专利侵权诉讼中提出宣告专利权无效的“反诉”而形成的。这部分专利行政诉讼案件在实践中就会与专利侵权诉讼交叉进行。即一般先发生专利侵权诉讼，在专利侵权诉讼中，一旦被告提出宣告专利权无效的请求，就会启动专利无效的行政审查程序。同时，专利侵权诉讼可能会被中止审理。如果专利权人或无效宣告请求人对专利复审委员会宣告专利权无效或者维待专利权的决定不服的，有权向北京市第一中级人民法院提起行政诉讼。此时，一般需待人民法院对于复审委员会的审查决定作出判决并生效后，专利侵权诉讼才重新恢复审理。当然，对于发明专利的侵权之诉，法院可以不中止审理，这样就有两个独立的诉讼，而且形成了交叉诉讼。在某种程度上，专利无效行政诉讼是专利类民事案件特别是侵权类专利民事案件的基础性诉讼。
(2)专利无效行政案件具有民事案件的特点
该类行政诉讼案件与大部分普通行政诉讼案件在审判理念上有质的不同。一般的行政诉讼案件所进行的是严格的程序审查，法院很少对行政机关的处理意见进行实体审查，而专利行政诉讼案件的审理所遵循的是全面审查的原则，更多涉及对专利新颖性、创造性、实用性的实体对比而非单纯行政诉讼意义上的程序审或案卷审，在审理思路上与专利类民事案件更容易接轨。
(3)在专利无效行政诉讼案件中，与案件审理结果有直接利害关系的是第三人，而非被告。专利复审委员会在此类诉讼中的诉讼地位十分尴尬，作为被告应诉，实际上成为一方当事人的代言人，不但有悖于专利复审委员会作为行政机关代表国家和公众利益应当不偏不倚、依法公正处理的初衷，客观上也对法院改判此类案件增加了难度。
专利无效行政诉讼包括两类原则,一类是诉讼中共有的原则,一类是专利无效诉讼特有的原则。专利无效行政诉讼除了具有与民事诉讼、刑事诉讼都具有的原则之外,还具有的自己的特有的原则。
人民法院对专利复审委员会的宣告专利权无效或者维持专利权做出决定的具体行政行为进行合法性审查是专利无效诉讼的特有的原则。
首先,由于“行政诉讼的客体仅限于具体行政行为。所谓,具体行政行为是指行政机关针对特定对象,就特定事项做出的处理决定”“。对专利无效行政诉讼来说,其客体仅限于专利复审委员会作为无效宣告请求审查决定的具体行政行为。“特定的对象”在这里特指的是某项专利,而“特定的事项”特指的是当事人请求宣告专利权无效。专利无效行政诉讼的客体的范围限定了人民法院对专利复审委员会的行政行为进行司法审查的范围。
其次,“人民法院仅对无效宣告请求审查决定的合法性进行审查,一般不审查其合理性”。无效宣告请求审查决定的合理性问题主要有关专利复审委员会这个行政机关的自由裁量权,涉及专利权是否有效的实质性审查,一直以来是专利复审委员会的职权,人民法院对此无权裁断。人民法院经过审理,判断专利复审委员会所认定的事实是否清楚,适用法律、法规是否正确,以及有无违反法定程序的情况。一般来说,当人民法院认为无效决定合法的,判决维持,认为其违法的,判决撤销。人民法院一般不能对专利复审委员会的具体行政行为进行直接变更。但是也有例外,比如,“2003年的一起判决,法院直接做出了宣告专利权无效的判决,并且通过内部规范的方式将这一判决形式固定下来,并不断的有类似判决做出。这种案件的判决方式在知识产权界引发了诸多争议。