张锡纯把青蒿和茵陈蒿当作一味药物，认为“茵陈为青蒿之嫩者，得初春少阳生发之气”。然而茵陈蒿和青蒿确实不是一味药物，茵陈蒿是多年生的，青蒿是一年生的。连张锡纯这样的先哲都误认为二者是一物，说明它们的功用应该是很相近的。总的来说，都是味苦寒凉，气味芳香，得少阳之气，能够生发。分开来说茵陈蒿主要治黄疸，青蒿主要清热。 我们可以从这两种植物生命周期的不同来探讨其药性的不同。青蒿是一年生植物，从一粒种子白手起家，所有的东西都是自己挣来的，因此它里面既有生发的阳气，又有积攒的阴气；茵陈蒿就不同了，古人说它是因陈，卢之颐说“因者，仍也，托也；陈者，故也，有也”，陈是它往年的旧根，它每年春天都是在这个陈根上发出来新芽，可见它不是白手起家，而是仗着祖上的基业，就好象刚开始做生意就有很多本钱，自己光有开拓性就行了，不象青蒿那么注意积攒阴气。但要注意，茵陈蒿的本钱在哪呢？在老根上，我们用药时是去掉老根的，只用嫩芽。这就等于把它的阴气都扔掉了，只留下它的生发之气。我们也可以这样来理解，事物总是阴阳的平衡体，青蒿中的阴与阳是平衡的，茵陈蒿中的阴阳也是平衡的，但茵陈蒿中阴阳分布的部位却不均匀，它的阴气主要存储在老根里，嫩芽以阳气为主，这样一来茵陈蒿明显不如青蒿含有的阴气多，因此造就了它们的主治方向不同。 青蒿含阴气多，又能芳香外达，也就善清骨蒸劳热。《神农本草经》记载它主“留热在骨节间”。骨蒸一般是由于阴血虚少，阳气又陷入阴分进行煎熬，使人感觉着热从里面发出来，治疗如果单纯升提阳气，用一些阳药，可能对阴血更加伤害；如果单纯滋阴，阳气陷在里面出不来，将来还会消耗阴血，所以必须寻找既能滋阴又能散邪的药物，青蒿无疑是非常适合的。《本草新编》：“青蒿，专解骨蒸劳热，尤能泄暑热之火，泄火热而不耗气血……因其体既轻，而性兼补阴……青蒿能引骨中之火，行于肌表，而沙参、地骨皮只能凉骨中之火，而不能外泄也。”著名的青蒿鳖甲汤就是治疗“治疗温病夜热早凉热退无汗热自阴来者”，吴鞠通本人说是从小柴胡汤变化来的，用青蒿来代替柴胡引邪外出（可能是担心柴胡伤阴）。因为青蒿含阴气较足，和茵陈蒿比起来就偏于血分，所以又常被用来凉血止血。总之青蒿是散热而不伤阴。
茵陈蒿因为含阴气较少，其功效以散为主，正象张锡纯说的“得初春少阳生发之气”。《本经》记载它“主风湿寒热邪气，热结黄疸。”黄疸是湿热结滯形成的，用茵陈蒿可以把它散开。一般有黄疸就会有湿，它是湿邪乘脾造成的（土属湿而还病于湿），茵陈蒿阴气较少，不会助湿邪，同时又寒凉疏散，助肝疏脾，因此几乎成了治疗黄疸的专药，即使阴黄也可配伍温阳药而使用。青蒿虽然也能芳香疏散，却很少在治疗黄疸的方子中出现，可能是怕它助湿。张元素认为茵陈蒿入膀胱经，《名医别录》记载它能治小便不利，可见它有协助膀胱气化的作用，与桂枝的区别可能是一寒一热，但都能够辛开。当然，小便不利也可能由湿热引起，用茵陈蒿散开湿热以后小便自然通利。文献中茵陈蒿还有“去伏瘕”，“通关节”的记载，都说明了它善于疏通散结，青蒿对这种有形的结滯是散不开的。茵陈蒿是在早春采药，正是楞头小伙子的阶段，所以敢四处闯荡的疏散；青蒿的采割到初夏了，相等于人生中很成熟的阶段，又加上它是白手起家，不是富二代，因此就显得保守的多。