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薪酬运用理论分为四大部分：薪酬公平理论、薪酬激励理论、委托代理理论以及战略薪酬理论。
公平理论由思达西·亚当斯提出。这一理论认为，决定员工对薪酬认可的往往不是绝对薪酬，而是相对薪酬以及本人对薪酬的认识。如果员工感到不公平，则会影响他工作的努力程度。
1．外部公平
所谓的外部公平是指本组织的薪酬水平同其他组织的薪酬水平相比较时具有的竞争力。在考虑组织中薪酬的外部竞争力时，让自己的报酬水平高于竞争对手是吸引和保持最优秀员工为本组织服务的对策之一；低于竞争对手，则可能引发员工流失；等于竞争对手，不能引起员工在本组织与竞争对手之间的流动。这就对应了三种人力资源薪酬水平策略：市场领先策略、市场落后策略、市场跟进策略。
2．内部公平
所谓内部公平是指薪酬水平的内部一致性，即在一个组织内部不同的工作之间、不同的技能水平之间的报酬水平应该互相协调。这意味着组织内部报酬水平的相对高低应该以工作的内容为基础，或者以工作所需要的技能的复杂程度为基础，当然也可以是工作内容或技能要求的某种组合，重点是根据各种工作对组织整体实现的相对贡献大小来支付报酬。
3．员工个人公平
员工个人公平是指在对同一个组织中从事相同工作的员工的薪酬进行相互比较时，．每个员工得到的薪酬与他们各自对组织的贡献相互匹配。组织中员工个人的报酬水平因以下两种因素所产生的相对差异大小应该是合理的：一是员工个人的绩效差异，二是承担相同工作或者掌握相同技能的员工的资历差异。
激励是现代管理学理论中的一个重要概念，所谓激励，是指“人们朝着某一特定目标行动的倾向，雇员们在特定地点和岗位上怀有的特定动机，对企业生产率的影响”。换句话说，激励实质上是促使员工发生某些有利于某些企业目标的行为。行为科学对薪酬的激励效应进行了大量的研究，揭示了员工绩效、能力和激励三者之间的关系。
激励理论主要有两种模式：一是内容型激励理论，它主要研究人们行为的动因，说明什么因子能激励人们采取行动，其中一个关键问题是金钱是否能引导员工付出更多努力。内容型激励理论的主要流派有马斯洛的需求层次理论、麦克利亚的成就激励理论以及郝茨伯格的双因素理论。二是过程型激励理论。过程型激励理论主要研究影响人们行为的因素之间的关联以及互相作用的过程，它主要强调员工是如何被激励去努力工作的。这一理论的主要流派有期望理论、XY理论、强化理论，甚至包括公平理论。
委托代理问题的现代意义最早是由罗斯给出的，后来米尔利斯和斯蒂利茨进一步发展了委托代理理论。该理论认为，在任何委托代理关系当中都存在代理风险。产生代理风险的主要原因是信息不对称和委托人在控制代理人的行为时需要花费大量的成本。委托人关心的是如何根据所观测到的变量来奖惩代理人，以激励其采取有利于委托人的行动。这样，委托人既能够保证自身的利益，同时还能够节省大量的监督控制成本。
薪酬与组织目标结合的结果是建立规范化的战略薪酬政策。