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高等教育结构是指高等教育系统内各个组成要素之间相对稳定的比例关系和联系方式。高等教育结构是否合理，关系到高等教育系统能否更好地适应社会需要。高等教育结构可以从不同层面划分出许多类型。从空间分布上看，既有水平(横向)结构又有垂直(纵向)结构。从时间跨度上看，既有静态结构又有动态结构。从范围大小上看，既有存在于高等院校之间，涉及整个高等教育系统的宏观结构，又有高等院校内部的微观结构。总体说来，高等教育结构可以称得上是一种纵横交错、动静结合、宏微相连的整合式结构。
1.宏观高等教育结构主要包括：层次结构、科类结构、形式结构、能级结构、地域结构（即布局）、管理体制结构等。
2.微观高等教育结构主要包括：学科专业结构、课程结构、教材结构、队伍结构、各类人员的知识结构等。
高等教育系统内部相对稳定的联系方式，高等教育结构亦可视为一个系统，当这种结构系统与外部环境相互作用时，就必然会表现出一定的能力，即高等教育的功能。高等教育的结构和功能是对立统一、相互联系的两个方面。结构是功能的基础，功能是结构的表现，但是功能也会反作用于结构，有时功能的变化能给结构的变革带来契机。一方面，高等教育要实现新的功能，必然要求结构发生改变。——在中国台湾省，1974年设立工业技术学院，招收本科生；1979年设立工业技术研究所，开始招收职业技术硕士研究生；1983年又开始招收职业技术博士研究生。高等教育结构的这一变化所带来的各种高规格的专业技术人才的及时输出，有效地促进了台湾经济的迅速发展。再如，要实现高等教育大众化目标，各国也必须进行高等教育结构的调整，美国的高等教育大众化进程是从20世纪50～60年代社区学院的大规模兴起后才开始的，目前这类学院共有2000多所，占美国高校总数的60%。——高等教育要更好地发挥自身功能，必须随外界环境的变化适时进行自身结构调整。