据台湾中时新闻网报道，孙中山先生的历史与事迹数十年来仍有许多疑点，其中有关孙中山先生的死因与遗体去向，坊间仍有许多传闻与未解之谜。
孙中山去世时，党内元老胡汉民在海内外发起筹建中山纪念堂计划，在大陆各地建立孙中山纪念堂。其中北京与广州的中山纪念堂曾联合举办孙中山文物展，除展出孙中山生前照片与使用器物，还有相关档案文件。其中部分文件透露了一些与过去外界所知的历史有些出入，例如孙中山的真实死因与其遗体内脏的解剖标本去向。
台湾的历史教科书中一般称孙中山死于肝癌，一般的文史记载也是如此，这是因为他到北京协和医院时被诊断罹患肝癌，并为此进行了手术。但据协和医院保留的孙中山病历文件显示，孙中山罹患肝癌并非其原发病症，肝脏的癌细胞是由胆囊癌和胰腺癌转移而来。
孙中山去世后，遗体葬于南京中山陵，但后来因日军侵华，孙中山遗体也经历不少风波。最初日军攻下上海往南京进发时，“国民政府”担忧陵墓遭破坏，原打算开墓取出孙中山棺柩与遗体，但亦担忧墓葬打开仍会伤及棺柩与遗体，最后决定保留不动。日军进攻南京时，陵园内建筑有部分受到炮火破坏，所幸陵墓棺柩未受波及。由于孙中山在日本有相当威望，日军未再进一步破坏中山陵园。
孙中山在北京协和医院去世时，各方都认为应当进行遗体防腐保存，内脏则取出火化。但在日本占领协和医院后，意外发现孙中山的内脏切片和腊块标本，才知院方未将内脏火化，而是保留供研究之用。后来日本扶植的汪精卫伪政权向日本要回了这些切片标本，原欲大张旗鼓地将之归葬中山陵，却被上海医院以研究为名借走。抗战胜利前夕这些内脏切片标本又被伪政权官员偷出私藏，还以此要胁“国民政府”以求保命，最后在蒋介石严令之下终于追回标本切片，以及附带的一盒临床纪录照片。这些对象原打算存放中山陵，但后来传言是在1949年由南京撤退时，由孙科带走。
“国民政府”撤退至台湾前兵荒马乱，当时《中央日报》则发布消息，指称孙中山流落在外的内脏标本再次被盗，但据孙中山生前贴身卫士范良曾表示，他曾下到墓室内仔细看过，“我下墓穴揭开玻璃罩，打开红布挡着的五只玻璃瓶，上面写着孙中山先生五脏切片标本”。由于相关当事人皆已去世，孙中山遗体标本是否保存在中山陵或已其后代保管，仍需历史研究者努力发掘真相。