我国现有的行政主体理论虽对大陆行政法学和行政诉讼制度产生了卓有成效的影响，但是通过对中国行政主体制度的阐释以及中外之比较，不少学者指出了传统理论的不少不足之处。概括其中内容，可以得出以下结论；
(一)行政主体理论内在的逻辑矛盾
第一，“行政主体”这一概念有许多模糊的地方。到底哪一级行政组织、何时能成为行政主体值得研究。通说认为行政主体并非在所有场合都能成为行政主体，行政机关能否成为行政主体，主要是看其以何种身份从事活动。当其以国家名义行使公共权力时，其身份是行政主体；当行政机关以自己的名义从事民事活动是民事主体。即行政主体不是一个恒定的称谓。这样看来，即使像国务院这样的国家最高行政机关也只是在某些场合下可以成为行政主体。这种观点就显然还缺乏足够的说服力了。
第二，现有行政主体理论难以解决行政违法主体与责任主体之问的衔接关系。现有行政主体理论由于只将行政机关和被授权组织作为行政主体，相应地，行政违法主体及责任主体也只能由此两类行政主体构成。这样，从理论上推定，受委托组织和行政公务人员就不够格作为行政违法主体和行政责任主体。但在有关行政责任的界定上，又扩大到“行政主体及其执行行政公务的人员因违反行政法律规范而应承担的不一致。”由此，引起理论上的前后不一致。因为行政主体即行政行为的主体，都只能归属于行政主体。违法行为的名义及责任都应由行政主体承担。但我国立法既为“行政主体”设定了行政责任，也为行政机关中的公务员、受委托组织及其行政公务人员设定了行政责任。
(二)现有行政主体理论的学术功能局限
从语言范畴角度着眼，主体与客体乃相伴相随的术语。作为一个法律术语，主体与客体是相对而言的，有主体就必然有客体。这很容易使人推理出接受行政作用的一方(相对人)就是行政客体。在传统行政法学中，行政法律关系表现为支配与服从关系，“行政主体”观念甚为流行并为人们所接受。而现代行政法则趋向于强调行政机关与相对人之间的平等，所以虽然有学者指出行政主体只是一个技术性的称谓，并不必然包含有特别权力关系的因素。但其仍然有违背现代法制根本精神的嫌疑，不能体现现代行政法民主的本质
