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证券回购协议指正回购方即资金的借入方，在将证券出售给逆回购方即资金贷出方的同时，双方约定在将来某一日期由正回购方购回证券，逆回购方必须向正回购方返还原证券，回购价按照约定的回购利率计算的融资行为。实质上是交易双方进行以证券为权利质押的一种短期资金融通。
参与证券回购协议的资金需求方主要是商业银行和证券经纪人，资金供应方则主要是地方政府和企业。拥有大量政府债券的商业银行和证券经纪人借助于证券回购协议可以用政府债券作担保暂时获得所需要的资金，但又不丧失对债券的所有权。另一方面，地方政府和大企业则可将短期的闲置资金，投入到风险小、期限短、流动性高、又有利息收入的证券回购协议交易中。可谓一举两得。正因为如此，这种证券倒购协议的融通资金方式在西方各国，特别是美国比较流行。据统计，1977—1986年，美国资金市场上，此种交易的年均增长率为17％。
证券回购协议主要有两种交易方式：一是以同样的价格出售和回购证券，同时融资方在到期时以双方商定的比例支付一定的利息作为报酬；一是证券回购价高于出售价，将资金供给方的利息收益转入价差之中。利息的高低由对清偿资金的现行市场需求量、回购协议的期限和交易所用的抵押品性质决定。交易所用的证券可以是任何资金供应方认可并愿意接受的资产，如大银行的大额存款单等，但出于预防风险的考虑，一般还是用政府或其代理机构的证券。
证券回购协议的期限，通常为一个营业日，但有的也长达3—6个月，而且还可以签订连续合同。只要买卖双方无异议，合同即可自动展期。证券回购协议的利率，稍低于同业拆借利率。这是由于同业拆借没有担保，而证券回购协议有政府债券作担保，后者要比前者的风险小。证券回购协议的交易金额一般都比较大，而且没有集中的交易市场，既可由买卖双方直接成交，也可通过经纪人间接成交。
如果我们把证券回购协议与联邦资金作一比较，就会发现两者有着不少相似之处。其一，两者都往往是为期l天的极短的时间流动；其二，联储的会员银行通过这两个市场都能免缴准备金而获得资金；其三，也许是最富经济意味的一点，两者都常通过即期资金进行清算。即期资金是指联邦储备银行的存款负债及一些债权人可在一个营业日转移或提取款项的商业银行负债帐户。目前，不少金融学家认为，鉴于联邦资金和证券回购协议均由即期资金清算，两者似可共同归属于“短期即用资金市场”项下。
证券回购协议和证券抵押贷款的融资期限、资金融通当事人、融资根本目的、融资标的均有很大的差别。
(1)虽然证券回购协议的回购交易最长为365天，但绝大多数集中在30天之内，而证券抵押贷款的融资期限一般都在30天以上。
(2)证券回购协议当事人主要是金融机构，是商业银行等银行、非银行金融机构为解决短期资金需要而进行的资金融通。而证券抵押贷款则是证券持有人为解决各种各样的资金需求而向商业银行申请的以证券质押为担保的资金融通行为。
(3)证券回购协议主要是商业银行等银行、非银行金融机构为解决短期头寸不足进行的资金融通，而证券抵押贷款的借款人的借入资金在使用上根据借款个体的不同而有多种用途。
(4)证券回购协议的融资标的主要是债券等金融资产，流动性高、风险低，而证券抵押贷款的融资标的可以是各种有价证券如股票、债券、汇票、本票、支票和存单等。