本项目属于社会公益性环境保护设施建设项目，它创造的效益以环境效益和社会效益为主。
工程建成后，每年向两水村排放的畜禽粪尿污水可以减少41610吨左右，生产有机生物复合肥2081吨左右，向种植业提供沼液有机速效肥39529吨左右，生产沼气11.52万立方米，使用沼气户260户。由于对沼气、沼渣和沼液进行了综合利用，可获得直接经济效益93.63万元/年。项目建成后，年可为示范农户节省柴煤费用250万元。
该项目对于减轻两水村水质污染，改良土壤环境，改善生态环境，保护人民的身心健康，推进农业标准化工程，发展有机农业、生态农业、设施农业、可持续农业、循环农业，提高生态、健康、安全鸭系列农副产品的市场竞争力，建设节约型社会、和谐型社会，促进农业生产的全面发展和社会主义新农村建设，都具有十分重要的意义。