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跨境经济合作区是指在两国边境附近划定特定区域，赋予该区域特殊的财政税收、投资贸易以及配套的产业政策，并对区内部分地区进行跨境海关特殊监管，吸引人流、物流、资金流、技术流、信息流等各种生产要素在此聚集，实现该区域加快发展，进而通过辐射效应带动周边地区发展。
跨境经济合作区是两国接壤边境地区间的一种紧密合作机制。根据边境地区对外开放的基础、特点和优势，在边境贸易和边境经济合作区发展的基础上，将海关特殊监管和营造良好产业合作政策环境结合起来，通过边境两边地区的对接，实现边境地区两边的充分互动和优势互补，进而带动边境地区经济的发展。跨境设立使得其不同于国内的特殊经济区域，而明确的地理范围、特殊的管理模式、优惠的区域政策又使得其不同于一般意义上的次区域合作和跨境经济合作。跨境经济合作区是接壤国家边境地区跨境合作的集中体现，根据边境地区条件的不同，在发展步骤和功能分区上可以有不同的模式。
跨境经济合作区的选择通常应该考虑如下原则：
一是跨境双方国家政治关系良好，跨境地区合作愿望强烈。
二是选在口岸的附近，历史上长期进行跨境往来的长期历史积淀，目前也在进行边境贸易和边境经济技术合作等多种跨境经济活动。
三是口岸所在地区经济相对发达，能够为合作区的发展提供坚实的腹地支撑。
跨境经济合作区的建设需要接壤边境地区的配合与互动，需要接壤国家政府的支持与协调，因此跨境经济合作区的发展路径可以有两种：
一是以依托边境口岸的单方规划起步，吸引或鼓励对方边境地区也采取相应的政策，然后通过国家间谈判和签署协议实现两个跨境经济合作区的对接运作。目前我国在中越边境城市凭祥市和中俄边境城市绥芬河市设立了综合保税区，为跨境经济合作区建设奠定了第一步。但以此形式建立的跨境经济合作区，存在未来双方区域及功能对接的问题，需要在起步阶段就做好双方的沟通协调工作。
二是直接通过两国中央政府谈判和签署协议，划定边境两边一定区域共同规划建设跨境经济合作区。我国的霍尔果斯边境合作中心和珠澳跨境工业区就是以此形式建立起来的。但是由于没有先例和成熟的模式可以遵循，以此形式建立起的跨境经济合作区在管理和运行上往往会遇到不可预知的难题和风险，从而延缓跨境经济合作区的进程，影响跨境经济合作区功能的发挥。
跨境经济合作区的建设是一个复杂的系统工程，也面临许多障碍。
1、主权让渡的敏感性
一般来说，国家对边境都有十分严格的管辖和控制。跨境经济合作区的建设是接壤国家边境地区，在突破边境对生产要素流动障碍基础上进行的经济合作，涉及人流、物流的管理，涉及海关监管和检验检疫管理，必然会需要国家间主权的相互让渡。而国家主权的让渡十分敏感和困难，需要国家间友好的政治关系和高度的相互信任为保障。这就增加了跨境经济合作区建设的难度,但是在经济全球化时代，各国间的经济相互依赖不断加深，更高程度的区域经济合作必然会涉及主权的让渡和共享。这将是不可避免的历史进程，任何国家都需要为此做好准备。
2、跨境运作的复杂性
跨境经济合作区的建设和运作涉及多方面的复杂问题，在海关有效监管、产业规划、标准一致化、行政司法管理等方面没有先例可以遵循，尤其需要两国间达成一致，需要在摸索中逐渐解决。如果程序过于繁琐，将会造成“意大利面碗”效应，增加行政和交易成本，束缚生产要素的自由流动，不能显现合作区的建设效应。在过去对外开放三十年中，我国积累了各类特殊经济园区运作的丰富经验。跨境经济合作区的建设是在我国已有特殊经济园区的基础上，根据对外开放的新形势和边境地区的特点而做出的新举措，有效吸取了以往经济园区的运作模式。同时，国际上众多自由贸易区的建设和运作也为跨境经济合作区建设提供了有益借鉴。
3、自贸区建设的抵消性
随着中国一东盟自由贸易区的建设，中国与东盟十国间将逐渐实现零关税，在服务、投资领域相互开放的程度也日益提高。因此，在整个自由贸易区之中再设立跨境经济合作区，可以突破的政策空间有限，保税等政策效应将被零关税抵消。跨境经济合作区并不是简单的保税监管区域。一方面，由于边境地区的硬件和软件环境不佳，必须通过基础设施建设、政策支持、企业引导等多种方式，高起点打造地区间合作的新平台，为产业的培育、集聚和辐射提供条件。自由贸易区的建设并不能直接解决这些问题。另一方面，随着自由贸易区建设的不断深入，更高程度的区域经济合作必然会涉及到人员、车辆、货物的更自由流动。标准的统一等各种非关税壁垒，跨境经济合作区的建设可以起到先行的示范作用。
1.中国磨憨─老挝磨丁
中老跨境经济合作区范围确定为核心区和支撑区两部分；中方核心区为国家已批准的磨憨边境经济贸易区，周边支撑区为西双版纳州地域范围；老方核心区为磨丁黄金城经济特区，周边支撑区为南塔省。合作区将依托昆明─新加坡国际大通道和经济走廊建设，由口岸旅游贸易服务区、仓储物流(含铁路物流区)、保税区、替代产业加工区和综合服务区五个部分组成。当前中国磨憨─老挝磨丁跨境经济合作区合作框架协议已签订。
2.中国瑞丽─缅甸木姐
以昆明─仰光经济走廊、昆明─南亚经济走廊和传统的边境贸易供货地及目标市场为经济腹地，在瑞丽江两侧河谷地带的600平方公里范围内，将建集国际经济贸易、保税仓储、进出口加工装配、国际会展、跨境金融保险服务、跨境旅游购物、跨境投资和边境社会发展事务合作的综合型跨境经济合作区，兼顾国际物流和旅游的贸工型自由贸易区。据悉，建设中缅瑞丽－木姐跨境合作区计划，已正式列入中国商务部与云南省政府“共同提升云南沿边开放水平合作备忘录”。
3.中国红河─越南老街
率先启动建设，是当前云南配套设施最完善、条件最成熟的跨境经济合作区。占地130平方公里，由62.5平方公里的越南老街周边的北沿海出口加工区、东新坡工业区、腾龙工业区和贵沙矿区、以及以金城商贸区为主的老街口岸区和中方的65平方公里的红河工业园区和2.85平方公里的河口北山口岸区共同构建。作为河口北山口岸区的重要设施，中越红河公路大桥、口岸联检楼已于2009年9月建成试运行，中国─东盟河口国际贸易中心已于2010年11月建成，并成为2010中越(河口)边交会的主场陛。当前正在积极推进北山3条主干道建设、界河河堤政治三期工程、进出口查验货场、边民互市市场、国际物流园区建设。