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自理报关是指进出口货物收发货人自行办理报关业务，收发货人必须向海关注册登记后方能办理报关业务。
自理报关企业进行网上录入、申报、查询、打印报关单，以及网上查询海关回执等操作。
(1)自理报关单位持“报关单录入”权操作员卡的操作员进入中国电子口岸“报关单录入”界面，可先下载本企业征免税证明、加工贸易手册或加工区备案清单后，脱机录入报关单数据(数据暂存在本地数据库)；
(2)录入并提交后将录入的报关单数据信息上载到数据中心，进入自理报关审核申报业务流程；
自理报关单位持“报关单审核申报”权操作员卡的操作员进入中国电子口岸的“报关单审核申报”界面，对报关单的逻辑性、填报的规范性进行审核，确保报关单可以向海关进行申报。若审核不通过，则需要将报关单下载本地进行修改，修改后的报关单需重新上载到数据中心，并且需要重新进行审核。审核通过后进入自理报关申报确认业务流程；
(1)自理报关单位持“报关单申报确认”权操作员卡的企业管理人员进入中国电子口岸“报关单申报确认”界面，对报关单进行确认申报操作，经“申报确认”后的报关单通过公共数据中心传海关内部网。如果申报确认时认为报关单的填制不符合逻辑，需要将报关单数据下载到本地进行修改，修改完毕之后需要将数据重新上载到数据中心，并且重新进行审核和申报确认。
(2)自理报关单位打印出经海关审核通过的报关单，并携带其他单证去海关办理其他通关手续。
自理报关是从事处理企业本身的报关业务的，因而报关业务的客户(服务对象)固定，报关员只从事本身企业的报关业务。而报关行报关员则是面对广大有报关需求的企业，服务客户面广。
自理报关业务只从事与本企业有关的报关业务，企业的业务范围决定了企业报关员的报关业务范围。受企业的业务限制，从事企业报关的报关员一般只需懂得有关本企业的报关业务就可以了。而报关行报关员由于面对的是所有企业的报关业务，因此，报关的业务各种各样，有机会接触较全面的报关业务。
自理报关的企业报关员一般拿企业的工资，多属于固定工资方式，某时期业务量的多与少与工资没有联系。而报关行报关员一般是按报关量的提成计算工资的，薪水与报关业务量直接关系。