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非营利组织的清算是指非营利组织解体时，为结束该组织现存的各种民事责任关系，了结债务，保护债权人等与非营利组织利益相关者的合法权益，而依法对非营利组织的资产、债权债务关系等进行清理、变卖，以终止其经营活动，并依法取消其法人资格的行为。
导致非营利组织解散清算的原因主要有：组织章程规定的经营期限届满或组织章程规定的其他解散事由出现，如组织的目的已达到而不需继续经营，或目的无法达到且组织无发展前途；董事会决定解散组织；组织进行合并或分立需要解散；组织转而从事营利组织性活动；组织违反法律、法规而被依法取缔。
破产清算是因为经营管理不善造成了严重亏损，无力偿还到期债务而进行的清算。具体有两种情况：第一，组织的资产总额小于其负债总额，无力偿还到期债务；第二，组织的资产总额虽大于其负债总额，但因能用来偿还到期债务的现金资产不足，不得不变卖其他资产而导致组织的经营活动中断，被迫宣告破产。
②根据清算是否自行开始，非营利组织的清算又可分为普通清算和特别清算。
普通清算是指组织自行进行，在法院一般监督下进行的清算。
特别清算是指不能由组织自行清算，而由法院出面直接干预并进行监督的清算。出现下列情况时，法院可命令组织进行特别清算：组织无力自行组织清算工作；董事会对清算事务无法达成一致意见；债权人、董事会中的任何一方申请进行特别清算；组织的清算资产不足以清偿全部债务。
①成立清算组。
非营利组织在公布解散后，应在业务主管单位和其他有关机关指导下尽快组成清算组。清算组是在非营利组织决定解散后从事清算事务、处理财产和债务等事务的执行人。清算组的职权包括：清理非营利组织的财产，编制资产负债表和财产清单；通知或公告债权人；处理、清算有关的未结业务；清缴所欠税款；清理债权、债务，处理非营利组织清偿债务后的剩余财产；代表非营利组织参与民事诉讼活动；清算结束时提出清算报告。
②债权人进行债权登记。
在接到清算通知后，债权人应在规定的期限内对其债权有财产担保或无财产担保进行申报，并提供证明材料，以便清算组进行债权登记。
③清理非营利组织财产，编制资产负债表和财产清单。
在这一过程中，若发现非营利组织资不抵债的，应向法院申请破产。
④在对非营利组织的资产进行估价的基础上，制订清算方案。
清算方案应包括清算的程序和步骤，资产定价方法和估价结果，债权收回和财产变卖的具体方案，债务的清偿顺序，剩余财产的分配以及对组织遗留问题的处理等。
⑤执行清算方案。
第一，清算财产的范围及作价。
清算财产包括宣布清算时组织的全部财产以及清算期间取得的资产。清算财产的作价一般以账面净值为依据，也可以重估价值或变现收入等为依据。
第二，确定清算损益。
非营利组织清算中发生的财产盘盈、财产变价净收入、因债权人的原因无法归还的债务，以及清算期间的经营收益等作为清算收益。发生的财产盘亏、确实无法收回的债权，以及清算期间的经营损失等作为清算损失。发生的清算费用优先从现有财产中支付。
第三，债务清偿及其顺序。
非营利组织的财产拨付清算费用后，应按照下列顺序清偿债务：应付未付的职工工资、劳动保险等，应缴未缴的税金，尚未偿付的债务。同一顺序不足清偿的，按照比例清偿。
第四，处理剩余财产。
在支付清算费用和清偿债务后，非营利组织的剩余财产应转交给另一个非营利组织，或是由政府部门接管，不得分配给个人或挪作他用。
⑥办理清算的法律手续。
在董事会批准清算后资产负债表、损益表后，非营利组织的清算工作才正式结束。其后，清算组应将清算报告连同清算期间内收支报表和务种财务账册，交由注册会计师查证验收，再上报主管机关，办理注销手续。