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《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）》第1条规定：“招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。招标人和中标人在中标合同之外就明显高于市场价格购买承建房产、无偿建设住房配套设施、让利、向建设单位捐赠财物等另行签订合同，变相降低工程价款，一方当事人以该合同背离中标合同实质性内容为由请求确认无效的，人民法院应予支持。”
“黑白合同”在建设工程司法实践中很常见，上述两个条文是关于建设工程中的“黑白合同”的效力及适用的规定。建设工程司法解释一和司法解释二对“黑白合同”都做了规定，这一方面体现了该问题的普遍性和重要性，另一方面也说明司法实践的复杂性（一两个条文不可能规范所有的司法实践）。因此，学习最高法院对此问题的裁判规则显得尤为重要。本文总结了部分最高法院的裁判规则，供大家参考。从最高法院的裁判规则来看，一些裁判是严格按照司法解释的规定作出的判决，一些则是对司法解释做了进一步的解释。
一、严格按照司法解释的规定作出的判决
最高人民法院（2018）最高法民申3342号民事裁定认为，关于案涉工程结算依据问题。因富浩公司提供证据不足以证明天桥公司在投标过程中存在串标行为，即天桥公司的投标行为有效。《建工合同司法解释》第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”。本案中，合同实质性内容包括工程价款、工程期限等。案涉7.7合同与8.25合同在工程价款、工程期限、工程承包范围等方面均不同，8.25合同为备案的中标合同，符合中标文件各项要求。因此，原判决适用《建工合同司法解释》第二十一条规定，以备案的中标合同“8.25合同”鉴定价款作为结算依据，并无不当。
最高人民法院（2018）最高法民终373号民事判决认为，威鲁公司（发包人）还上诉主张应按宏胜公司（承包人）出具的《承诺书》下浮中标价33.61%。但威鲁公司向宏胜公司发出的《中标通知书》中写明工程中标价为150521660元，无下浮33.61%的内容。依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条”当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”之规定，合同价款应以中标价150521660元为依据，威鲁公司关于应下浮33.61%的主张不能成立。
最高人民法院（2017）最高法民申4339号民事裁定认为，案涉工程经过招标投标程序，福建新铭豪公司中标后与合肥邦华公司签订案涉建设工程施工合同并备案，其中约定工程综合取费系数为0.92%。后双方签订案涉建设工程施工合同补充条款变更上述备案合同中约定的工程综合取费系数为0.9%。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据之明确规定，二审法院认定案涉工程应当按0.92%的工程综合取费系数计算工程总造价亦无不当。
最高人民法院（2017）最高法民再249号民事裁定认为，《建设工程施工合同解释》第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”本案中，地质大队和琼山建筑公司于2011年12月8日依据中标文件签订《建设工程施工合同》并办理了合同备案。该合同约定：工程价款为15816541.39元，合同价款采用固定价格方式确定，无论工程是否有变更或工程量是否有增加或减少，工程价款均不得变更。同日，地质大队和琼山建筑公司签订的《合作合同书》约定：建成的职工住宅楼第十七层至十八层共6套职工宿舍套房分给琼山建筑公司；地质大队所得的60套住房按定死造价每平方米2280元结算，总造价约为13800000元，项目建设所需的其余建设资金由琼山建筑公司全部承担。2011年12月18日，地质大队和琼山建筑公司签订的《补充协议书》又约定：地下室由琼山建筑公司投资建设，工程项目底层架空层临路27米长的场地使用权归琼山建筑公司所有；小区道路、园林绿化、围墙工程由琼山建筑公司施工，工程价款另行结算。从《合作合同书》及《补充协议书》约定的内容看，其均涉及对案涉工程总造价及支付方式的约定，且同招标人和中标人经备案登记的《建设工程施工合同》关于案涉工程款结算的约定不同，属于对《建设工程施工合同》的实质性内容进行变更。因此，《合作合同书》和《补充协议书》因违反法律的强制性规定而无效，案涉工程款的结算应以《建设工程施工合同》为依据。
最高人民法院（2017）最高法民申3589号民事判决认为，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。关于“实质性内容不一致”的判断，应结合当事人另行签订的合同是否变更了备案的中标合同实质性内容、当事人就实质性内容享有的权利义务是否发生较大变化等因素来判断。通常招标人与中标人另行签订的改变工程范围、工期、工程价款等中标结果的约定，应当认定变更中标合同实质性内容。本案一审中，人民法院委托湖南广联工程项目管理有限公司作出鉴定报告：依据已备案的《湖南省建设工程施工合同》及招投标文件鉴定意见为项目总造价为26196817.97元（广联257-1号）；而依据未备案的《建设工程施工合同》鉴定意见为17527659.05元（广联257-2号）。由此可以证实创新公司与兴华公司另行签订的施工合同变更了备案的中标合同实质性内容。依照上述司法解释的规定，本案应当以备案合同作为双方结算的依据。
最高人民法院（2017）最高法民申1557号民事裁定认为，2006年8月14日，长建公司中标梅花鹿集团鹿产品加工车间工程项目，工程建筑面积3022.6平方米。依据《中标通知书》，梅花鹿集团与长建公司于2006年9月9日签订《建设工程施工合同》，约定长建公司承建梅花鹿加工工程的厂房、办公楼及配套工程，合同价款暂定350万元，根据施工图纸计算工程量，工程直接费用套用2006年吉林省预算及费用定额。2007年6月22日，梅花鹿集团与长建公司又签订《吉林省双阳梅花鹿集团有限公司建设工程施工承包合同的补充条款》，将上述工程的计价标准变更为执行吉林省建设厅颁布的2000版计价定额。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条的规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的依据。梅花鹿集团与长建公司经过自愿招投标对上述2006年9月9日合同进行了备案，故该部分工程量应依备案中标合同约定的定额计算工程价款。
最高人民法院（2017）最高法民申1410号民事裁定认为，关于原审判决认定17#、18#楼工程款为12964637.12元是否正确的问题。因双方对工程价款存在争议，经双方当事人同意，一审法院委托河南永安工程管理有限公司（以下简称永安公司）对18#楼工程价款进行鉴定，永安公司作出了豫永安鉴（2015）002号鉴定书，该鉴定书依据备案合同作出的造价为6518628.97元，依据后合同作出的造价为6090509.72元。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作出结算工程价款的根据。”据此，原审法院以备案合同的造价计算工程价款是正确的。
最高人民法院（2017）最高法民申284号民事裁定认为，工程款支付方式是建设工程施工合同的实质性内容，而本案补充协议和备案合同对工程款支付方式的约定不同，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条关于“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”的规定，本案应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
最高人民法院（2017）最高法民申51号民事裁定认为，本案存在《2013年合同》和《2014年合同》两份合同，《2013年合同》的签订未经招投标程序，《2014年合同》则系经招标程序签订的备案的中标合同。两份合同在工程价款的支付上存在很大的差异，《2013年合同》约定的支付方式是：“1、一期项目（甲方可任意选择ABC地块先开发）。图纸设计完整，全部拟建楼号（目）同时开工，18层（含本数）层高以内，由乙方垫资施工至框架达到4万平方米（按建筑面积计算，有架空层的照样计入建筑面积，商住楼标准层以3米为准，商铺层高以4.2米为准，超出部分由甲方补差价；如超出5.2米则按两层计算建筑面积）。乙方完成4万平米框架封顶后，甲方按每平米900元支付工程款；乙方完成主体砌墙后，甲方按每平米250元追加支付工程款；乙方完成铝合金门窗框、内外抹灰后，甲方按每平米300元追加支付工程款；乙方完成涂料、水电门窗扇后，甲方按每平米200元追加支付工程款；工程验收后，甲方再按每平米200元追加支付工程款。至此，甲方累计每平方米付至1850元。工程余款（每平米50元）作为工程质量保修金，保修期满后，甲方再免息付清。……4、二期项目。按每月完成进度支付，如出现不同理解，可参照一期项目每平方米的付款方式。”《2014年合同》的合同协议书、通用合同条款、专用合同条款未约定工程价款的支付方式，但结合中标通知书、招标文件、投标函及其附录等其他合同文件的内容，可知《2014年合同》约定的付款方式是：合同签订后支付合同价款的25%，工程量完成50%后，支付至合同价款的65%，工程竣工验收合格后，送发包方委托有资质单位进行结算审核后，支付至确定的结算总结款的95%，并扣除合同价款的5%的工程保修金后付结算款。依据《建设工程解释》第二十一条关于“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”的规定，因工程价款的约定属于建设工程施工合同的实质性内容，故本案应以《2014年合同》作为鑫龙公司和献林公司之间关于工程价款支付事宜约定的依据。
最高人民法院（2016）最高法民终778号民事判决认为，一审判决在认定以上备案合同之外另行签订的三份协议，均对备案合同约定的工程价款数额及计算方式等核心条款作出实质性变更，因此应以备案合同作为确定工程价款结算依据的情况下，又依据第二份《协议书》的约定，认为双方确定工程预结算金额为92832336.95元是真实意思表示，并据此计算案涉工程价款，存在前后矛盾。本院认为，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条的规定，“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”在经审查确认双方当事人另行订立的协议与经过备案的中标合同实质性内容不一致的情况下，应当以备案的中标合同作为结算工程款的依据。由于案涉备案合同确定的工程款确定方法为“固定价加调差”，江苏建工集团应当就其主张的工程价款数额承担举证证明责任，在其不能提供充分证据证明所主张的工程款数额的情况下，应就此承担举证不能的不利后果。在江苏建工集团未就案涉工程账目、签证、票据等提供任何证据证明的情况下，一审判决仅凭双方当事人签订的上述第二份《协议书》认定案涉工程价款，缺乏充分证据证明，造成对本案基本事实认定不清。
最高人民法院（2016）最高法民再352号民事裁定认为，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。本案中，鉴定机构以备案的中标合同作为鉴定依据，并无不当。
最高人民法院（2016）最高法民申784号民事裁定认为，一般而言，招标人与中标人另行签订改变工期、工程价款等影响中标结果实质性内容的协议，导致合同当事人就实质性内容享有的权利义务发生较大变化的，则认定为变更中标合同实质性内容。根据西安普迈项目管理有限公司的鉴定结论，按照不同结算依据计算，造价分别为11233743.98元与7364453.77元，相差巨大，属于与中标合同实质性内容不一致。裴宗权主张以备案的《建设工程施工合同》为计价标准，以《退场结算付款协议》为范围进行工程结算，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。故原判决未按照《退场结算付款协议》而按照备案的《建设工程施工合同》进行结算，事实认定清楚，适用法律正确，并无不妥。
最高人民法院（2015）民申字第3575号民事裁定认为，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”根据本案查明的事实，双方在签订了备案的建设工程施工合同之后，又签订了两份补充协议，对工程价款约定了8%、4%的让利。一、二审判决认为，工程价款属于影响合同当事人基本权利义务的实质性内容，双方在备案合同之外的两份补充协议中，对工程价款约定了8%、4%的让利，属于对备案合同实质性内容作了重大变更，并非一般的合同内容变更或其他条款的修改，该认定并无不当。故一、二审判决依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷适用法律问题的解释》第二十一条的规定，以备案的中标合同作为结算工程价款的依据，未计算让利条款约定的部分并无不当。
最高人民法院（2015）民申字第2318号民事裁定书认为，双方应当依据哪个合同结算工程款。2009年6月1日，宝业公司与众品公司签订13号合同；2009年9月7日，双方又签订117号合同。117号合同于2009年10月19日经过了天津市合同管理办公室审核备案。两个合同的工程价款相同，但是开工竣工日期、违约责任、质保金等条款的内容存在差异。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条明确规定：当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。一审、二审法院根据该司法解释的规定，同时考虑到117号合同签订在后，以117号合同作为双方当事人工程款结算的依据正确。众品公司主张13号合同是双方实际履行的合同，应当作为结算工程款的依据，不符合法律和司法解释的规定。
最高人民法院（2015）民申字第1449号民事裁定认为，本案双方当事人于2011年10月8日签订的《建设工程施工合同》，系经招投标并已备案的合同。虽然双方当事人在2011年2月18日还曾签订一份《建筑工程施工合同》，但该合同未经招投标，亦未备案。根据本院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”之规定，应以2011年10月8日的《建设工程施工合同》为准来处理本案结算问题。
二、对司法解释做了进一步的解释
1、以备案合同为结算依据的前提是备案合同是有效合同
最高人民法院（2019）最高法民申1246号民事裁定认为，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”该规定的适用前提是备案的中标合同合法有效。《中华人民共和国招标投标法》第四十三条规定：“在确定中标人前，招标人不得与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判。”本案当事人签订并备案的《湖南省建设工程施工合同》因违反《中华人民共和国招标投标法》第四十三条规定而无效，楚翰公司不能以该合同为备案合同为由主张依据该备案合同结算工程款。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条规定：“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。”在当事人签订的两份承包合同均无效的情况下，原判决考虑到《建筑工程承包合同》系双方当事人真实履行的合同，该合同约定的结算条款更符合当事人的意思表示，故认定涉案工程款参照该合同约定结算，并无不当。
最高人民法院（2018）最高法民申4527号民事裁定认为，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”，该规定适用前提一般是备案的中标合同系有效合同,而本案备案中标合同《湖北省建设工程施工合同》属于无效合同，因此，该合同不能作为结算工程款的依据。
最高人民法院（2018）最高法民申542号民事判决认为，认为，《建设工程司法解释》第二十一条关于“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的依据”之规定针对的是当事人在中标合同之外另行签订建设工程施工合同，以架空中标合同、规避中标行为和行政部门监管的情形，适用前提是备案的中标合同为有效合同，而如前所述，本案中标合同应认定无效，故本案不适用该条规定。
最高人民法院（2017）最高法民终175号民事判决认为，《建设工程施工合同司法解释》第二十一条规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。就本案而言，虽经过招投标程序并在建设行政主管部门备案的《备案合同》因违反法律、行政法规的强制性规定而无效，并不存在适用《建设工程施工合同司法解释》第二十一条规定的前提，也并不存在较因规避招投标制度、违反备案中标合同实质性内容的《补充协议》具有优先适用效力。
最高人民法院（2015）民一终字第409号民事判决认为，在本案中，存在着对同一建设工程签订两份合同的问题，此时应当确定以哪一份合同作为结算工程价款依据，尽管《建设工程司法解释》第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”然而，该条款的适用前提应为备案的中标合同有效，当备案的合同无效时，则不能机械适用该条款。
2、未经招标且无效的备案合同不适用上述司法解释第21条的规定
最高人民法院（2015）民抗字第62号民事判决认为，关于二审对建工解释第二十一条的法律适用是否正确的问题。建工解释第二十一条规定，“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”。如五建公司资质合格且6.25合同系经依法招投标流程而签订，则二审法院适用上述第二十一条认定应以6.25合同作为结算依据就并无不当。但案涉1#楼明显超出了五建公司所持二级资质许可承揽工程的范围，且6.25合同所对应的《建设工程中标内容及条件》等文件均系案涉工程补办手续而形成，1#楼的《建设工程中标内容及条件》在“开标日期：”后亦未填写具体日期而仅填写了“（补办）”字样。故本案6.25合同未经依法招投标且因五建公司欠缺资质等原因而被认定为无效，不具备适用建工解释第二十一条的前提条件，二审参照适用该条规定认定应参照6.25合同结算工程款系法律适用不当，应予纠正。
3、可能出现“黑合同”和“白合同”都无效的情况
最高人民法院（2016）最高法民终574号民事判决认为，双方当事人在涉案工程招标前即签订了《君御华庭项目工程土建施工总承包合同》，约定涉案工程由鸿亿公司发包给八达公司，合同估算总价为107,743,700元。同时，双方就承包方式、承包范围、工期等实质性内容亦达成了一致，且在合同中多次以“中标人”代称八达公司。据此可见，在涉案工程招标程序启动前，双方已将中标人内定为八达公司，此举属于为法律所禁止的招标人与投标人串通投标行为。在此情形下，八达公司在涉案工程的招标程序中中标，涉案双方遂依据三份中标通知书的内容就涉案工程签订了三份《建设工程施工合同》并进行了备案。该备案的三份合同中约定的工程价款合计仅为59,042,223.39元，此价格明显低于涉案工程的合理成本。而无论八达公司抑或鸿亿公司均认可双方实际履行的是《君御华庭项目工程土建施工总承包合同》，而非前述三份备案的《建设工程施工合同》。对此，本院认为，涉案工程为商品住宅建设项目，属于《中华人民共和国招标投标法》第三条第一款第一项规定的关系社会公共利益、公众安全的公用事业项目，是依法必须招标的工程项目。虽然鸿亿公司与八达公司通过招投标程序签订了《建设工程施工合同》，但结合《君御华庭项目工程土建施工总承包合同》签订的时间、价款等内容以及双方实际的履行行为看，鸿亿公司与八达公司以对外招投标为名，行串通投标之事，违反了《中华人民共和国招标投标法》第四十三条“在确定中标人前，招标人不得与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判”、第五十五条“依法必须进行招标的项目，招标人违反本法规定，与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判的，给予警告，对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。前款所列行为影响中标结果的，中标无效”等效力性强制性规定，双方于2012年4月10日签订的三份《建设工程施工合同》依法无效。又依据前引法律以及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条“建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当根据合同法第五十二条第（五）项的规定，认定无效：（一）承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的；（二）没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的；（三）建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的”、第二十一条“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”之规定，鸿亿公司与八达公司于2011年12月20日签订的《君御华庭项目工程土建施工总承包合同》亦为无效。一审判决认定2011年12月20日签订的《君御华庭项目工程土建施工总承包合同》合法有效属于适用法律错误，本院予以纠正。
4、“黑合同”和“白合同”都无效的，应当通过鉴定确定工程价款
最高人民法院（2016）最高法民申2156号民事裁定认为，关于案涉工程价款如何确定问题。中铁博罗分公司主张应根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条关于“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”的规定以备案的中标合同所约定的价款确定案涉工程款，但由于在招投标过程中存在中铁博罗分公司和银泰达公司互相串通的情形，故在此次招投标中所备案的《生活区施工合同》、《教学区施工合同》以及《博罗中学-东江湾新校区工程补充协议书》等施工合同均不能作为结算工程价款的依据，中铁博罗分公司亦未能提交充分证据否定鉴定部门的鉴定结论，故其关于二审判决以鉴定价格确定工程款显失公平、应以合同约定固定价确定工程价款的主张因无事实根据和法律依据而不能成立。
最高人民法院（2016）最高法民再91号民事裁定认为，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。可作为结算工程价款根据的“备案的中标合同”，应限于根据有关规定必须进行招标投标活动且确实进行，并根据招标投标结果签订的合同。当事人未进行实质意义上的招标投标活动，订立的仅用于备案以办理建设工程手续的建设工程施工合同，不属于司法解释规定的可作为结算工程款根据的“备案的中标合同”。本案中，盛弘公司与口岸公司于2012年8月23日签订的《建设工程施工合同》虽然经过备案，但却存在法律规定合同无效的情形，因此，原审法院应当通过司法鉴定程序，根据当事人实际履行情况，重新查明案涉工程造价，据实结算工程价款。
5、对于非招投标法规定的强制招投标工程，发包人和承包人协议（可以行为的方式表现）变更经过备案的合同的行为有效
最高人民法院（2016）最高法民申3079号民事裁定认为，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”。但在案涉工程完工后，金陵公司委托鉴定机构对案涉工程进行结算审核，金陵公司和福华公司对审核结果予以确认，系以行为共同变更了《建设工程施工合同》有关结算工程价款依据的约定。因案涉工程系一般民用建筑，并非《中华人民共和国招投标法》所规定的强制招投标工程，双方当事人之间有关结算工程价款的变更并不影响社会公共利益，原判决以工程完工后金陵公司委托鉴定、金陵公司与福华公司共同认可的审核结果作为计价依据，并无不当。
6、非备案合同只是变更备案合同的结算方式的，不适用上述司法解释第21条的规定
最高人民法院（2015）民一终字第309号民事判决认为，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条关于“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的依据”之规定针对的是当事人在中标合同之外另行签订建设工程施工合同，以架空中标合同、规避中标行为和行政部门监管的情形，而《补充协议书》是在双方履行《建设工程施工合同》过程中，为了解决因工程多次停工给赤峰建设公司造成的损失而签订，只是变更了结算方式，《建设工程施工合同》其他条款仍然有效，并且双方在2012年11月22日的《会议纪要》上对此结算方式再次确认，当地住建局工作人员也在《会议纪要》上签字认可。因此，《补充协议书》属于双方当事人在合同履行过程中经协商一致的合同变更，不属于最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定的情形。
7、非备案合同是结算协议，且主体与建设工程合同不同的，不适用上述司法解释第21条的规定
最高人民法院（2015）民一终字第43号民事判决认为，依据《四方协议》进行结算，并不违反《建设工程解释》第二十一条的规定。《建设工程解释》第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”。该条的规范目的是在出现针对同一工程先后签订两份实质性内容不一致的建设工程施工合同，其中一份为备案的中标合同时，以何作为结算工程价款依据。从该规范目的可知，本条所指两份合同应均为建设工程施工合同。即两份合同约定的主要权利义务都是一方完成案涉工程，另一方给付工程款。具体到本案中，案涉《四方协议》则主要约定的是家禾公司、金桥公司以及麻克义之间终止之前签订的《施工合同》，并对工程款等款项的结算以及退场事宜作出的约定，其并不要求金桥公司继续施工至案涉工程完工。显然，其不具备建设施工合同中约定承包方施工至工程完成的特征。另外，《建设工程解释》第二十一条中对“当事人”的要求是前后两份合同的当事人均相同。但案涉《四方协议》中有四方当事人，而案涉中标备案合同则只有两方当事人。故两个合同当事人也不相同。就此而言，也不符合《建设工程解释》第二十一条适用的对象特征。从《施工合同》与《四方协议》签订先后时间及其内容来看，《四方协议》约定了《施工合同》终止后，双方工程款、材料款给付及相关施工设施的处理情况，属于双方对案涉工程的结算范畴。故不存在《四方协议》部分内容因与《施工合同》内容不一致而无效的问题。
