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药品经营企业是指经营药品的专营企业或者兼营企业。
1.加强信息化建设，节约运营成本
完成企业资源规划(ERP)改造，提高内部管理的同时，亦可根据自身企业特点选择利用合适的供应链管理(SCM)系统、分销系统(DRP)等信息管理系统对企业作进一步改造，并通过互联网将供应链技术拓展到企业之外，建立本企、 及其供应商、销售终端客广相互协作的平台，快速、实时地掌握各项关键商业数据，快速反应市场需求；同时，还可根据每日客户需求信号和库存量对补货订单进行计算，使供需更加吻合，减少不准确预测产生的影响，节约成本。企业的信息化建设不仅能使医药流通企业加强企业内部整合，密切与供应商和客户的关系，还能提升其市场竞争力，使其 价格战、业务拓展以及市场推广 等方而都更具优势，而且对提高整个医药流通业的集中度以及行业竞争力都具有重要作用。
2.信息管理要覆盖药品进、存、销各环节，以有效控制药品质量，大大降低经营风险
信息系统要实现药品购进、在库储存、销售各环节每批、每盒药品的跟踪和可追溯，杜绝假药、劣药的发生，有效保证药品质量，自动实现近效期药品警示催销、定期养护、购进药品质量评审等，从而减少企业经济损失，大火降低经营风险。
3.构建电子商务平台，建立现代物流体系
目前，很多药品经营企业已经转变了经营观念，积极地借助企业信息化的契机实现经营的电子商务化。“鼠标+水泥”的医药分销模式是目前中国不少医药企业进行信息化建设追求的目标。对于企业来讲，借助商业智能(BI)技术建设自己的企业门户是个很好的选择。这个门户不仅可以实现宣传企业形象、展示产品，还可以通过给上下游客户特殊的用户名和密码，在一定权限内进入企业的信息系统，进行网上查询药品库存、销售流向、回款等信息，从而实现网上交易和结算，甚至网上谈判。另外，拥有大型物流中心的有实力的企业可以利用条形码(BC)、全球卫星定位系统(GPS)、电子数据交换系统(EDI)、自动连续补货系统(CRP)、电子订货系统(EOS)、销售时点实时控制系统(POS)、寻车寻货系统(KIT)、信息管理系统(MIS)、数据采集系统(GIS)等现代信息技术完成信息化建设，通过网络将物流中心数据库与电子商务平台进行数据交换，实现物品流、信息流、资金流的即时转换，进而实现快速、高效、低成本的流通。
4.信息化管理要满足新版GSP要求，并接受药监部门的电子监管
企业的信息化系统要满足新版GSP要求，传统的手工记录即将被现代化的电子记录所取代。信息系统通过赋予不同岗位人员不同的权限和密码，在一定范围内完成本职范围内的操作。特殊的权限和密码以及信息系统的时间记录，可以避免企业为了迎接GSP检查而临时抱佛脚集中手工补记录而造成的不真实，使责任到人。另外，随着国家药品电子监管的不断推进，企业的信息化系统必须有条件地接受药监部门的电子监管，随时按要求进行购销存等数据上报工作。