谢邀。这个设问的限定条件略显欠缺。若为同一人，高考进清华读本科，与之后再考研进清华没有区别。
若为不同的学生，还是有区别的。一般来讲，对于受过中、高等教育（或文化水平相当）的人，无论是学生、家长、用人单位还是社会人士，都多少带有一种“第一学历”和“本科身份”的情怀，尤其带有一种“清北情结”，这种情结，既具有一定的主观性，也具有一定的客观性。比如，有甲乙两名学生，甲通过高考进入清华，乙通过高考进入某普通高校，之后通过考研进入清华。从表面看，甲和乙都有着令人羡慕的清华经历，但在某些人眼中，甲和乙是有差别的，即：甲的学习能力（或应考能力）要强于乙，这体现了人们对“本科身份”的认知和情怀。
那么，表面看起来乙的身上被打上“学习能力和专业前途不如甲”的烙印，掩盖了乙通过考研进入清华的光环。对此，我认为要辩证的看、发展的看。
首先，要知道考研很不容易，尤其是考入清华这类国内顶尖大学。乙通过不懈努力，如愿以偿考入清华读研，已经足以证明他的学习能力很强，是自身实力的真实体现，我认为这已经很成功了，大可不必纠结于是否比甲弱。
其次，我们纠结于“本科身份”，特别是“清北情结”，一是虚荣心在作怪，二是被一些就业的指向性所诱导。我们必须清楚地知道：高校的牌子固然重要，金牌加身，或许会被人高看一眼。但抛开家庭背景、经济条件、人脉关系甚至出国深造、转行创业等复杂因素，最终决定我们学业延伸和工作发展的是学科、是专业、是研究领域。
那么，这里不再讨论甲有多么优秀、未来发展怎样，单就乙的发展再多说几句：乙已经通过考研或者准备通过考研进入清华，决心既下，就不要再纠结自己本科不是清华这件事了，那都是别人的看法，与你何干？把纠结留给别人去吧。而且，高考已成过去，它只是你人生的一小段。把现在的本科读好，把将来清华的研究生阶段过好，此方为正道。要向前看，把后边的人生牢牢把握在自己手里。
归纳一下：高考进入清华，本科不在清华而通过考研进入清华，二者肯定有区别，且不少人认为高考进清华的学生相对更强，但我不敢苟同，我认为这种区别未必能说明什么问题，也未必能决定什么结果。个人看法，仅供参考。