韩西林（王宥钧饰）一直都在查师傅丁学坤（王志文饰）的真正死因，可能真相是他不可接受的，师傅丁学坤在他心目中高大伟岸的形象也极有可能轰然倒塌。
我们从已有的线索来看：
司徒院长（江珊饰）对韩西林说我对丁学坤的死负有一定的责任。
韩西林翻阅丁学坤最后一个科研项目资料，发现里面都是关于人工智能的。
张志坚（王恒之饰）说自己并不知道丁学坤有这个科研项目。
林雅婕（刘佳饰）向司徒院长提出辞职，司徒院长知道了林雅婕终究还是站在了丁学坤那一边，但是司徒院长灵魂拷问林雅婕，丁学坤真的是一个好医生吗？如果林雅婕辞职了，那自己扛下丁学坤死亡的责任不就白扛了？
韩西林了解到当初丁学坤最后一个科研项目没有通过是因为它不合规，而决定否决丁学坤最后一个科研项目的人是林雅婕，但其实真正否决项目的是丁学坤自己，因为司徒院长要求人工智能项目和化瘤丹绑定在一起。
丁学坤创立过一个基金会，里面资助了3个病人，这3个病人都来自九院，但是九院的档案里没有记录。而韩西林已经见过了基金捐赠的其中2个病人。
张蔷薇帮助韩西林调查基金的捐赠来源，被人威胁，终止了对韩西林的帮助。
如果我们把这些线索串起来，可以进行这样大胆的推测。
丁学坤资助的3个病人的最后一个病人可能已经死了，而丁学坤自杀极有可能是因为对病人有愧，所以选择了自杀。而他死了关于化瘤丹的研究也完全终止了。
丁学坤的基金资金来源可能就是来自于九院内部，他们拿没有能力负担绝症费用的病人做实验，只是为了进一步完善化瘤丹的作用，但其实这个项目的副作用极大。这个消息只有医院的高层才知道，张志坚说自己不知道丁学坤最后一个科研项目。
有两种可能，他的确不知道，因为张志坚在医院的级别很低，所以没有知道的资格，也有可能他是想保护韩西林，希望韩西林不要趟这趟浑水，因为他知道韩西林已经很接近真相了。
从之前的剧情来说，张志坚对丁学坤的死并不是一无所知，所以第二种可能也是有的。
为什么司徒院长会质问林雅婕，丁学坤真的是一个好医生吗？因为丁学坤明明知道科研项目有着极大的隐患，但是他为了完善化瘤丹还是用病人的性格做了实验，而最终导致了病人的死亡。
所以丁学坤自杀，他自己并不无辜。而九院内部高层是暗许这件事情的，甚至鼓励这件事，如果化瘤丹真的取得了成功，那九院就是历史级的医院。
如果研究化瘤丹这件事情揭开了，九院的高层或者整个九院都将万劫不复。这也是为什么林雅婕不希望韩西林回到九院最大的原因，她一直说韩西林会给九院带来麻烦。
一是她想保护韩西林，二是如果韩西林找到了丁学坤的死亡真相，那九院的秘密也就公之于众，到时候九院面临的舆论压力将极大。
虽然丁学坤最终没能完善化瘤丹，但其实丁学坤还是希望自己的医术和研究能够延续下去的，不然的话，他也不会将自己的医学笔记寄给韩西林。
对于《促醒者》的结局可能会有两个，两个结局结果相左，但是从情感上都说得通，韩西林接下了丁学坤最后的科学实验，完善了化瘤丹，了却了丁学坤的遗愿。
二是韩西林知道了所有的真相后，烧毁了笔记，让无法证实真实效果的化瘤丹永远地深埋在废墟中。
