棚户区的改造本身针对的就是老旧房屋，而很多时候因为以前的法律不完善，以及监管部门的不重视，老旧房屋中大都存在违章建筑的情况。而国家为了让人们的生活环境更好，对许多棚户区都进行了改造重建，国家也给予了被拆迁户许多的补偿，但是一直有一个很让人关注的问题，那就是在棚户区的改造时，对于违章建筑该如何处理呢？
首先法律规定市、县级人民政府准备开始棚户区的改造之前，需要组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、这时候的建筑都应被定性，认定和处理。对认定为合法建筑而且使用得当，没有损坏过于严重或者未超过批准期限的临时建筑的，要按照法律给以最大补偿。如果建筑被认定为违法建筑或者被认定为法律意义上的超过批准期限的临时建筑的，那么政府和开发商不必要给予补偿。
在认定为违章建筑时，如果建造者拥有合法的土地使用权，那么在拆迁时需要考虑土地使用者的财产利益的损失。另一种情况是土地使用权是通过划拨方式得来的，那么在拆迁的时候，拆迁人不会被政府补偿措施照顾。如果违法建筑人在接受转让的土地时，但是出让年限还未到期时，开发商和拆迁办应当对于拆除违章建筑给违章建筑人带来的损失，而且法律很人性化的规定在造成的土地使用收益的损失时，需要予以适当补偿。
其实国家应该更多的监管违章建筑，尤其是在农村，人们的法律意识薄弱，很对建筑都不符合法律要求，所以违章建筑依旧是很大的法律漏洞问题。
