事业单位分类，按照职能性质分为行政类、公益类和生产经营类。行政类又区分出行政类和执法类两种，公益类细分公益一类、公益二类。不同类型改革方向和内容大不相同。
1、行政类事业单位改革。行政类事业单位是指承担行政审批、行政许可、行政确认、行政备案、行政监督等职能的事业单位。根据法律法规规定，承担政府行政审批等职能的，主体应该是政府的行政职能部门，但受编制和机构的总量控制，政府设定的职能部门数量有限，便委托一些事业单位代为执行，机构性质参照公务员管理（部分而非全部），行政类事业单位由此产生。本轮机构改革，各地方案都明确，将行政类事业单位纳入清理范筹，无论全部、主要和部分承担行政职能的事业单位，都将被剥离行政职能收归机关，或整合到职能相近的机关。今后，除执法类机构外，不再单设或增设行政类事业单位。由于本次机构改革实行机构和编制限额管理，行政类事业单位的职能划转，只是职能划转，除极少部分人按照“编随事走、人随编走”随职能划转过渡为公务员外，其余大部分人基本上保留到改制后的本单位或分流到其他事业单位安置，不可能全部随职能划转置换为公务员。
2、公益一类事业单位改革。公益一类事业单位主要是指承担科教文卫等行政辅助性服务和公益性服务的事业单位。其特性有两点：一是没有收费职能和权力，不宜由市场配置资源；二是由财政全额拨款供养（部分乡镇卫生院除外）。由于承担着本应由政府承担的基本公益服务，公益一类作为事业单位的主要类型，是国家重点保障确定要保留的事业单位，绝大部分会保持现状，但部分可能会根据职能相近原则进行必要的整合。
3、公益二类事业单位改革。公益二类事业单位的基本特性是部分资源可由市场配置，即存在一定经营或收费职能。鉴于此，此类事业单位一般由财政差额拨款供养。改革有三个类型的方向：一类针对主要为行政机关提供辅助性服务或基本公益服务的，剥离其经营或收费职能，保留在事业单位序列，作为一类事业单位由财政供养；二是保持现状，允许其保留经营或收费职能，保障其基本的公益服务职能。以上两类占了公益二类事业单位大部。还有就是一部分效益较好的，也就是收费或经营职能占据其主体职能大部，可以实现自负盈亏的中介、营利性组织，如公证处、律师事务所、园林绿化工程处、殡仪馆等，全部改企。包括县级以上公立医院和高校也在试点取消编制，实行备案制管理，即单位保留事业属性，人员企业化。
4、生产经营类事业单位改革。这类单位使用的都是自收自支编制，或地方自筹自定编制，按照事业单位分类改革要求，在2020年底前，这类单位将全部改企。今后，国家将不再审批此类事业单位。其在职在编人员，部分随职能划转分流到其他事业单位，其余人员全部取消编制实行合同制管理。从事业单位到企业，很多人担心单位改企后自己会下岗，这点无需忧虑，正式在编人员不存在下岗风险，为了保持干部队伍的稳定性，国家推行机构改革都明确要求平稳过渡，不会简单地推向社会，造成新的结构性矛盾。对于这点，事业人员大可放心。
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