鬼医桃夭，善恶如谜。金铃过处，片甲不留。讲百种妖怪，述世间沧桑。她带着磨牙小和尚行走江湖，每救治一个妖怪，都会要求妖怪的身体终身为她所用，用于自己的医术。
蛞蝓篇。她是所有妖怪的救星，也是所有妖怪的噩梦。桃夭带着小和尚出门游历，桃夭接到求救请求，来到风雪客栈，等待向她求救的妖，原来客栈是四个蛞蝓妖怪幻化的黑店，桃夭和灰狐假意中招，最后修理了几个妖怪，灰狐出手将妖邪斩杀，表明来意。桃夭一身红衣，腕上系着的一个金铃，在进客栈之时，灰狐早已识得其身份，知道是他要找的人。桃夭为灵医，有其规矩，只为妖治，不为人治，每一个接受她治疗的妖，都要和她契约，治疗之后成为她的药，往后任何时候，只要她需要，不管是身体的哪个部分，都要无条件地交出。
灰狐篇。灰狐本为一少年所救，少年梦想成为侠客，待自己强大起来后便行侠仗义，保护弱小之人，灰狐为其动容，在分别时放弃了跟从少年，而是自己留下来修炼成人，这花了四十年的时间，于人类而言，四十年，沧海桑田，什么都可以发生。他以为他懂了人，后来再出来重新寻找少年时，少年已经老去，目睹了曾经的少年屠戮了二万战俘，大多是手无缚鸡之力的平民，有老人，有小孩，他又觉得自己不懂人类了，眼前这个人，和曾经的那个少年哪里还能找到一点共同之处，心碎之余，还是付出了断尾的代价，对皇帝下咒挽回杀心救下他，甚至为其吞噬了二万的幽浮，奄奄一息。但他还想活着，看着这盛世，才向桃夭求助，最终桃夭给他提出的方案是，一切归零重置，重新来过，他变为了一只幼小的灵狐。桃夭问他，为何要救那个人时，他答："我救的不是他，我救的是多年前那个寒夜里在篝火与烈酒中想仗剑江湖的少年。"
漱金鸟。漱金鸟活了几百年，见了几世的人间，会吐金的漱金鸟发现，自己吐金能给人类带来快乐，可是自己吐金越多，人类的快乐却越少，最终带来杀戮和毁灭，几世它飞了很多地方，不敢在一个地方停留。几百年了，它老了，最终有一天，他掉在了一个普通的院子里，他被一对母子收留，因为看到了朱小宝的母亲脸上毫无杂质的笑容，它被打动了，然后甘愿留下。女主人酷爱折纸，在朱小宝小时候经常和朱小宝一起折纸，随着朱小宝渐渐长大，朱小宝要出门工作养家糊口，为了生存，他和母亲在一起折纸的时间越来越少，没有儿子的陪伴，女主人脸上的笑容越来越少。最后朱小宝为了能得到更多的钱，决定从军，从军之后，朱氏更是很少见到儿子，漱金鸟旁观了整个过程，决定去战场上找回朱小宝，可是朱小宝早已战亡，为了找回朱氏的笑容，漱金鸟钻进朱小宝的尸体，代替朱小宝回家，守护母亲。漱金鸟为了学习折纸，吐出许多金子，来到元宝堂找叶逢君学习折纸之术，叶逢君在日渐接触中发现了漱金鸟的存在，在逼问之下得知了真相，朱氏最终去世，漱金鸟也熬到了尽头，借尸还生，是这只老鸟所不能承受的负担，叶逢君为救漱金鸟才将桃夭召回。漱金鸟用生命吐金换叶逢君折纸之术，叶逢君笑他蠢，问他值得吗，他却回："我买回来的东西，远比我付给你的值钱。""一个人真正开心的时候，笑容是会发光的。"与漱金鸟对比的是郑氏的儿子，有钱之后对自己的母亲不管不问，老人死后在活人眼里看来的风光操办，桃夭评价了一句，"热闹是活人的，死人什么都没有，一只鸟都明白的道理，人却不明白。"
蜉蝣篇。狼人因为瘸了腿遭到家族抛弃，以人类样貌来到人类社会，却也是饱受欺凌，被残忍狡猾的商人一次次的欺侮还诬赖他偷东西，被打后厌世。就在他决定跳桥投湖之后，碰到一个灵动的姑娘，被女子拉着一起度过了整整一天。在这一天的时间里，姑娘做了很多事情。吃人类美食，和狼人一起看日出，像人类女子一样化妆，为水果摊老板叫卖，看人类书籍，为老婆婆唱歌，甚至于夜晚与狼人拜堂成亲。正如她自己所说，她所做的都是她喜欢做的事情。
狼人篇。一夜过后，姑娘从此消失，杳无音信，而狼人则每年来到这里，找姑娘“拿药”，也渐渐断绝了寻死的念头，最后还找到了自己的归宿，幸福地过了一辈子。与姑娘共度的这一天其实并没有让他打消寻死的念头，但却因为姑娘消失之前的一个承诺，让狼人有了一个活下去的理由，重新燃起了活下去的希望。寻找姑娘成狼人心病，后被桃夭留下的一封信治愈。世有一虫，幼时隐于水下，成虫后出水，寿极短，朝生暮死，称蜉蝣。姑娘就是蜉蝣，只有一天的生命，她却也活得如此认真，而自己当初却是一心求死，现在想想，曾经遇到的那些以为过不去的挫折，其实也就这样而已。
庆忌篇。因父亲王大仙的指引，王姓少年从一个名为镜花泽的湖里“召唤”出了小妖庆忌，这种妖怪被叫出来之后会为召唤他的人日行千里去送一封信。少年原本抱着试一试的态度喊出庆忌只是为了父亲死后有个陪伴，他一直和庆忌相互陪伴，聊天分享生活。庆忌也向他许下承诺，如果他需要不管多远他都会为少年送一封信。逐渐长大的王姓少年因父亲仇家的诅咒活不过十四岁，眼看身体越来越差的他不忍拖累青梅竹马，送走了喜欢的少女小玉，也因此茶饭不思，越来越忧愁，一直陪伴他的庆忌看出他的难过，许诺只要他需要就可以为其送信给小玉。没想到几十年过去，庆忌因镜花泽湖水变化身中剧毒都未曾等来那个少年，怕自己死了以后少年回来找不到自己。为了遵守和少年的承诺，他才请来桃夭为其治病，他一直在等着少年来找他送信的那天。而从桃夭找来的少年的日记本上，得知，王姓少年从父亲王大仙那里了解到庆忌一旦日行千里为自己送信，必死无疑，但这种妖怪自己却并不知情。而当时得知自己活不过十四岁的少年，为了不耽误小玉目送她离开之后，在病危之际曾想过送信给少女再见最后一面，却为了保住小妖庆忌的生命，放弃了这个想法。为了保护小妖庆忌的生命，从未告诉庆忌真相。小妖庆忌却在不了解事情真相的情况下，为了承诺等候了少年几十年，从未离开镜花泽。对于这些妖怪来说，一诺不止千金，他们只要许下了诺言，就会用一生去守护。
乖龙篇。这个家伙厌烦了行雨，到行雨之时便四处逃逸，藏在人身上，或古木大柱，或楼台厅阁；逃避雷神的追捕。如果在旷野，无处逃避，往往钻入牛角，牧童往往因为受此牵累，被雷震死。乖龙只是跟龙沾了一丁点血缘关系的妖怪，天生有行云布雨的能力，所以很久以前就被天界收复驯化，归于雷神部，按照上头的要求往人间降雨解旱。乖龙为了阻止旱仙给村子带来干旱而身受重伤，桃夭虽已让柳公子去拯救村子，但为了套出乖龙的故事治好他的病，她还是以拯救村子为要挟，让乖龙说出了自己的故事。作为小妖仙的乖龙，虽一直兢兢业业的工作布雨，但不被重视和认可，甚至被说成好吃懒做，而且在凡间也从来没有人来供奉乖龙，所以乖龙一气之下就逃到人间游山玩水，寻找自己的快乐。除了被雷劈日子过得还是很悠闲的，但乖龙却感觉空虚，总觉得缺少点什么。直到他遇到了盲眼的阿忙，阿忙是第一个认可和需要乖龙的人。即使阿忙把乖龙误认为是土地公公，但他供奉和感谢的对象都是乖龙，乖龙也由此收获了他一直需要的认同感。阿忙为奶奶在门前种了一片甘蔗地，虽辛苦，但阿忙觉得如果自己种出了这片甘蔗地，就不再是大家口中那个没用的阿忙了 。阿忙想乖龙祈祷，乖龙自知自己没有那么大的本事保佑甘蔗地必有收成，他也活在阿忙会对他失望的恐惧之中，而此时旱仙却来飞鱼村作乱，旱灾要是落在了飞鱼村，阿忙的甘蔗地也就不保了，所以乖龙才拼了命地阻止旱仙。柳公子用乖龙的血阻止了旱仙，乖龙知道能抓住旱仙的关键是自己也非常感动，他守住了阿忙的甘蔗地，他并不是一无所用。乖龙决定和雷神返回天庭，去做自己力所能及的事情。
两人一狐，加上她们的老邻居蛇妖柳公子，结伴而行，在这妖怪横行、惊险重重，为周围的妖怪治疗各种疑难杂症，也为这些妖怪周围的人类排忧解难。桃夭、磨牙和柳公子之间的关系不显山不露水，冰山的一角可以窥探整个故事的磅礴精致。《百妖谱》动画在画风方面保持了东方美感，一些场景中还加入了水墨风的元素。百妖谱的开头是一只灰狐的独白：我不懂人类。这个人，尤其不懂。设置悬念的故事情节，引人入胜。古风的嗓音，唯美的歌词，动听的编曲，让人情不自禁沉浸故事里，爱上它。动漫里对女主桃夭的介绍是鬼医桃夭，善恶成迷，只救妖怪不救人。人物设定引人入胜：为什么只救妖怪不救人？女主想必也有一段难忘的，让自己的人生发生拐点的故事。不足之处是时间比较短，很多故事情节都做了简化，细节不够，让人很难代入到故事中去。故事节奏有些拖拉，剧情里塑造的人物不鲜明，灰狐和少年的故事太煽情，实质性的内容少，甚至会看的一头雾水。《百妖谱》不仅讲妖，也讲人。描绘了人与人之间的羁绊，也讲述了妖与人之间的故事，是一部展示人情冷暖和人生无奈的佳作，所展示的自然景观，漫画制作每一帧都如诗如画。写百妖，历百事，通百情。