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组织运行是指组织实现自身目标和发挥自身功能的过程。
组织结构是静态的流程，组织运行就使其结构动态化。组织运行包括了组织制度的建立、组织冲突的协调、运行机制的健全、运行过程的调控等。组织运行的目标要看是否实现了效率，促进了发展。组织运行依赖于人与组织的关系以及组织与环境的关系。人与组织的关系包括三个方面的内容：人的特征；人与组织进行交换的形式；人们能否与组织相认同。组织与环境的关系也表现为三个方面：
组织的外在制约因素；组织的生存机制；组织运行模式的设计就是确定组织构架的基本形态与功能。单体公司组织运行模式的设计包括两项基本内容：第一，选择组织模式的基本形态，即确定整个组织构架要基于何种组织形态进行设计；第二，确定企业功能定位，即确定企业在现阶段应当具备和重点运行的功能。而集团公司组织运行模式设计是对集团总部与子公司之间的权属关系和运行规则进行界定，也就是澄清母公司与子公司之间的关系以及组织构架运行的基本原则、基本形态。
组织运行与组织管理是两个性质不同、但容易混淆的概念。组织运行是引起组织自身的运动过程，它是一个输入、输出或投入、产出过程。组织管理是对组织运行的操控过程，目的在于提高组织的效率，以最小的成本实现组织目标。组织运行的过程实际上是组织实现自己的目标和发挥自己功能的过程，是组织与环境之间物质、能量、信息的交换过程。组织与环境交换过程中所表现出的特点。组织运行一般经过投入、实施过程和产出三个步骤：
（1）投入，即调动和使用资源；
（2）生产，即对投入的资源进行处理；
（3）产出，即输出产品。在组织运行过程中，组织冲突不可避免。组织冲突包括组织内部冲突与组织外部冲突两类。
组织管理过程实际上是围绕组织目标，调动各种资源，运用各种手段操控组织的运行以确保组织目标得以实现的过程。它包括三个环节：
（1）决策。即确定的组织目标以及选择实现组织目标的方法和途径。
（2）实施。即按照预定的方案根据内外部环境的变化，对人与物等要素进行科学搭配与组合，确保组织决策得以实现。
（3）监督。即对组织活动和组织的内外部环境进行有效监控，防止各种意外事件影响组织活动的进程和组织目标的实现。