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所谓负数发票（即红字发票），是企业发生销售货物退回等业务时，冲减销售收入的合法凭证。对负数发票管理，税务机关一方面要对销货方纳税人开具的负数发票冲减销售收入合法依据进行审核，另一方面要对购货方纳税人是否按规定调减进项税额进行监督检查。从这两个方面来看，无论是购货方纳税人是否按规定调减进项税额，还是对销货方纳税人是否按规定冲减销售收入，对其进行监督检查都是事后行为，因此，成为税务机关税收征收管理的重点内容之一。而加强对开具负数发票主要依据的《企业进货退出或折让证明单》的管理，显得尤为重要。
红字发票和负数发票在本质上是一致的。只是由于实行电脑开票后，红字无法体现，才有负数发票之说。
开负数发票有两种情况，分别作不同处理：
1.对方原票已做帐无法退回的，应根据对方提供的《退货折让证明单》开具负数发票，并交给对方。
2.对方原票退回或税控系统开具错误跨月作废而开具的负数发票，将发票联、抵扣联和记账联装订在一起做帐。
使用电脑开票系统开票时，千万要注意，增值税普通发票可根据实际情况，据实开具，增值税专用发票要开负数发票，必须事先报主管税务机关审批，然后才能开具，否则不但无效，而且还违规。
国税函[2003]962号对您的问题有明确规定，供您参考： 国家税务总局关于进一步做好增值税纳税申报“一窗式”管理工作的通知：
增值税一般纳税人发生销售货物、提供应税劳务开具增值税专用发票后，如发生销货退回、销售折让以及原蓝字专用发票填开错误等情况，视不同情况分别按以下办法处理：
销货方如果在开具蓝字专用发票的当月收到购货方退回的发票联和抵扣联，而且尚未将记帐联作帐务处理，可对原蓝字专用发票进行作废。即在发票联、抵扣联连同对应的存根联、记帐联上注明“作废”字样，并依次粘贴在存根联后面，同时对防伪税控开票子系统的原开票电子信息进行作废处理。如果销货方已将记帐联作帐务处理，则必须通过防伪税控系统开具负数专用发票作为扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票，也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。
销货方如果在开具蓝字专用发票的次月及以后收到购货方退回的发票联和抵扣联，不论是否已将记帐联作帐务处理，一律通过防伪税控系统开具负数专用发票扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票，也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。
关于开具增值税专用发票负数发票的新规定
各一般纳税人：
一、自2007年1月1日起，一般纳税人开具红字专用发票，不再凭购货方税务机关开具的《进货退出或索取折让证明单》，必须以购货方提供的由其主管税务机关开具的《开具红字增值税专用发票通知单》（以下称《通知单》）》为依据，没有《通知单》不得开具红字发票。
自2007年1月1日起，一般纳税人开具红字专用发票不符合新修订的《专用发票使用规定》的规定的，各单位应责令改正并按有关规定处理。
二、一般纳税人因销货退回、销售折让或发票票面错误等原因需要销售方开具红字专用发票的，应持内容填写齐全的《开具红字增值税专用发票申请单》（以下称《申请单》）到办税服务厅办理，“开具红字专用发票理由”应详细阐明。办税服务厅受理人员审核发票是否经过认证。已经认证的，办税服务厅将《申请单》及空白《通知单》转有关管理分局（科）进行实地核实。经调查符合条件的，调查单位填写《通知单》，调查人员及其直接上级在《通知单》上签字，连同《申请单》一并转办税服务厅送达纳税人。经调查不符合条件的，调查单位应当场告知纳税人，将《申请单》转办税服务厅留存。
未经认证或认证未通过(不包括“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”)的发票，不得开具《通知单》。
三、自2007年4月1日起，《增值税应税货物或劳务销货清单》不再由国税机关印制、发售，改由企业使用增值税防伪税控开票系统自行开具。
四、一般纳税人申请一百万元以上最高开票限额的，使用新的《最高开票限额申请表》，所需资料以及申请一百万元（含）以下限额的，仍按原规定办理。
五、一般纳税人需要在申报所属月份分次报税的，必须经主管税务机关同意。
六、对2006年开具的专用发票，在2007年4月30日前可按照原规定开具红字专用发票。
七、具体相关政策请咨询主管税务机关。