中医是科学，这是从中医的发展历史、对象、目的、方法等多方面的验证。而现代人的思维，采取的是所谓“科学”方法都是基于“分科而学”的形成的思维习惯,必须从根子上变，必须形成整体综合的思维，必须全面地把握各学科，分科而学仅是学习，真正的“科学”就该是科学方法与科学知识的综合，理论与实践的综合。
中医与西医不同两个体系的医学，中医从宏观整体去把握，西医从微观去发现。中医来源于古代人类为抵抗疾病，只能基于当时技术条件下的解剖后，通过观察人体外在表象，以分析其内在状况和变化，通过数千年积累实践，并使用中国古典哲学的阴阳五行等理论来描绘人体生理规律，逐渐完善形成医学理论，并在这千年中的人体实验中不断地验证而成熟。它的优点就是从整体把握各种疾病信息，动态地提供医疗手段，构成了以天地人、阴阳五行、脏腑经络等多层次系统整体、以阴阳表里虚实寒热等为纲目生理规律的系统医学理论。中医使用的方法简单地说就是“观其脉证，知犯何逆，随证治之”的辨证论治方法，有外治、内治等手法。
西医则是从建立在人体解剖学研究基础，标志事件是维萨里《人体的构造》近代解剖学的诞生，哈维《心血运动论》标志近代生理学的诞生。维萨里解剖学与哈维生理学为研究人体的结构与功能奠定了基础而诞生了现代医学，直到今天都一直是这种直观的观察，从解剖学到细胞学再到基因分子结构，以后还会继续分下去，越研究越细越分越多，通过内在的分解分析，建立于这种微观观察基础，探求人的生命活动和作用于人体的致病因子、药物、毒物等等以及对人体健康和疾病的发生而产生靶向处理。现在也发展到产生影响的心理、社会、环境的因素等的集合，有了系统整体的趋势，但根源是建立在分析方法上的。
中医对疾病的研究是放在环境与生命整体中进行分析，整体论下的尽可能地综合多因素结果后采用的措施。西医对疾病的研究是分析还原论即对疾病产生的原因进行分解，是将各种因素排除后得到最后可能性后采取的措施，是二者的根本区别。
前者更接近实际，但总体的因素太多，很难把握，所以现在中医越来越少，因为有这种思维方式的人越来越少了。后者很精确，但却是将各种因素排除后的精确，有效但却离实际会越来越远，因为人体本身就是复杂的系统，环境同样也是复杂的系统，不仅是静态的复杂构成，同时还有动态变化，将其它的因素排除后的措施离实际越来越远。
虽然有差别，但二者都是对于客观对象的研究，都是采用客观的方法进行演绎、统计、实验等总结的，这就是基于实践的理论与理论的实践的统一，只有明确了二者的定位，才能正确地理解两种方法的区别与联系。整体需要进行微观地分析，否则易于无处着手，微观的分析更需要进行整体上去把握，否则易于“盲人摸象”。
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