民办本科和公办本科的区别表现在以下几个方面；
首先，办学的主体资质不同。公办本科是国家财政投资，是部属院校，或者省属院校或者市属院校。在我国的高等院校中，有教育部直属的大学，有工信部直属的大学。有国家地震局直属的大学，有国务院侨办直属的大学，有国家民委直属的大学，还有公安部直属的大学，应急管理部直属的大学，司法部直属的大学等。民办大学或者独立学院是由社会团体出资办学的或者是教育培训机构，社会力量，社会团体和公办本科大学联合办学的一种形式。
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公办大学和本民办大学的办学主体存在着很大的差异。
其次，办学的经费投入不同。公办大学有国家财政作为坚强的后盾和支撑，无论是在师资力量，人才引进。国家重点实验室建设，重点学科建设，博士后科研流动站，博士点，硕士点建设方面有着强劲的动力，在管理体制上也气大财粗。因此，在财政经费投入上具有先天厚实的优越性。
独立学院和民办大学是由个人或者社会团体出资办学，经费投入相对薄弱，所以，在某种程度上会制约学校的发展。
第三个方面，创新能力不同。公办大学一般引进的都是一流的大师，一流的人才，或者在某一领域取得巨大成就的领军人才，或者卓越人才。在师资力量中，一般都拥有一定的两院院士。或者973首席科学家作为师资力量的强大支撑。也拥有国家重点实验室，国家工程技术中心，国家重点学科作为强大支撑，不少项目拥有国家强大的配套资金，所以创新动能比较充足，创新成果比较丰富，因而，能够培养出具有国际视野和创新意识创新才能的优秀人才。
而民办大学或者独立学院在博士点，博士后科研流动站，国家重点建设学科方面，或者国家重点实验室国家中工程技术研究中心等建设领域，非常贫乏薄弱，根本不能够和公办本科大学同日而语。
第四个方面，招生的质量不同。公办本科大学一般都在一本。二本批次进行招生录取，招生的生源质量比较优秀。就是有的地区合并了二批本科大学和三批本科大学的招生录取批次，但是，广大家长和考生在填报高考志愿的过程中，比较优秀的考生，还是首选国家的公办本科大学。独立学院和民办院校的招生的生源质量明显要低于公办本科大学的生源质量。
第五个方面，培养人才的目标不同。公办本科大学中有不少大学是学术型大学，教学研究型大学，更有不少双一流建设大学，或一流学科入选高校。当然也有不少应用型大学。不少院校培养的是学术型人才，研究型人才，而民办大学和独立学院没有一所是教学研究型大学，更没有一所进入双一流建设大学的行列，它们培养的都是应用型人才。
总而言之，公办大学和民办大学尽管都是我国高等教育体系中的。不同的教育形式和办学性质，尽管两种形式的办学机制并存，两种院校的毕业生在人才招聘，公务报考，硕士研究生招生方面享受同样的政策，但两者还是存在着很大的差异。
