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科学方法论狭义指关于科学研究、科学评价、科学发展的正确的一般方法，广义指由正确的世界观决定的人们正确的认识世界改造世界的根本方法。广义的科学方法论包括狭义的科学方法论。广义的科学方法论，即人们正确认识世界改造世界的根本方法，是狭义的科学方法论的理论基础。
人们正确认识世界改造世界的根本方法包括：对称方法（含对称逻辑思维方式、对称平衡方法）、五维空间方法、复杂系统论方法、还原论与整体论相统一的方法、公理方法、典型分析方法、规范与实证相统一方法、逻辑与历史相统一方法、抽象与具体相统一方法、原创理论与经世致用的科学评价标准。这些方法作为人们正确认识世界改造世界的根本方法，也是人们进行任何一门科学研究必须应用的方法。
科学方法论是对客观事物本质和规律( 客观的)进行证实和证伪 ( 可错的) 的一般认识原则或学问(理论的), 其可以划分为理论层次的科学方法论和经验的科学方法论。理论认识层次即实现知识的系统化, 形成具体领域的理论体系的科学思维活动阶段, 对于这个科学认识层次的研究, 可以称之为理论层次的科学方法论。经验的科学方法论是对各种事物在经验积累过程中所出现的各种问题进行概括、综合、分析、实证, 从而获得适用于实际目的的经验规律的理论。无论如何, 科学方法论都只能是一种针对世界的某一个侧面、某一个层次的研究。
在我国, 金融经济学的发展历史更短, 方法论的研究更是远远不足, 导致在金融经济学的研究上出现以下方面的问题:
一、由于我国现代金融业的发展历史不长, 可供研究的资料不够充分, 抽象分析无法说明对象本身,据此进行规范研究, 很难得出正确的 “应当怎样”, 从而导致了大量存在的具体问题难以得到正确的理解解释, 使理论与实践脱节。
二、很多学者囿于一些西方经典作家的某些结论, 忽视我国的特殊国情, 仅从简单的抽象对比中来论证金融现象的规律性和特征。
三、很多学者在研究的过程中只运用一、二种方法, 难免使结论不完整、不科学。同时由于任何方法都有一定的适用范围和对象, 因此造成理论不能回答更不能解决那些迫切需要回答和解决的现实问 题。
因此, 在我国金融经济学科的发展上, 应正确认识和真正确立方法论的重要地位, 尽快改变经济学方法论滞后的局面。经济学界应注重价值观念的转变和思维方式的改善, 不断反思和提高自身方法论素质。在研究方法方面, 克服单一化倾向, 正确处理归纳法与演绎法、分析法与综合法、历史法与逻辑法、规范法与实证法、定性分析法与定量分析法等相互关系。
从研究对象看, 更要注意防止轻视抽象法、简单运用实证法和滥用数学的倾向。只要大家都以科学的态度, 把经济学作为一门真正的科学来研究,重视理性思维和方法论研究, 就一定有利于我国经济学研究取得事半功倍的突出效果。