格鲁派，藏传佛教宗派之一。藏语“格鲁”意即“善律”，该派强调严守戒律，故名。该派僧人戴黄色僧帽，故又称“黄教”。创教人宗喀巴，原为噶当派僧人，故该派又被称为“新噶当派”。格鲁派产生于15世纪初。一般认为，明永乐七年（1409）甘丹寺的建造，标志该派的正式形成。它既是西藏佛教全部历史发展的总结，也为此后的西藏佛教开拓了新的方向；它与封建农奴制紧密结合，提供强有力的精神支柱，最终确定了完备的“政教合一”体制，对西藏社会造成的影响，无比深远。
“格鲁”，意为“善律”，故又称善律派或善规派。又因该派僧人穿戴黄色僧衣僧帽，亦名“黄教”。
宗喀巴曾师从14世纪西藏各大教派如萨迦、噶举等，他针对藏传佛教中当时僧纪废弛、寺院生活腐化，而倡导宗教改革，提出僧人严格持戒 、 不事农作 、独身不娶 ，并加强僧院制度管理。关于修持，他主张显密并重，先显后密，强调教理和因明等都有助于解脱。其《菩提道次第广论》、《修宗道次第广论》与阿底峡《菩提道灯论》在旨趣上一脉相承。1409年，宗喀巴在帕竹地方政权支持下，在拉萨发起大祈愿法会，显示其权威地位。同年建甘丹寺为主寺，故该派亦称甘丹派。以后该派又建哲蚌寺、色拉寺、扎什伦布寺等诸大寺，势力日渐扩张。1542年，该派以锁南嘉错为二世达赖的转世，活佛转世制度在格鲁派中自此确立。16世纪锁南嘉错受明廷册封。
至清代，该派的达赖与班禅两转世系统均由清廷扶持确认。格鲁派成为西藏地方政权的执政教派，西藏政教合一的统治形式自此进一步发展。格鲁派除藏区四大寺，尚有青海的塔尔寺、甘肃的拉卜楞寺及今蒙古的额尔德尼召等教派中心。该派奉龙树《中论》，持缘起性空之见。谓诸法待缘而起，毕竟空无自性。修持主教行并重，不废戒律，兼重止观。教法包容显密二宗，强调先显后密，循序渐进，学不躐等 。其学经制度严密系统，考核升迁章法严密。显宗学僧先通五大部（《 量释论 》、《现观庄严论》、《入中论》、《戒律本论》、《俱舍论》），在三大寺获格西学位后方可进一步修密宗四大部瑜伽密法。该派亦有严格寺院管理制度，僧职人员各司其职，母子寺院从属关系严格。历史上该派在藏族、蒙古族居住区流传甚广，影响很大。
格鲁派是藏传佛教各大教派中最后兴起的一个，在公元15世纪时才兴起。它一兴起就迅速取代了其它各教派的地位，成为后期藏传佛教的唯一主角，在西藏社会发展史上，它具有任何教派都无法达到的重要地位。 学修并重、讲修并重的学风使其成为藏传佛教中影响最大的派别。由于最晚出现，它几乎吸取了以前诸藏传佛教的各个教派的各种教法，如有名的萨迦十三金法，噶举的大手印，宁玛的密修马头明王，噶当的十六明点（又称“十六滴”），夏鲁的时轮金刚，觉域的断法教授等等。
四大活佛转世体系
达赖喇嘛（前藏）、班禅额尔德尼（后藏）、章嘉呼图克图（内蒙古）、哲布尊丹巴呼图克图（外蒙古）
六大寺院
甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺（这三座寺院位于拉萨附近，合称拉萨三大寺），扎什伦布寺（位于后藏的日喀则），塔尔寺（位于青海省西宁市附近），拉卜楞寺（位于甘肃省夏河县）
任继愈《中国佛教史》节录
格鲁派（黄教）的兴起和发展
格鲁派产生于15世纪初。一般认为，明永乐七年（1409）甘丹寺的建造，标志该派的正式形成。它既是西藏佛教全部历史发展的总结，也为此后的西藏佛教开拓了新的方向；它与封建农奴制紧密结合，提供强有力的精神支柱，最终确定了完备的“政教合一”体制，对西藏社会造成的影响，无比深远。
“格鲁”，意为“善律”，故又称善律派或善规派。又因该派僧人穿戴黄色僧衣僧帽，亦名“黄教”。
一、黄教产生的历史背景
13世纪中叶，在元朝中央政权的直接管辖下，西藏结束了数百年的分裂割据局面，进入了一个相对稳定的历史时期，封建农奴制得到了巩固和发展，各僧俗领主对其土地和属民的封建关系，通过中央王朝的政令被固定下来。元朝扶植萨迦地方政权，分封十三万户，统由萨迦节制，形成由中央到地方的各级行政管理体系。14世纪下半叶，明王朝基本上承袭了元代对藏区的制度和措施，但不采取元朝单一扶植某个教派的做法，而是“多封众建以分其势”，对有影响的佛教各派首领均加封号。最高的封号是“法王”，如永乐五年（1407）封噶举派得银协巴为“大宝法王”，永乐十一年（1413）封萨迦派昆泽思巴为“大乘法王”，宣德九年（1434）封黄教释迦也失为“大慈法王”；次等封号是“王”，如“赞善王”、“护教王”、“阐化王”、“阐教王”、“辅教王”等；其下还有大国师、国师、禅师等名号。此与同时，明朝还设立茶马司，专管藏汉两族间的茶马交流，民间的商业往来也相应发达。这些措施既有利于中央对西藏的统治，也有利于西藏政治、经济和宗教的活跃与发展，西藏与内地的联系，在多方面得到加强。据《明史》记载，15世纪60年代藏区朝贡人员一次就达3、4千人。他们把藏区的牲畜、皮毛、药材、藏香、铜佛等土特产和手工艺品带到内地，把内地的金银、绸缎、市疋、各种生产工具等运回藏区。
从西藏社会本身看，到14世纪，萨迦派势力渐衰，帕竹等地方实力集团之间，战争频起。帕竹·绛曲坚赞由山南起兵，1348年灭前藏蔡巴，1350年灭止贡等万户，1354年攻下萨迦寺，控制了后藏大部，建立了帕竹地方政权。元中央承认了这一地方政权，顺帝加封绛曲坚赞为大司徒，并准予世袭。帕竹政权为加强自己的政治。经济和宗教实力，除大力争取中央王朝的支持外，对内还实行了许多新政。首先，将“谿卡”分封给有功的贵族，使封建等级制度进一步完整起来；同时整修4个旧宗（城堡），新建13个宗，确立以“宗”为单位的行政组织，设兵镇守。他还注意发展生产，整修驿路交通，植树造林，饲养家畜家禽，奖励开荒等。又造农奴制法典《十六法》，强化集中统一的统治。这些措施为帕竹近百年的政权打下了基础。格鲁派就是在帕竹统治集团积极支持下产生并发展起来的。
从西藏佛教内部看，元代给予僧侣许多特权，随着萨迦派的衰落和各教派积极参与世俗的政治、军事斗争，使喇嘛们更加飞扬跋扈，为所欲为。他们占有大量财富，过着荒淫糜烂的生活，甚至借修持“密法”为名，霸占民女，残害农奴。宗教史籍也承认：“寺院僧侣，尽同俗装”，不习经典，“乱受灌顶”，“不知戒律为何事”。到14世绍后半期，西藏佛教已普遍呈现“颓废萎靡之相”，在人民群众中已经丧失了必要的号召力，从而也失去了实行精神统治的功能。统治阶级急需要一个新教派来取代；对于长期生活在宗教气氛中一般民众而言，他们厌恶的只是那些横行霸道、腐化堕落的僧侣，并没有放弃他们的传统信仰，因此，他们也渴望能有一个“纯正”、“清净”的新教派出现。
二、宗喀巴的“宗教改革”和黄教的创立
承担创造新教派的是宗喀巴（1357—1419）。他本名罗桑扎巴，生于今青海湟中县塔尔寺地方，其父是元末负责当地军政事务的官员达鲁花赤。3岁时跟噶举黑帽系四世活佛受近事戎，7岁从甲琼寺主噶当派僧人顿珠仁钦出家，学法9年，明洪武六年（1373），17岁赴藏深造，广学佛典，研讨各教派教法，25岁前，已学完了《慈氏五论》、《俱舍论》、《集论》、《量释论》、《入中论》和《戒经》等显宗的重要典籍，并在寺院立宗答辩，说明他对当时西藏佛学已有了全盘了解。洪武十八年（1385），在南杰拉康寺从楚臣仁钦受比丘戒，开始讲经收徒，同时系统学习密宗经典及其注疏，如无上瑜伽部的《集密》、《胜乐》、《时轮》以及瑜伽部、行部、事部中的诸种典籍，也学习萨迦派的“道果法”、噶举派的“大手印法”、“那饶六法”，及噶当派教法、《菩提道次第》、《圣教次第》、《中论佛护释》等。他的学习，不拘一格，不受教派门户的限制，为他下一步进行宗教改革和创造新的宗教思想体系，作了很好的准备。
此后，宗喀巴着重从事宗教的社会活动。首先提倡并宣传僧人必须严守戒律，并身体力行。在西藏佛教史上，喇钦·贡巴饶萨和喀且班钦·释迦室利两人是戴黄色僧帽的，都以重视戒律闻名于世。从1388年开始，宗喀巴也改戴黄帽，以示其严守戒律。1395年，他在精古寺以比丘衣具一套供弥勒菩萨像，意示菩萨也当遵守比丘戒，不论大小显密一切僧众，在持律上没有例外。他利用各种讲经机会，详解戒律细则，要求自己的门徒率先守戒，以作示范。其次，宗喀巴倡导修复旧寺，以示振兴纯正佛教的意志和信念。1393年他率领徒众，前往13世纪建造的精古寺朝拜，设供发愿，次年，又劝说阿喀宗宗本重修寺庙，他自己则出资彩绘殿堂，这使他的威望在虔诚的信徒心目中大增。最后，他还多次组织法会，联络地方势力，争取支持，扩大影响。1397年，在聂地饶钟寺创办的法会上，调解该地四个头人间的纠纷，取得成功，从而使法会变成了各种地方势力相互协调的友好会晤场所，地方头人也就成了宗喀巴的施主，大大提高了他的号召力量。
自14世纪末到15世纪初的10年中，宗喀巴全面展开了他对西藏佛教的改革活动。他奋笔疾书，写出了阐明其宗教思想体系的几部重要著作，其中1402年写成的《菩提道次第广论》和1406年的《密宗道次第广论》，分别论述他关于显密两宗的理论体系和践行规范；《菩萨戒品释》、《事师法五十颂释》、《密宗十四根本戒释》则阐述了显密僧众理应遵守的戒律和如何遵守的途径；1408年撰的《中论广释》和《辨了不了义论》辨析了中观和唯识两派的优劣，确立了他以中观派后期思想作为哲学基础的根本立场。他还各处宣讲这些论著中的思想观点，在讲说中，引经据典，联系古今，针对时弊，切合社会和僧侣的需要，受到僧俗大众的欢迎，被视作“具有非凡才能的人”。
永乐七年（1409），宗喀巴在明所封阐化王帕竹政权首领扎巴坚赞的支持下，在拉萨大招寺举办了规模巨大的祈愿法会，亦称“传大召”或“传召法会”，藏语为“默浪钦摩”。这是一次全藏性的，不分教派，各地僧众均可参加，人数有一万多，其声势之大，范围之广，都是空前的。这次法会，使宗喀巴的宗教改革设想，得到充分的体现，他本人也成了公认的佛教领袖。法会之后，宗喀巴依靠帕竹及其属下贵族仁钦贝父子，在拉萨东60里的旺古尔山旁建造了甘丹寺，全称“甘丹南结林”，成格鲁派的主寺。此寺有两个显宗扎仓（意为僧院，僧众学习经典的组织），一为绛孜，一为夏孜。规定全寺僧额为3300人。
黄教创立不久，即与中央王朝建立联系。永乐十二年（1414），宗喀巴派其弟子释迦也失赴京朝贡，次年，成祖封释迦也失为“西天佛子大国师”，宗喀巴成了大国师之师，从此黄教得到中央王朝的确认。再次年，明都指挥签事、帕竹政权内邬宗宗本南喀桑颇（《明史》称喃葛监藏）支持宗喀巴的另一弟子扎西贝丹（1379—1449），在拉萨西建造哲蚌寺，宗喀巴亲往主持“开光”仪式，扎西贝丹自任寺主。哲蚌寺的全名是“吉祥米聚十方尊胜洲”。初建时有七个扎仓，后合并为四个，三个显宗，一个密宗；后期规定僧额7700人。永乐十六年（1418），释迦也失用明朝所赐资财，在拉萨北郊建成色拉寺，正名“大乘洲”，初有5个扎仓，后归并为3个，两个显宗，一个密宗，后期规定僧额5500人。释迦也失建寺后，再次进京，宣德九年（1434），宣宗封他为“大慈法王”。主寺甘丹寺与此二寺合称黄教在前藏的三大寺，三大寺的建成，奠定了黄教发展的稳固基础。
新兴的黄教提倡严守戒律，规定僧人的生活准则、学经程序、学佛次第、考核制度等，逐步形成封建的教阶制，把西藏佛教系统化和制度化，使之与西藏社会的农奴制更加紧密结合，遂成为此后西藏占绝对统治地位的教派。
三、黄教寺庙集团的形成及政教合一体制的确立
永乐十七年（1419），宗喀巴去世。他的几个重要门徒以拉萨为中心，分赴各地传教，西至阿里，东至康区，北及安多，使黄教迅速传播开来。绛钦却杰（大慈法王）曾到内地和蒙古地方传法，在五台山修建了五座黄教寺庙。根敦主于1447年在帕竹政权桑主孜（日喀则）宗本的支持下，修建了扎什伦布寺。堆·喜饶桑布到后藏和阿里传教，在芒域（吉隆县）建达摩寺；其侄喜饶巴在阿里建敕巴寺，并将阿里托林寺归入黄教。麦·喜饶桑布于1437年在昌都建强巴林寺。喜饶僧格在后藏赛地修建一座专授黄教密宗的寺院，后又在拉萨修建举麦扎仓（下密院），其弟子贡噶顿珠另建举堆扎仓（上密院）。十五世纪中叶以后，黄教已形成了一个全藏性的、政治经济实力大大雄厚于其它教派的寺庙集团。
黄教寺庙集团的形成，与它大规模地聚积财富，经济实力日益增长有直接关系。起初依赖世俗封建主的布施，像巨大宏伟的哲蚌寺，由内邬宗宗本建成，帕竹贵族赠送土地、农奴等作为基础寺产，以后不断有新的布施。黄教禁止娶妻生子，严格区分僧俗界限，所以寺庙经济也要自身直接经营，改变了以前诸教派在经济上同世俗领主紧密结合的状况，取得了寺院经济的完全独立。此外，黄教还有一个特点，它不单纯地归属于某一个地方势力，而是为各个地方势力敞开大门，任何封建主均可做它的施主，这就使它可能免于地方政治变化引起的动荡，使它的独立经济得到相对稳定的发展。这样，黄教寺院很快遍布藏区，并形成母子联寺制。
以甘丹、哲蚌、色拉、扎什伦布四大寺为主寺，散布在全藏的其它大小黄教寺庙为属寺，建立起层层的隶属关系像母子一样，联结成一个比较严密的整体。母子寺经济上各有自己的寺属农奴、庄园，之间虽有一定的联系，但又相对独立；在行政上，子寺的堪布等要职，均需由母寺派出的僧官担任，或由母寺派出常驻代表掌权，组成了一个集中统一的、全藏性的教团体系。寺庙内部有严密的组织制度和寺庙法规，使其统一集中的团体体系得以维系和发展。
寺庙法规中最重要的一项是采取活佛转世制度。它开始于宗喀巴的弟子根敦嘉措（1475—1542），目的是为了同噶玛噶举派和仁蚌巴、藏巴汗等政敌作斗争，保持自身的巩固和稳定，解决宗教法统和寺产的继承问题。结果是巩固和发展了寺庙的政治与经济实力，同时形成了以活佛为核心的、享有至高无上特权的僧侣贵族集团。
黄教的急剧膨胀，和其它教派及地方势力的矛盾日益尖锐，从15世纪末到17世纪中叶，以噶玛噶举派、仁蚌巴、藏巴汗和漠北蒙古却图汗为一方，格鲁派、帕竹巴、青海蒙古土默特部和硕特部为一方，展开了长达一个半世纪的斗争。教争与政争交织在一起，形成了僧侣贵族同世俗贵族、蒙古贵族与西藏贵族间，有联合、有斗争，错综复杂的政治局面。
早在根敦嘉措时候，格鲁派就向拉萨四周及康、青、阿里等地扩展，遭到噶玛噶举派的强烈反对。1481年，噶玛噶举派在仁蚌巴家族的支持下，在拉萨附近修建两座寺院，以遏制哲蚌和色拉两寺的势力。继之，仁蚌巴武力占领拉萨，规定黄教僧人路遇噶玛噶举派僧人，必须让路致敬；禁止黄教僧人参加每年的大祈愿法会；止贡噶举还用武力强迫若干黄教属寺改宗。但这并没有制止黄教在其它地区的急速发展。到素南嘉措活佛时，除继续依靠帕竹政权的支持外，于1578年5月间，与蒙古土默特部俺答汗在青海湖东的仰华寺会晤，双方律立了政治上的联盟。同年，双方互赠尊号，俺答汗赠给索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”；索南嘉措赠俺答汗“咱克喇瓦尔第彻辰汗”。索南嘉措曾向土默特部宣讲黄教教义，为它以后在蒙古民族中的广泛传播奠定了基础。万历八年（1580），索南嘉措得到西康土司的资助，在康区建造了理塘寺（春科寺），纳西族土司则赠他《甘珠尔》和《丹珠尔》。
万历十一年（1583），俺答汗死，索南嘉措应邀参加葬礼，万历十二年，再次到达土默特。一路上讲经传教，许多蒙族皈依黄教。他在途经甘州时，曾给宰相张居正写信，表示效忠明王朝，为皇帝念平安经，同时说明他劝说俺答汗率部返回土默特的情况，请求明廷准许他定期朝贡等。这些活动为后来黄教求助蒙古统治者武力统治全藏作了准备。万历十四年（1586）在俺答汗葬礼举行时，中央政权遣使封素南嘉措为“朵儿只唱”（执金刚），并邀他进京。次年，在赴京途中病殁于卡欧吐密。
索南嘉措死后一年，俺答汗之孙，苏密尔的儿子出生，被认定为索南嘉措的转世“灵童”，是为四世达赖云丹嘉措（1589—1616）。万历三十年云丹嘉措在土默特部蒙古军队护送下，进藏学经和坐床，翌年到达拉萨。蒙古族统治集团同黄教的关系日益紧密起来。
从索南嘉措离藏到回世达赖来藏后的数十年中，噶玛噶举及其支持者藏巴汗，同黄教及其支持者帕竹政权，各自引进蒙古势力，展开了激烈的斗争。早在明嘉靖四十四年（1565），仁蚌巴阿旺儿扎的家臣辛厦巴才旦多吉，联合后藏的一些封建主，推翻了仁蚌迅的统治，自称藏堆杰波（后藏上部之王），汉文史料称为藏巴汗。后经三代征战，控制了卫藏大部。万历四十六年（1618），藏巴汗噶玛丹琼旺波推翻了帕竹政权，建立第悉藏巴政权（噶玛王朝）。与此相应，崇敬噶玛派的藏巴汗，多方压制黄教，“几欲根本灭除”。黄教面临失去帕竹支持的严重危机。四世达赖死后，藏巴汗“疑达赖诅咒，致感多病”，于是下令不准达赖继续转世，目的在于制造黄教集团分裂，切断黄教与蒙古势力的联系。万历四十五年（1617）和天启元年（1621），蒙古军队两次进藏，与第悉藏巴交战，扎什伦布寺主罗桑却吉坚赞（后追认为四世班禅）出面调解，藏巴汗不得不收回成命。另由罗桑却吉坚赞主持，与哲蚌寺上层喇嘛及蒙古土默特“拉尊”（对出身王族僧人的称谓）共同协商，确定山南穷结巴家族中的阿旺罗桑嘉措为五世达赖的转世“灵童”，天启三年（1623）被迎入哲蚌寺坐床。
时五世达赖尚为幼童，黄教寺庙集团的实际领导人是罗桑却吉坚赞。他引进青海、蒙古土默特部击败藏巴汗，收回了被兼并的黄教寺庙、土地、庄园等，黄教势力有所恢复。不久，漠北蒙古喀尔喀部却图汗占领青海，征服了土默特部。支持藏巴汗和噶玛噶举。崇祯八年（1635），却图汗派其子阿尔斯兰率兵入藏，冀图消灭黄教，并说服察哈尔部的林丹汗由 支持黄教而改宗噶玛噶举派。但结果，阿尔斯兰受到贿赂，转而支持黄教，把噶玛噶举红帽系六世杀死在当雄，次年，却图汗将阿尔斯兰处死。1637年，由新疆进入青海的蒙古和硕特部固始汗消灭了却图汗。这样，青海地区就成了固始汗的势力范围，支持黄教发展。
固始汗本名图鲁拜琥（1582—1654），以英勇善战著称于蒙古诸部，曾被黄教的东科尔寺（在青海惶源县）和喀尔喀汗尊称为大国师，固始汗就是国师汗的转音。他在消灭却图汗之前，曾到拉萨与黄教领袖密谋消灭政敌的办法，决定共同派代表赴盛京（沈阳），和尚未进关的清政权取得联系，8年后（1639），清廷派人去见第悉藏巴和“掌佛法大喇嘛”，邀请西藏高僧前去传教。崇祯十二年（1639），固始汗出兵康区，消灭了信奉苯教、反对黄教的白利土司顿目多吉，十四年率军入藏，十五年（1642）攻陷日喀则，杀死第悉藏巴·丹琼旺布，结束了噶玛噶举控制的地方政权对卫藏地区24年的统治，黄教在西藏的优势地位从此得以确立。同年，四世班禅、五世达赖、固始汗以及西藏各派势力派人赴盛京，分别争取清廷支持。清太宗皇太极给予极高的礼遇，并给这些教派领袖一一回信。
固始汗的军事政权，统治着青、康和整个藏区。他让他的十个儿子率部驻牧青海，在当雄驻扎八个旗的蒙古军队，自己坐镇拉萨。将庄园和农奴分封给有功的蒙藏贵族，同时任命为各级行政官员，五世达赖的第巴索南群培被任命为地方政权的第巴。把卫藏地区的赋税作为对黄教的供养赠给达赖喇嘛。此外，在前藏和德格地区分别建成13座黄教寺庙，扶植黄教的扩展。
清顺治二年（1645），固始汗赠四世班禅罗桑却吉坚赞以 “班禅博克多”尊号，并将日喀则周围的土地拨归他管辖。四世班禅在当时复杂、危机的局势中，为拯救黄教并使之最终强大起来，起了巨大作用。“班禅”原是后藏用以简称学识渊博的高僧，“博克多”是蒙族对智勇双全英雄的尊称。班禅活佛的转世体系，也就从罗桑却吉坚赞开始。
顺治九年（1652），清帝邀请五世达赖阿旺罗桑嘉措进京，礼遇异常殊厚，更特为他兴建黄寺，作为在京住所。翌年，顺治册封五世达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，并赐金册、金印。同时遣使进藏封固始汗为“遵行文义敏慧顾实汗”，指示他“作朕屏辅，辑乃封圻”，要他给皇帝保卫边疆，把封给他的地区治理得平安和睦。这表明，清朝中央正式肯定了固始汗为领有西藏封地、掌握地方政权的王，承认达赖喇嘛为西藏的佛教领袖。
顺治十一年（1654），固始汗病殁于拉萨，五世达赖的号召力逐步增大，黄教与和硕特蒙古的联盟日渐瓦解。五世达赖为黄教在政治上取得独占地位，和巩固封建农奴制度，他清查寺庙，规定僧人数额，确立寺院组织制度和经济制度，清查寺院属民，让寺属庄园向黄教寺庙集团交纳一定数量的实物地租；他还几次巡游各地，委任宗本，制定法规和服饰等级，以削弱蒙古汗王的势力。康熙十八年（1679），五世达赖任命桑结嘉措（1653—1705）为第巴，并安排了自己的权力继承人，1682年去世。但桑结嘉措密不发丧，利用五世达赖名义继续掌握教权，同时请求清廷封他为王，以取得与和硕特蒙古汗王分庭抗礼的地位。此外，他还加强了与新疆蒙古准噶尔部噶尔丹的联系，以牵制和硕特蒙古的力量。这样，黄教和代表世俗政权的拉藏汗（固始汗的第三代）间的矛盾愈演愈烈，直至兵戈相见。
康熙三十六年（1697），清朝中央发觉了五世达赖去世被隐瞒一事，桑结嘉措受到严词责问，只得呈报事实真相，禀明转世“灵童”早已选定，并按宗教规程进行“供养”。是年十月，15岁的“灵童”在布达拉官正式坐床，这就是六世达赖仓央嘉措（1683—1705）。
康熙四十二年（1703），在拉萨正月大祈愿法会上，桑结嘉措和拉藏汗双方部众发生冲突，拉藏汗被迫退出拉萨，组织兵力反击，于是战争爆发。中经休战，四十四年战事又起，桑结嘉措兵败被杀。拉藏汗把事情原委奏报清廷，康熙下令废黜仓央嘉措，解送京都，途中死于青海湖畔。此时拉藏汗扶植意希嘉措为六世达赖喇嘛，受到藏族内部及和硕特部汗王的反对。康熙了解此情况，于1713年遣使齎金册金印，封五世班禅罗桑耶歇为“班禅额尔德尼”。“额尔德尼”是满文，意为宝，这是康熙有意再扶植一个黄教领袖。康熙五十六年（1717），准噶尔部以武力占领西藏，杀拉藏汗，另立第巴，引起西藏僧俗的强烈不满，请求清廷中央出兵干预。
康熙五十九年（1720），清廷派兵护送七世达赖喇嘛格桑嘉措（1708—1757）入藏，驱逐准噶尔军队，平定战乱，加强对西藏的直接治理。次年，清廷废除了第巴总管政事的制度，另设四噶伦总理地方行政事务。不久西藏各地贵族之间斗争又起，数数发生内哄和叛乱，于是清廷决定强化黄教寺庙集团的作用。雍正年间，先后多次调整达赖与班禅的地位，到乾隆十六年（1751），正式诏令七世达赖格桑嘉措掌管西藏地方政权。黄教寺庙集团由此开始掌政，噶厦政府归达赖喇嘛领导。噶厦政府的僧官系统和俗官系统也从这时逐渐发展起来，终于形成了一个在清廷直接管辖下、由僧侣和贵族联合专政、组织完整严密的西藏政教合一体制。它用神权支持政权，政权扩大神权，二者相互为用，成了制约西藏地方发展的重要因素。
四、黄教教义略介
黄教的基本教义是宗喀巴奠定的。宗喀巴曾以隐语诗的形式宣布自己是阿底峡的继承者，他的思想体系也确实是对噶当派的发展。因此，当时组织涣散的噶当派寺庙和僧侣，先后改宗黄教，扩大了黄教在民间的影响，故有新噶当派之称。他从阿底峡的《菩提道灯论》出发，发展为《菩提道次第广论》，以此为中心教法，创显宗修习次第，立“三士道”，注重“出离心”、“菩提心”、“空性见”三要，最后以密宗为究竟，著《密宗道次第广论》，使密教修持规范化，在哲学理论上，以后期中观派为主，宗奉缘起性空之说，指导显密两教的修持，比其它教派的教义更加严密系统。
宗喀巴在其《缘起赞》中说，世间一切烦恼皆由无明起，只有懂得“缘起性空”的道理，才能克服“无明”，达到“明”（智慧），最后超出世间。因此。他将“缘起性空”作为全部佛教的“心要”。“缘起性空”也就成了黄教的认识论和世界观。
黄教把“缘起”与“性空”作为观察事物的两个相互依存、互有联系的范畴。一切事物都是因缘页起，和合而成，此即谓之“缘生”；“如果不是从缘起而生，任何事物都是无有”，此即谓之性空。“性空”的全称是“自性空”。“自性”指不依赖任何条件，永恒不变的实体。这样的实体，内外探求均不可得；实际所有的只是处于各种条件制约下、不断生灭的现象。因此，任何现实的事物既是“缘起”有，也是“自性”空，“缘起”与“性空”指的是对同一对象应该同时具有的认识。
“缘起性空”的理论为黄教的宗教出世修习和入世参政提供了根据。“缘起”中最根本的是“业感缘起”，即善有福报，恶有罪报，业力不失，因果轮回。因此，佛教应该是入世的。
拯救众生于苦海；但“性空”又强调一切都虚而不实，所以又可对社会不负责任，以至不拘俗法，放荡不羁。
黄教的修持，强调止观并重。但这与内地天台宗主张的“止观并行”在内容上有所不同。他们把瑜伽行派在修定中所要达到的“轻安”状态作为最高境界，认为以修止控制自己的心理活动，达到“心住一境”，即可获得身的“轻安”；修观在于“依止”如理思维，最后达到“心”与“理”的合一，可以获得心的“轻安”。所谓“轻安”，就是心身宁静安适的自勃感觉，有利于调节沉重烦躁紊乱的心绪。