回答楼主问题：
不知道楼主的的身份是高中生报考选择学校，还是本科生考研选择学校，还是研究生考博选择学校，还是博士或博士后毕业选择就业单位。
高考报志愿如果楼主想选南大和复旦，就说明楼主的分数已经很高了。这两所学校都是国内双一流，985重点高校，都是名校。这时候做决策就要看楼主是考虑专业，还是考虑地域。如果楼主所报专业两所学校都有，那就看看两所院校该专业的排名和就业情况，是不是重点学科。因为每个学校都有自己的双一流学科，和一些重点学科。如果考虑地域，那就看楼主是喜欢南京还是上海。
本科生考研选择学校。如果是这种情况，首先看报考专业两所院校的实力情况，谁排在前边。其次看招生人数，报录比，复试比例，及往届师兄师姐的考试反馈情况。再者，看看两所院校该专业的导师情况。把上面这三点综合考虑，然后作出选择。
研究生考博，要看两所院校的专业方向哪个更贴合楼主心意。重点看导师学术水平，博士培养相关文件，需要发多少篇文章能毕业，有没有与国外联合培养的政策等等，博士一般各高校自己订考试时间，所以两个学校都可以考一下。哪个考上了，去哪个。记着一点，能评上博导的业务水平都不会太差，这时候就要重点打听其人品了。
博士毕业找工作。这个基本上考虑两点。其一，给你的待遇怎么样。安家费，科研启动基金，立项支持，过渡住房，解决配偶工作。其二，职位未来发展前景怎么样。多久可以晋级职称，担任导师，学校对本专业的扶持力度等。复旦和南大都是名校，但可能各自有不同的扶持学科，如果待遇都差不多，就看哪个学校的这个专业发展前景好，你就去哪个。如果只考虑待遇问题，那就简单了，谁给的待遇好就去哪个。
祝楼主一切顺利！