个人住房贷款与商业个人住房贷款的不同点主要表现在以下5个方面：
（1）贷款主体不同。住房公积金个人贷款主体是住房公积金管理中心，商业个人住房贷款主体是各商业银行。
（2）贷款对象不同。商业个人住房贷款对象是经资信考查合格、具有还款能力的自然人，公积金个人贷款对象除具备商业个人贷款所要求的条件外，还必须是正常缴存公积金12个月以上的职工。
（3）贷款资金来源不同。商业个人住房贷款资金的来源是各商业银行的自营资金（居民或单位存款），而住房公积金个人贷款资金的来源是职工个人所在单位缴存的住房公积金。
（4）贷款利率不同。贷款利率分两档，具体为：住房公积金个人贷款期限5年以内（含5年），月利率为3‰；5年以上的，月利率为3.375‰，而商业银行个人贷款期限5年以内（含5年），月利率为3.975‰；5年以上的，月利率为4.2‰。
例：某借款人贷款10万元，贷款期限为10年，公积金贷款月还款额为1014.83元，总计还息21780元。商业银行贷款月还款额为1062.6元，总计还息27513.4元。
（5）贷款风险承担主体不同。商业银行个人贷款风险由发放贷款的商业银行承担，公积金个人贷款风险由确定发放贷款的住房公积金管理机构承担。