伤寒六经辩证法，无论在辩证方面或治疗方面，都有着极完整的系统性和系列性。所谓系统性，就是数百个伤寒的具体证候，以病位的、病性的同一性组成六个病理阶段，即六经。六经又以同一的病因组成一个伤寒整体，即伤寒病理发展变化的全过程。伤寒六经病理阶段过程中的若干具体证候之间纵的病理关系，形成了六经辩证的系统性。所谓系列性，即数百个伤寒具体证候，以病理趋势的特殊性相区别，以病因的同一性而组成一个伤寒证候的系列，又以同一的病性而组成阴性证系列与阳性证系列，又以病位病性的同一性形成六经证系列性。
六经各证候之间的横的病理关系形成六经辩证法的系列性。从其系列性说，伤寒过程依据器官功能盛衰分化为阴阳两类证候。阴证类与阳证类又依据表、里、气机病位而分化为六经。六经各经中又依据不同的病理趋势分为若干具体的证候。从伤寒一病分六经，六经又各分为若干具体证候，都是以病因、病位、病性相联系，又以病位、病性相区分，形成一个辩证系统。辩证之目的为治疗。由于伤寒病为一种生物病原体所引起的病理过程，因而以“因势利导”为治疗的主导思想。从这一治疗思想出发，对伤寒阳性过程以祛邪为治疗原则，对伤寒阴性过程以扶正为治疗原则。
在三阳病中，由于不同的病位有不同的功能特性而有不同的祛邪法；在三阴病中，也因不同病位有不同的功能特性而有不同的扶正法。如太阳为阳性表病而用汗法祛邪；阳明为阳性胃肠病而用吐法、清法、下法祛邪；少阳为阳性气机病而用和法；少阴病为阴性表病因而用助阳温经之扶正法；太阴病为阴性胃肠病而用助阳温里法扶正。祛邪法分汗、吐、清、下、和诸法；扶正分助阳温经、助阳温里、回阳救逆诸法。如此形成一个伤寒辩证治疗系统。略如下列图表：
上述是伤寒六经系统与治疗法则。以下为六经辩证治疗系统的各经证治。（一）太阳经证治系统在太阳病理阶段，由于是表病位的阳性过程，体表组织在抗御反应中表现着功能亢进与代谢增高，体表组织因其功能特性而通过排汗的代谢机能以祛除病理物质，所以有发热自汗出与发热汗不出两种向外趋之势态。仲景根据太阳这种外趋之病势而因势利导用汗法祛邪。但汗法据自汗病势用解肌法，以桂枝汤为主方；据无汗病势用发汗法，以麻黄汤为主方。自汗病势之各具体证候因有太阳自汗病势的同一性，又各有其特殊性质，所以皆用桂枝汤加减法治疗。无汗病势之各具体证候也因有着太阳无汗病势的同一性及各自的特殊性质，也皆以麻黄汤加减方治疗。桂枝汤加减方共十五个都以桂枝为主体，都以脉浮、发热恶寒、自汗为病理依据。麻黄汤加减方包括葛根汤、大青龙汤、小青龙汤等四个，都以麻黄为主体，都以脉浮、发热恶寒、无汗为病理依据。这样组成一个伤寒太阳辩证治疗系统。但在太阳病理过程中，由于这样那样的原因而造成这样那样的并发或继发证。这些并发或继发证因为不是伤寒病因引起的，所以属杂病的范畴。如蓄血、水逆、热喘、水饮、虚烦、悸气、结胸、心下痞、胀满、停饮、滑脱等证。太阳阶段的辩证治疗系统略如下表：
（二）阳明经证治系统在阳明病理阶段，由于肠胃的生理特性（如胃的呕吐和肠的排便亦为保护和防御反应），在抗御过程中，表现为上越、里热、下夺三种趋势。仲景据上越趋势而用吐法，以涌吐而祛除病理物质；据里热之势而用清法，以通肠来祛除里热；据下夺之势而用下法，以排便来祛除病理物质。上越、里热、下夺以胃家实为共性，上越以愠愠欲吐，里热以汗出而渴，下夺以不大便为各自病理特性。吐清下三法皆祛邪法，以邪之所在不同，因其所趋之势而祛除之。在阳明阶段中亦有并发或继发证，例如黄疸、热入血室、蓄血、虚烦、热淋、便秘等。阳明经辩证治疗系统略如下表：（三）少阳经证治系统少阳病理阶段是伤寒在气机病位引起的病理反应。由于气机的功能特性规定着它调节失常的病势。仲景则因势用和解法，以柴胡汤为主。对兼有表证里证或其他证的俱以柴胡汤加减法治疗。在少阳阶段中也有热入血室等并发性杂病。少阳经辩证治疗系统如下表：
（四）少阴经证治系统少阴病理阶段是表病位阴性过程，病理趋势为阳虚表寒。仲景治以助阳温经法，以附子汤为主方，在其阶段过程中的各具体证候，亦有着各自的特殊性质，如阳虚表热、阳虚水不化、亡阳厥逆证等。当少阴与太阴合并过程中则出现表里虚寒与亡阳阴竭之证。少阴阶段也由于不同原因而发生下利便脓血，吐利烦躁、阳虚咽疼、咽中生疮、虚烦等继发性杂病。少阴病阶段辩证治疗系统如下表：（五）太阴经病证治系统太阴病理阶段是里病的阴性过程，其病势为阳虚里寒，因其势而治以助阳温里法，以四逆汤为主方。太阴过程之辩证治疗系统如下表：（六）厥阴经病证治系统厥阴病理阶段为气机病的阴性过程。对厥阴病仲景未出示治法，但他揭示了厥阴病理阶段中四个证候是气机病的阴性过程，也就是在机能衰弱和体液不足状况下的气机障碍。其辩证系统如下表：
六经病理阶段在辩证治疗上各成系统。六经证治系统又以病因的同一性连接为一个伤寒辩证治疗系统。六经之间既以病性、病位的特殊性相区分，又以病性、病位的同一性相联系。使千姿百态的具体伤寒证候，以类相属，而又分擘条理地编组为系统，连接为系列的东西，这不是别的，正是伤寒病理过程本身的病因、病性、病位、病势的特殊性质和同一性质。例如，同一病位依功能盛衰而分化为阴阳两性病理过程，它们又因功能进退变化而相互转化。同一病性的病理过程依据不同的病位而分化为三种过程，但又以同一的病性相联系。不同病性的过程皆以同一的病位相联系。如此地将伤寒病理发展过程中数以百计的特殊证候区分为六经，又连接为一个整体。
六经病之间的传变皆取决于阴阳消长的变化：阴病转阳则病退，阳病转阴则病剧；阴病伤阳则病危，阳病伤阴则由表传里，阳病伤阳则向阴性发展；阴病伤阳则二阴合并，阴病伤阴则阴竭阳脱。在治疗方面，阳病治阴，治阴在保存津液；阴病治阳，治阳在扶正气。汗吐下清和诸法，皆祛邪法。邪气去则津液存、正气安。助阳温经、助阳温里、回阳救逆诸法皆扶正法。正气胜则邪气衰。六经辩证与治疗也是一个整体。因为辩证是方法，治疗是目的；辩证是治疗的根据，治疗是辩证的结果。因势利导是根据外界致病因素引起的伤寒病，在长期的实践中的总结，它本身即是按照客观规律去解决矛盾之意。阳性病以祛邪、阴性病以扶正的治疗原则，正是在因势利导思想的基础上，根据阴病和阳病的客观规律而产生的。例如，阳性病因功能强盛体液充足而发生功能亢进与代谢增高的抗御反应，自可根据病位的功能特性，顺应其抗御趋向以祛除病理物质。如太阳病在表用汗法；阳明病在上用吐法，在下用下法，里热用清法；少阳病在气机调节失常用和法。阴性病因功能衰退和代谢减低，这自应鼓舞机体功能提高抗御能力，以改变正邪之间的矛盾地位。如少阴病为表病的阴性过程，因体温不足而恶寒，身疼脉微欲寐，知为阳虚表寒之势，所以用助阳温表法以提高体表组织功能而利于抗病。太阴病为胃肠的阴性过程，胃肠因功能衰弱血循环不足而吐利腹疼，为阳虚里寒之势，所以用助阳温里法以提高胃肠功能而止其吐利疼痛。六经辩证与治疗是一个整体，虽然辩证可自成系统，而治疗方面亦自成系统。但辩证与治疗却是一个不可分割的关系，一旦分割开来，便俱失存在的意义了。
伤寒六经是一个完整的辩证治疗体系。其纵的关系表现了它的系统性，其横的关系表现了它的系列性。如太阳病是由一个桂枝汤证的证治系列和一个麻黄汤证的证治系列所组成；阳明病是由一个瓜蒂散证的证治系列和一个白虎汤证的证治系列，及一个承气汤证的证治系列所组成；少阳病是由一个柴胡汤证治系列组成。太阳、阳明、少阳诸证为一个伤寒阳性病证治系列。少阴病是一个附子汤证治系列，太阴病是一个四逆汤证治系列。少阴、太阴诸证是一个伤寒阴性病证治系列。阴、阳两大系列为一个伤寒病的证治系列。伤寒六经辩证治疗体系，纵成系统、横成系列、辩证与治疗、理法与方药，井然有序，浑然一体，正是伤寒病理过程本身发展规律的反映，是长期临床实践认识的结果。它是祖国医学中最完美的辩证治疗系统，是祖国医学光辉的科学成就。
但《中国医学史略》却说：“《伤寒杂病论》是一部条文式临床札记性的著作……既没有系统的专门论述，每条条文也不是加以明确的说明。”是的，所谓条文札记性，是《伤寒论》的简书的文字形式，但这并不妨碍条文之间的内在联系。六经本身即是专门的系统，只是仲景作出了《伤寒杂病论》，没有加以“明确的说明”，这也正如史前人类发明了钻木取火而没有说明摩擦生热一样！
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