在公元9世纪之前，柬埔寨地区居于爪哇国的统治之下。公元9世纪初，高棉国王阇耶跋摩二世统一了柬埔寨地区，自封为神王，这一政教合一的传统延续了近千年，西哈努克国王是柬埔寨最后一位神王。阇耶跋摩二世先将都城建于荔枝山，后来又迁到洞里萨湖北边，也就是现今的罗洛士群一带。阇耶跋摩二世是一位虔诚的婆罗门教徒，他的信仰自然影响了整个高棉王国。
9世纪中后期，因陀罗跋摩一世即位后，建造了当地第一座寺庙——神牛寺，以寺前卧有神牛得名。稍后建造的巴公寺供奉湿婆神，是当时高棉的国寺，也是当地第一座山型寺庙。公元9世纪末，耶输跋摩一世国王开始全力建设新首都耶输陀罗补罗，亦即现今的通王城。他下令建造规模空前的水利工程东池，并在巴肯山上建造新的国寺巴肯寺。967年罗贞陀罗跋摩二世的一位朝臣在吴哥东北方兴建了女王宫，用以供奉湿婆神。女王宫以稀有的红色砂岩雕刻精致浮雕，被认为是吴哥雕刻艺术最高水平作品。
此后的一百年间是吴哥寺庙建筑的高峰时期，其代表是11世纪中期优陀耶迭多跋摩二世建造的国寺巴方寺，同样的敬献给湿婆神。此时东池已经逐渐干涸，优陀耶迭多跋摩二世在都城西侧开挖西池以替代。1113年至1150年间，苏耶跋摩二世建造了吴哥地区最重要、也是最宏伟的寺庙：吴哥寺。这座寺庙座东面西，四周以壕沟模拟咸海，高峻的三层平台模拟须弥山，墙面上雕刻着神话故事与苏耶跋摩二世的生活场景。它是高棉古典艺术的代表作。
鼎盛
苏耶跋摩二世去逝后，吴哥王国内乱外敌，战火不断，都城遭到很大的破坏。阇耶跋摩七世驱逐占城人，1181年登基为王。他在位的三十余年间，吴哥王国达到极盛时期。他重建了通王城，修建了高大坚固的城墙和宽阔的护城河。城中的巴戎寺是吴哥古迹的另一杰出代表，以阇耶跋摩七世面容为蓝本来雕刻的四面佛即所谓高棉的微笑。寺庙墙上的浮雕展示了大量普通市民生活场景，这是与吴哥寺浮雕的显著不同。更重要的是，因为阇耶跋摩七世笃信佛教，高棉王国的信仰从此转变，两种宗教信仰融合与交替的过程如同年轮一样在寺庙的建筑上被记录下来。如塔布茏寺、塔逊等。
衰落
中国元代人周达观于元成宗元贞元年（1295年）前往真腊（即高棉，当时高棉在位的是因陀罗跋摩三世王），返国后以游记形式创作了《真腊风土记》。文中记录了当时吴哥的城池建筑及市民生活，事无巨细，描述如见。特别是国王出行时仪仗辉煌、前呼后拥的奢华景象，令人对王国的强盛印象深刻。但事实上，此时的高棉王国已经开始衰落。水利设施年久失修，水患频繁，稻米歉收，王权削弱，国力已经大不如前。1431年，高棉在与暹罗的战争中失败，陷落军队占领并摧毁了吴哥地区，王室被迫迁都金边。这一地区除吴哥寺外完全废弃。
重见天日
1860年1月，法国人亨利•穆奥在森林中发现吴哥遗迹，引起世界关注。世界各地的学者纷纷慕名而来，当然其中也不乏抢盗文物的冒险家。吴哥古迹在被重新发现后面临又一次的浩劫。柬埔寨王国独立后，虽然持续对古迹进行维护，但时局动乱，破坏和盗窃不绝。1992年联合国教科文组织宣布将吴哥古迹列入世界文化遗产，世界各国和国际组织的修缮团队开始进驻吴哥窟进行大规模的保护与修复，至今仍在继续。
传说
印度教的三大史诗之一的神话故事，可以在大吴哥的四个城门、小吴哥回廊的壁雕等地发现。
传说中，长生不死的甘露埋藏在须弥山(Mountain Meru) 的乳海(Ocean of Milk) 底下。阿修罗、神仙、毗湿奴神 (印度教的保护神)合力把乳海搅乾，以取得这长生不死的甘露。
毗湿奴神化成灵龟、顶著须弥山当作支点，阿修罗和神仙分别列队，拉著五头巨蛇(Naga)。九十二个阿修罗拉著巨蛇的头，八十八个神仙拉著巨蛇的尾；巨蛇的身体是翻腾乳海的巨缆。阿修罗有圆凸的眼睛、戴著有冠毛的头盔；神仙则是杏眼、戴圆锥型的头饰。神魔合力握著巨蛇翻腾乳海，旁边还有猴神哈纽曼在协助。翻腾了千年后，乳海搅乾了，因为磨擦产生的高热使水沸腾，鱼、虾、鳄鱼纷纷死亡。(浮雕中以断成一半象征死亡的水族)乳海翻腾令巨蛇吐出致命的毒液，梵天神(创造之神) 要求湿婆神 (破坏之神) 吞下毒液以保护众神。
甘露先在阿修罗的那边涌现，阿修罗正要饮用时，天空突然出现许多飞天小仙女
(Apsara)。飞天小仙女有著曼妙的姿态、各种不同的发饰、手拿花朵或法器、上半身上空、戴著臂饰及项链、下身穿著有饰带的长裙、赤脚、跳著诱人的舞蹈。(大吴哥及小吴哥的浮雕)阿修罗们看得呆了。浑然忘了长生不死的甘露。
三头白象也在乳海中浮现，后来成为因陀罗神 (Indra)的坐骑。(斗象台及女皇宫的浮雕)神仙们趁著阿修罗们魂不守舍之际抢过甘露一一服下。其中一个阿修罗眼看甘露要被神仙喝完了，化身为神仙，也排队喝了一口甘露。甘露还没喝到这个化身为神仙的阿修罗的肚子中、还只在喉咙时，天上的日神及月神看出来这个神仙是冒牌的，立刻砍下他的头。这个阿修罗的身体马上死去了，但头部已经喝到了长生不死的甘露所以并没有死去。这个头知道是日神、月神打的小报告，害他功亏一篑，于是恨之入骨，追著日神及月神，偶尔把他们吞进喉咙中，但是因为阿修罗的喉咙已经被砍断了，所以吞进去的日月神还是会跑出来。这就是日蚀和月蚀的原因。(小吴哥的浮雕)
