建立现代化的司法制度，是当前一项迫切的任务。笔者认为，我国审判组织运行机制改革首先应以法官为中心来建设各级法院，打破目前中、基层法院设立各种审判业务庭的常规，代之以专业化的法官管理委员会来考核、评查、监督法官，并按照“职业化分工，专业化管理”的要求建设相适应的审判辅助性组织。在此基础上，还可以在一个中级法院所辖区域内实现基层法院审判员轮岗。这种设置有助于树立法官平等、独立的思想，并在法官与当事人之间建立相对隔离区以使法官中立，又可以最大程度地排除“人选案、案择人”的状况，铲除司法腐败的温床，确保司法公正。
其次，各中、基层法院在此基础上，可设立立案组、审判组、执行组。原则上审判人员在一个案件流程中只担任一次角色。这样设计的运行机制，取消了层层审批制，可以提高审判效率，达到分权制衡，确保公正的目的。
最后，为减少地方行政干预司法的可能，最大限度地防止司法地方化，需要把法院经费与地方政府完全脱离，其经费开支宜由法律直接规定，并由上级人大审议批准其预算后直接由国库支付。法院院长及审判人员均由上级人大产生，这样才能确保司法的独立与权威。