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三农问题是指农业生产问题、农村落后问题、农民权利保障与农民收入增长问题。
(一)农民收入增长缓慢，城乡差距加大
改革开放以来，家庭联产承包责任制的实施增强了农民的生产积极性，农业生产力得到提高，农村经济得到发展，农民收入得到持续稳定的增长。九十年代中期以后，农业仍在快速发展，但农民却出现了增产不增收的现象，从1996年到2000年，农民人均纯收入增幅下降了6．9个百分点，之后虽有恢复性增长，但很不稳定。就城乡对比而言，1997年城镇居民人均可支配收人与农村居民人均可支配收入之比为2．47：1，2000年为2．8：1，2009年则上升至3．33：1，农村居民收入增幅的下降使城乡差距不断加大。
(二)农村社会保障机制不健全
我国一直以来实行的是严格的户籍管理制度，这种旧的户籍制度使农村在医疗、就业、养老和教育等许多方面的发展远远落后于城市，这不仅不利于农村的稳定，还不利于农业的发展和农民的增收。
(三)农业现代化水平低
农业现代化是指从传统农业向现代农业转化的过程和手段。这个转化是靠现代工业、现代科学技术和现代管理作支撑的。而农村乡镇企业发展缺乏后劲，教育体制存在诸多缺陷，人才匮乏，所以农业生产效率低下，产业化经营步履维艰。
(一)历史原因
一方面，我国在建国后的“一五计划”期间仿效苏联优先发展重工业，忽视农业和轻工业的发展，对农产品价格实行剪刀差，而且轻工业发展缺乏活力，不能为农业生产提供相配套的基础设施和服务体系。另一方面，二元制户籍制度的存在使城市与农村、农业与工业之间发展很不平衡。随着市场经济的飞速发展，粗放式经营模式的传统农业弊端日益暴露，已经不能适应经济社会的发展。
(二)制度和政策因素
农业是国民经济的基础，是国民经济中最基本的物质生产部门。我国长期以来实行的家庭联产承包责任制使得土地经营分散，农业生产效率低下，难以实现规模经济。政府对农业的投资力度不够，税费体制不尽合理，也没有完善的农村基础设施，导致农民的生产积极性下降。
(三)科技水平低
科学技术是第一生产力。无论是工业、农业或者其他产业，科学技术在其发展过程中起着不可替代的作用。由于农村教育的落后，人才的流失，致使农业科技很难被传播和发展。
(四)农业自身的劣势
农业生产很大程度上受自然条件和地域因素的制约，易受自然灾害的侵袭，风险较大，农产品的生产周期较工业产品长，需求弹性小，回报率较低，属于大宗低值产品。
(一)增加农民收入，统筹城乡发展，缩小城乡差距
目前，农业收人仍是农民收人的主要来源。要想实现农业收入的稳定增长，就需要政府为农产品制定合理价格政策，开拓更广泛的农产品市场和销售渠道，同时，农民也要提高自身技能，积极寻求致富之路。统筹城乡发展就是要把城乡看做一个整体进行统筹规划，给与二者平等发展的权利；统筹城乡产业布局，使资源真正得到优化配置；努力打破城乡分割的户籍制度，使城乡居民享有同等的社会保障权利。
(二)推动农业产业化经营，加快实现农业现代化
农业产业化是一个市场化的过程，是传统农业向现代农业过渡的必经之路。要积极发展乡镇企业，壮大龙头企业，在原来农业生产的基础上，大力发展农副产品加工业，延长产业链，增加农产品附加值，实现农业产业化经营。农业机械化是农业现代化的基础，科技是动力，农业产业化是重要内容，农业信息化是重要手段，而劳动者素质则是实现农业现代化的决定性因素，农业现代化的实现要靠这些因素的全面配合。
(三)加大对农业的扶持力度
对农业的扶持主要体现为政府政策的扶持和资金的注入。政府应加大对农村教育、医疗、就业和养老等方面的投资和农村基础设施和公共服务体系建设的投入，尤其是一些风险较大，收益较低的基础设施；要加强农田水利工程建设，增强农业生产抵御风险的能力，降低农民生产风险；要加大人力资本投资，设立专项费用对农民进行农业科技知识和技能培训，提高农民文化素质和农业科技水平，培育出一批新型农民，以适应农业现代化生产的需要。
(四)改革土地产权制度，加快推进土地承包经营权流转
既要坚持土地公有制，同时还要明确土地产权，坚持土地所有权和使用权相分离，既能防止政府滥用土地现象，又能保护农民切身利益，提高其生产积极性。政府应鼓励支持和引导农民通过转让、出租、转包等多种流转模式实现土地经营权的合法转让，使农业经营由分散转向集中，由人力劳动为主转化为机械化生产为主，提高农业的生产效率，实现规模经济效益。