转录的延伸可分为早期延伸（early elongation）和生产性延伸（productive elongation）两个阶段。当新生RNA链不足10 nt时，可认为仍处于起始阶段，随时可能发生流产起始而重新开始。而如果RNA链超过12 nt后，通常就已经通过启动子解脱程序，进入早期延伸阶段。
延伸过程并非一直持续进行，中间经常会发生暂停（pausing）。暂停与多种生物过程相关：真核生物的mRNA加帽、剪接和转录调控，原核生物的转录终止、RNA二级结构形成、调控因子募集、转录-翻译偶联、蛋白质折叠以及DNA修复等都需要转录暂停。
在早期延伸阶段有一次重要的暂停，因其发生在靠近启动子的区域，被称为启动子近侧暂停（promoter-proximal pausing）。这种现象最初是在果蝇热休克蛋白的转录中发现的，现在认为它是转录过程中的普遍现象，对于转录调控具有重要意义，甚至有人认为它是转录过程中的限速步骤。下图中粗箭头表示速度较快。
启动子近侧暂停有关步骤的相对速度。Genes Dev. 2019
原核生物的σ70依赖性启动子近侧暂停研究较多，发生在大约转录15-25个核苷酸后。在真核生物中，RNAP II相关的启动子近侧暂停研究较多，一般发生在转录20-60个核苷酸后。暂停之后可能转录被终止，也可能继续转录，进入生产性延伸阶段，称为暂停释放（pause release）。
暂停时Pol II停留在启动子和第一个核小体之间。暂停因子NELF（negative elongation factor，负延伸因子）和DSIF（DRB sensitivity-inducing factor，DRB敏感性诱导因子）可以与Pol II结合并使其稳定。
转录的早期事件。Annu Rev Genet. 2013
要使暂停的转录复合体释放，从而进入生产性延伸，需要对其进行两个重要修饰。一个是新生RNA的加帽，另一个是暂停的转录复合物的磷酸化。
加帽过程需要三种酶活性，其中加帽酶（CE）的募集可以缓解NELF的作用，并有助于P-TEFB加载。有人认为加帽是进入生产性延伸的检查点。
转录复合物的磷酸化是由蛋白激酶复合物P-TEFb（positive transcription elongation factor b，正转录延伸因子b）介导的，该复合物也使暂停因子DSIF和NELF磷酸化。这些修饰有助于募集更多的延伸和RNA加工因子，以帮助聚合酶克服转录的后续障碍。
从暂停进入生产性延伸。Annu Rev Genet. 2013
在人类细胞中，P-TEFb的非活性形式是与7SK snRNP结合的。P-TEFb可以被多种机制（Brd4、中介体或某些直接与DNA结合的激活剂）激活并募集到已暂停的Pol II复合物中。
磷酸化的NELF从Pol II上解离，DSIF被P-TEFb磷酸化后变成正延伸因子。在完成其功能后，P-TEFb可以从复合物中解离出去，但在一些高活性基因中，也可仍与Pol II结合。
Pol II进入和脱离暂停位点的调控。Science. 2008
启动子近侧暂停及其释放受到多种因素调控。细胞可以响应外界环境变化，或发育及分化信号的刺激，通过一些依赖核受体（NR）的信号转导途径对其进行调节。所以最近有很多暂停与发育或疾病关系的研究。
Pol II的暂停和释放受多种因素调控。Trends Biochem Sci. 2015
进入生产性延伸之后，转录过程仍然需要克服许多障碍，比如真核生物的核小体。已经发现的突破核小体屏障的机制包括核小体重塑、组蛋白变体交换和组蛋白尾部修饰等。
Pol II通过核小体结构的机制。Annu Rev Genet. 2013
转录终止也与暂停有关。原核生物的终止子在终点之前都有一个回文结构，可使转录暂停。关于转录终止的具体机制，在下一篇文章中探讨。
