医疗事故损害赔偿纠纷与人身损害赔偿纠纷，主要的区别在法律适用、鉴定类别、赔偿项目、赔偿数额，两者都存在很大的差异。虽然这两类案件都是由医疗行为引起的，都是医患双方发生的纠纷，但前者须以构成医疗事故为前提，而后者则是不构成医疗事故的其它医疗过失行为。
医疗损害赔偿案件可以分为两类，一类是医疗事故损害赔偿纠纷，另一类是一般医疗损害赔偿纠纷，即医疗事故之诉与医疗人身损害之诉。医疗事故损害赔偿纠纷，是指当事人选择医疗事故为案由、并进行医疗事故技术鉴定引起的医疗损害赔偿纠纷;一般医疗人身损害赔偿纠纷是指因医疗事故以外的原因引起的医疗损害赔偿纠纷。具体的区别有以下四点：
第一、法律适用方面的差异。审理“医疗事故损害赔偿”案件适用《医疗事故处理条例》及相关的法规文件，主要从医疗行政层面进行处理;而审理“医疗人身损害赔偿”案件则要适用《民法典》和《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》，主要从民事侵权赔偿责任层面进行处理。
《民法典》
第一千二百二十条、因抢救生命垂危的患者等紧急情况，不能取得患者或者其近亲属意见的，经医疗机构负责人或者授权的负责人批准，可以立即实施相应的医疗措施。
第一千二百二十一条、医务人员在诊疗活动中未尽到与当时的医疗水平相应的诊疗义务，造成患者损害的，医疗机构应当承担赔偿责任。
第一千二百二十二条、患者在诊疗活动中受到损害，有下列情形之一的，推定医疗机构有过错：
第二、鉴定类别方面的差异。“医疗事故损害赔偿”案件，一律需要医疗事故技术鉴定，必须委托医学会组织专家组进行医疗事故技术鉴定，这是一种硬性要求;而“医疗人身损害赔偿”案件对司法鉴定没有硬性要求，当事人可以自由选择是否可以进行司法鉴定。
第三、赔偿项目方面的差异。“医疗事故损害赔偿”的赔偿项目包括医疗费、伙食补助费，伤残损害赔偿金等，但没有“死亡赔偿金”。而一般医疗人身损害赔偿，与“医疗事故损害赔偿”相比，增加了“死亡赔偿金”这一项目。
第四、赔偿数额方面的差异。在赔偿数额方面，应当参照《医疗事故处理条例》：
第五十一条，参加医疗事故处理的患者近亲属所需交通费、误工费、住宿费，参照本条例第五十条的有关规定计算，计算费用的人数不超过2人。
医疗事故造成患者死亡的，参加丧葬活动的患者的配偶和直系亲属所需交通费、误工费、住宿费，参照本条例第五十条的有关规定计算，计算费用的人数不超过2人。
第五十二条、医疗事故赔偿费用，实行一次性结算，由承担医疗事故责任的医疗机构支付。
如参照《医疗事故处理条例》处理将使患者所受损失无法得到基本补偿。
医疗损害赔偿案件可以分为两类，一类是医疗事故损害，另一类是一般人身损害，医疗事故损害赔偿纠纷与一人身损害赔偿纠纷，在法律适用、鉴定类别、赔偿项目、赔偿数额上，都存在较大的差异。