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上海综合保税区是上海市委、市政府贯彻落实国务院相关文件精神，加快建设上海国际航运中心和国际金融中心、支持浦东改革发展的重大战略部署而设立的。于2010年11月18日成立。上海综合保税区包含外高桥保税区、浦东机场综合保税区、洋山保税港区以及洋山港、外高桥港、浦东机场空港等“三港三区”，总面积达到20多平方公里，是上海推进国际航运中心和国际金融中心建设的重要平台。上海综合保税区管理委员会是上海市政府的派出机构，统一管理洋山保税港区、外高桥保税区（含外高桥保税物流园区）及浦东机场综合保税区的行政事务。
上海综合保税区目前累计批准各类投资企业12000家（实际运作企业超过8000家），其中贸易企业占80%，航运物流企业占10%。世界500强企业中有111家在区内投资。2012年综合保税区完成进出口额1130亿美元，同比增长14.5%，分别占浦东新区和全市的47%和25.8%。其中进口额867亿美元，增长15.1%，净增114亿美元，分别占浦东新区和全市的59%和37.6%。完成工商税收429亿元，同比增长12%，占浦东新区的21%。完成商品销售额11000亿元，增长13%；完成物流业务营业收入800亿元，增长15%。
上海综合保税区在全国海关特殊监管区域中始终保持领头羊地位，商品销售额、工商税收、物流企业经营收入分别占全国111个海关特殊监管区域的51%、50%和76%。洋山保税港区、外高桥保税区、外高桥保税物流园区的进出口额在全国同类区域中的比重分别达到27%、37%、44%。
1.洋山保税港区是2005年6月经国务院批准设立的我国第一个保税港区，规划面积14.16平方公里，由小洋山港口区域、陆域部分和连接小洋山岛与陆地的东海大桥组成。作为上海建设“国际航运发展综合试验区”的核心功能区域，洋山保税港区已累计引进企业800家，集聚了近60家通信及电子产品、汽车及零部件、高档食品、品牌服装的分拨配送中心，基本形成了面向欧美的分拨配送基地、大宗商品产业基地、面向国内的进口贸易基地以及航运龙头企业集聚地。目前，洋山保税港区税收、进出口等指标均在全国保税港区中排名第一，是全国14家保税港区中发展最快、产出效益最高的保税港区。
2.外高桥保税区是1990年6月经国务院批准设立的我国第一个保税区，位于浦东新区东北端，濒临长江口，处于我国黄金水道——长江与东海的交汇点，规划面积10平方公里。经过20多年的发展，外高桥保税区已集聚各类企业7000多家，是国内经济规模最大，业务功能最丰富的海关特殊监管区。2011年9月外高桥保税区被商务部授予全国第一个“国家进口贸易促进创新示范区”，已成为上海重要的国际贸易基地。同时，外高桥保税区做大做强酒类、钟表、汽车、工程机械、机床、医疗器械、生物医药、健康产品、化妆品、文化产品十大专业贸易平台，其中文化贸易平台被文化部授予全国首个“国家对外文化贸易基地”。外高桥保税区专业商品贸易规模不断扩大，2012年进口手表、酒类、化妆品分别占全国的43%、37%、29%；进口医药品、医疗器械分别增长40%和29%，占全国的24%和21%。
3.外高桥保税物流园区是2003年12月经国务院批准设立的我国第一个保税物流园区，规划面积1.03平方公里。保税物流园区是国内首个实施“区港联动”的试点区域，可同时享受保税区、出口加工区相关政策和上海港的港航资源。依托“区区联动”、“进区退税”等政策功能优势，保税物流园区与外高桥保税区相辅相成、联动发展，现已成为跨国公司面向东北亚的出口采购中心和有色金属、IT零部件进口分拨基地，2012年完成进出口额73亿美元，增长11%，完成进出区货值330亿美元。
4.浦东机场综合保税区于2009年7月经国务院批准设立，规划面积3.59平方公里。机场综合保税区充分发挥其亚太航空复合枢纽港优势，积极打造“临空服务创新试验区”，已引进各类企业160家，包括20余家电子产品、医疗器械、高档消费品等全球知名跨国公司空运分拨中心以及100多个融资租赁项目，UPS、DHL和FedEx三大全球快件公司均入区发展，一批重点功能性项目已启动运作，机场综合保税区已逐步形成空运亚太分拨中心、融资租赁、快件转运中心、高端消费品保税展销等临空功能服务产业链。