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跨国纳税人税负公平原则是指跨国纳税人所承担的税收与其所得的负担能力相适应的原则。
跨国纳税人税负公平原则其有横向公平与纵向公平之分。所谓横向公平是指经济情况相同的纳税人承担相同的税收，而纵向公平是指经济情况不同的纳税人应承担与其经济情况相适应的不同的税收。在各国所实行的个人所得税中，累进税率就被认为体现了税负公平的原则，其不仅使得相同的所得承担相同的税收，不同的所得承担不同的税收，而且使得所得越高，税率还越高。一般地说，一项国际税法只有符合税负公平原则，才能使跨国纳税人自觉纳税，从而使国际税法有效实施。
在现行国际税收制度中，有很多内容都反应了跨国纳税人的税负公平原则。比如，避免双重征税和防止避税与逃税就反映了跨国纳税人税负公平的原则。其实，避免双重征税和防止避税与逃税在一定意义上说就是税负公平原则的一个直接要求。因为双重征税或由避税或逃税引起的征税不足都会造成一种税负不公。前者使双重纳税人自己处于不利的不公平地位，而后者使守法足额交税的纳税人处于不利的不公地位。因此国际税法中涉及到避免双重征税和防止避税与逃税的众多制度与规范都反映了跨国纳税人税负公平的原则。
税负公平是国内税法的一项基本原则，但是国际税法领域里的税负公平要比国内税法的税负公平复杂得多。公平是相对而言的。在国内税法中，纳税人的税负公平是以国内纳税人为参照对象。参照对象单一，公平较易得到实施。而在国际税法领域，情形则有所不同。因为一个跨国纳税人通常都要既受到来源国的优先税收管辖，又要受到居住国的最终管辖，有可能要分别在来源国和居住国二次纳税。这样一来，纳税人税负公平就会有二个标准，即来源国的标准和居住国的标准。
因此，当以上二个标准不同时，纳税人只能在其中一个国家实现税负公平，而不能同时在两个国家实现税负公平。比如，当居住国对纳税人在来源地国的所得实行免税时，纳税人在来源国境内的税负是公平的，但与居住国的纳税人相比就不一定公平，因为在居住国的税率高于来源地国的税率时，与该纳税人所得相同的居住国纳税人所负担的税收则要相对较高；当居住国对纳税人的来源国所得不予免税，而其税率高于来源国的税率时，纳税人根据税法在居住国补交相应税款，这时该纳税人与居住国的纳税人相比实现了税负公平，但却与来源地国的纳税人相比又不公平了。因此，当一个国家制定涉外税法时，究竟是只把居民纳税人纳入公平的考虑范畴之内，还是把非居民也纳入考虑范畴之内，则是二种不同的公平标准。事实上，一个国家很难对在本国境内的非居民制定一个公平标准。而对一个纳税人的税负是否公平进行衡量，则需要对所有有关国家的税法进行综合累积评估，而不能仅从一国的税法进行判断。