牲畜粪便是很好的有机肥，特别是羊粪，含有丰富的有机质，是良好的有机肥，新鲜的牛粪含有有机质在14.5%,低于猪、羊、马粪的含量，羊粪含有有机质在31.4%,是猪、牛、马、羊粪中含有有机质最高的，牛、羊粪便含有氮分别为0.32%和0.65%含磷0.25%和0.47%、含钾0.16%和0.23%。但是新鲜的牲畜粪便不宜直接施入土壤中，需要经过堆沤贮存制成圈肥后才能施用。牲畜粪便在施用前必须进行发酵腐熟，牲畜粪便是一种优质有机肥料，它所含有的养分大多数是有机态氮，以蛋白质形态为主，磷以磷脂为主，都不容易被农作物吸收利用。先要进行发酵腐熟，使养分转化为无机态可溶性养分后，才能被作物吸收利用。
其次牲畜粪便含有没有经过消化的杂草种子，这些种子随着粪便排出体外后，如果没有经过发酵处理将杂草种子灭活，直接将没有发酵的牲畜粪便施入农田中会增加农田杂草数量，特别是牛羊等草食牲畜的粪便中这种杂草种子特别多，尤其是采食秋季草种成熟季节的牛羊粪便中含有的杂草种子更多。
三是没有发酵的牲畜粪便含有一定的植物病菌和害虫虫卵，一旦这些没有经过腐熟发酵处理的农家肥施入农田中会造成下茬农作物病虫害的加重发生。
牲畜粪便要经过腐熟发酵后才能作为优质有机肥施入农田，发酵产生的高温可以杀死杂草种子、病菌和虫卵，能够使养分转化为无机态可溶性养分。
那么牲畜粪便如何发酵呢？首先选择发酵处理的地点，堆肥地点最好选择在首先选择堆肥发酵的地点，堆肥地点最好选择在牲畜粪便运送比较方便的地方，地面稍高，背风、干燥、水源近，不直接晒太阳，堆积时才不会浪费工程。将牲畜粪便堆积发酵，在堆积发酵时可以加入1—2%的过磷酸钙、石膏及锰肥等，堆制时要先松后紧，先松使空气多，有利于微生物进行好气性分解，促使有机物进行分解成简单的化合物质，当牛羊粪堆积发酵温度达到50—60℃时就要压紧使微生物以嫌气分解为主，既保持有机肥不过分消耗，又形成了大量腐殖质。在牛羊粪压紧发酵时堆上要糊以泥土，防止日晒雨淋使氮等养分的损失，提高肥料的质量。
牛羊粪含有丰富有机质和多种营养元素的完全肥料，肥效迟缓但是劲长，是很好的有机肥。一般作为基肥全面撒施或者集中条施、穴施，经过堆积发酵处理后的牲畜粪便中的氮素大约有三分之一能够很快释放出来。
