《黄帝内经》的核心理论就是“天人一体”，“人与天地相参”。余者，气、阴阳、经络等等，其实都是对之前已有理论的统合。《内经》学术体系医学理论的内容，基本上可以由历代医家对《黄帝内经》内容的分类来概括。分别为藏象、诊法、疾病、论治、养生，另外还包括伦理学的内容以及对医德的论述。
《黄帝内经》现分为两本书，一是《黄帝内经素问》，简称《素问》；二是《灵枢经》，简称《灵枢》。《黄帝内经素问》中的“素”字，可作根本解释；“问”就是黄帝问岐伯的意思。《灵枢经》中的“灵枢”二字，明代名医张景岳有这样的解释：“神灵之枢要，是谓灵枢”。人身属于阳的精气叫神，属于阴的精气叫灵，是说这本书论述了“神”与“灵”的关键扼要的内容。
据《隋书．艺文志》记载，除了有《黄帝内经》外，还有一本《黄帝外经》。这两本书是姊妹篇。
简单说，《内经》把人放在宇宙自然中来考察，认为虽然万物之中人最贵，但人也是大自然的产物和有机组成部分，因而提出“生气通天”的论语，即人体的生命活动（生气），与自然界（天）密切相关，形成了天人相互联系、相互制约的生命整体观，较之割裂人与自然有机联系的医学观念更符合生命活动的客观过程。
《素问·至真要大论》：“天地之大纪，人神之通应也。”
《素问·四气调神大论》：“人能应四时者，天地为之父母。”
也就是说，人必须遵循自然规律，所以对于疾病的预防和治疗，是因时而异，因人而别的。人与自然和谐，是健康的基础。
《内经》受先秦“气一元论”的影响，认为“精气”是构成物质的本源，自然界一切事物的生成、发展变化、消亡都是由于阴阳二气相互作用变化的结果。
《黄帝内经·玉机真脏论》又说：“天下至数，五色脉变，揆度奇恒，道在于一。神转不回，回则不转，乃失其机。”据此，《内经》树立了以整体功能失调作为判断核心的疾病观。
另外，《内经》是记载针灸经络理论的最早经典，其中所记载的针灸内容反映的应是战国至西汉针灸实践和理论发展的水平。《内经》中的经络理论，是建立在古代解剖学之上的，如《灵枢·经水》曰：“经脉十二者……若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可解剖而视之。其脏之坚脆，腑之大小，谷之多少，脉之长短，血之清浊，气之多少，十二经……皆有大数。”
从学术角度来说，《内经》从功能、整体、变化三个角度来阐释与人体生命有关的基本规律，集中医思维之大成，为中医流派的形成起了先导作用，奠定了中医理论的基础，以及临床治疗的思路和方法。