一、系统进化树(phylogenetic tree)
具有共同祖先的各物种/类群相互间演化关系的树,又被译作系统发育树、系统演化树、系统发生树、种系发生树、系统树等。
二、为什么要构建系统进化树?
1.推测进化模型。从进化树拓扑结构和枝长中推测背后的进化机制。
2.预测。模型体现的是机制,机制清楚了,就可以对关键位置进行预测。
三、构建系统进化树常用的方法
1. 基于距离:
UPGMA(类平均法)
ME(Minimum Evolution,最小进化法)
NJ(Neighbor-Joining,邻接法)
2.基于特征:
MP(Maximum parsimony,最大简约法)
ML(Maximum likelihood,最大似然法)
Bayesian Inference (BI,贝叶斯方法)
(通常用两种以上方法构建系统树)
四、系统进化树的评估
自展支持率:Bootstrap support
后验概率: Posterior probability
五、构建系统进化树的流程
六、构建系统进化树的常用软件
PAUP,商业软件,集成的进化分析工具
MrBayes,Phylobayes (蛋白)
PhyML, RAxML
MEGA,图形化的软件,使用方便
Online server/platform
七、流程详解
1.获取数据
数据类型:
核苷酸序列,氨基酸序列,形态学数据……
数据格式
纯文本文件:
>Arabidopsis01【 OTU,运算的分类单元,类群/个体/基因型】AAATCGGGTTCCCTT(数据)
3.准备数据原始文件
用Notepad打开txt文件
利用Bioedit软件排列
用ClustalW 排列矩阵
手工校正
在Bioedit下Fasta格式保存
用DAMBE软件转换格式
用PAUP构建最大简约(MP)树
编写PAUP4运行脚本“PAUP_MP-脚本.txt”文件
运行test1-PAUP.NEX
用treeview打开结果文件test1_MPhs.tre,显示最大简约树(矩形树)
最大似然( ML)树的构建
用PhyML软件构建ML树,数据格式:*.phy
打开PhyML软件包,从输入文件包中拷贝test1.PHY,粘贴
双击 PhyML-3.1_win32.exe,
输入文件名:test1.phy,按照屏幕提示选择各项参数
用treeview打开树图文件test1.phy_phyml_tree.txt
分支旁边的数字是自展支持(bootstrap support)率。
利用MEGA软件构建系统树
用MEGA软件打开fas格式文件
用MEGA软件打开test1.fas,选择序列类群
打开phylogeny下拉框,构建最大简约(MP)树
选择建树参数
显示并编辑树图
输出树图文件
PhyML平台构建系统树
https://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/PHYML/interface.html
CIPRES平台构建系统树
iTOL平台编辑系统树
欢迎关注生信人
||||| |value
|| |||
||||
||||||